Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Tpm1-206ENSMUST00000113686 998 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 9530036O11Rik-201ENSMUST00000180878 876 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Ppp4r2-201ENSMUST00000063854 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Jagn1-201ENSMUST00000101070 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Pole4-204ENSMUST00000160281 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Tusc3-201ENSMUST00000167992 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Akt1s1-203ENSMUST00000107882 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Erh-201ENSMUST00000021559 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 1700007K13Rik-201ENSMUST00000086370 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Plpp1-201ENSMUST00000016144 1598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Pigx-210ENSMUST00000155966 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 1700064M15Rik-201ENSMUST00000185726 645 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 AC104834.1-201ENSMUST00000222611 1056 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Ttc36-201ENSMUST00000044694 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Gp1bb-201ENSMUST00000051160 645 ntAPPRIS P3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Spata2-202ENSMUST00000109211 1531 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Far2os2-201ENSMUST00000149815 980 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Gm16253-201ENSMUST00000148290 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Gm45371-201ENSMUST00000210723 459 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 4930535I16Rik-201ENSMUST00000181410 519 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 N4bp2os-203ENSMUST00000202673 699 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 4933408J17Rik-201ENSMUST00000181835 1859 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Gm29394-204ENSMUST00000177504 448 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Cox6a1-201ENSMUST00000040154 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Mettl24-201ENSMUST00000058747 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Lmo1-202ENSMUST00000207178 912 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Tbc1d10a-201ENSMUST00000041042 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Arpc2-202ENSMUST00000113819 1313 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15 ms