Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Atpif1-203ENSMUST00000152993 462 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Mir1982-201ENSMUST00000157368 74 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Gm16136-203ENSMUST00000162520 1121 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Gm8652-201ENSMUST00000181363 964 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Gm31728-201ENSMUST00000192164 435 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 1600017P15Rik-202ENSMUST00000193960 890 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Rsph9-201ENSMUST00000024762 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Cfc1-201ENSMUST00000027298 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 1700123K08Rik-201ENSMUST00000031501 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Gm9396-201ENSMUST00000076703 567 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Gm10012-201ENSMUST00000078252 192 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Sh3bp5-202ENSMUST00000100730 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Phgdh-201ENSMUST00000065793 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Emd-202ENSMUST00000088313 1338 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Aqp8-201ENSMUST00000033023 1487 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Ttll5-203ENSMUST00000095536 4150 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Fbxw7-204ENSMUST00000107679 4473 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Ntn4-201ENSMUST00000020204 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.1
Traf1P39428 Fstl5-201ENSMUST00000038364 5107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Cpeb3-210ENSMUST00000136286 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Dmxl1-202ENSMUST00000180611 11319 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm38197-201ENSMUST00000192320 2122 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Lman2-201ENSMUST00000021940 4315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm5639-201ENSMUST00000122305 2403 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Kcna5-201ENSMUST00000060972 2862 ntAPPRIS P1 BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Lims1-203ENSMUST00000105468 1205 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Pxylp1-203ENSMUST00000119141 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 St6galnac6-209ENSMUST00000131229 1013 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 4930407G08Rik-201ENSMUST00000145831 698 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Mb-202ENSMUST00000166179 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Mb-203ENSMUST00000169226 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 1700092C10Rik-201ENSMUST00000172547 585 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm8835-201ENSMUST00000173096 1169 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 AC159474.1-201ENSMUST00000218454 374 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 AC153144.2-201ENSMUST00000221766 451 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Me2-201ENSMUST00000025439 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Ccdc85a-201ENSMUST00000042534 5332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Aldh3b1-201ENSMUST00000051803 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Il27-201ENSMUST00000058429 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Rps21-201ENSMUST00000059080 394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Fam173a-201ENSMUST00000072735 800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm10570-201ENSMUST00000097865 513 ntAPPRIS P1 BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Suv39h1-203ENSMUST00000115638 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Phf23-209ENSMUST00000153684 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Chaf1a-201ENSMUST00000002914 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Dennd5b-201ENSMUST00000111557 9831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Araf-203ENSMUST00000122312 2854 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm42872-201ENSMUST00000200026 1967 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Car3-201ENSMUST00000029076 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Slc25a54-201ENSMUST00000029478 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Inhba-201ENSMUST00000042603 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Erfe-201ENSMUST00000086861 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Psmb9-204ENSMUST00000174576 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Cxcl16-201ENSMUST00000019064 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Amz1-201ENSMUST00000060918 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Cdk19-202ENSMUST00000095743 3973 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Grid2ip-202ENSMUST00000110733 3825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Bckdha-201ENSMUST00000071329 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Pdcd6ip-201ENSMUST00000035086 5951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Grik4-202ENSMUST00000114865 5887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Vwa3b-202ENSMUST00000067178 1769 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Brsk2-204ENSMUST00000105989 2149 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Tnni1-205ENSMUST00000148201 1150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm6152-201ENSMUST00000151704 340 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Tnni1-206ENSMUST00000152075 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Tnni1-207ENSMUST00000152208 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 A330069E16Rik-201ENSMUST00000181191 887 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm5149-201ENSMUST00000199768 620 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm44780-201ENSMUST00000205409 581 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm7561-201ENSMUST00000211203 886 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Sct-204ENSMUST00000211667 506 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Itm2b-204ENSMUST00000228637 783 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Fam173b-201ENSMUST00000042702 1164 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm10244-201ENSMUST00000090237 830 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Rbak-201ENSMUST00000049861 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Srr-204ENSMUST00000121738 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Abr-205ENSMUST00000108408 3534 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Pcdha1-202ENSMUST00000193839 4925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Ankra2-208ENSMUST00000226100 1476 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Sirt3-201ENSMUST00000026559 1461 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Decr2-201ENSMUST00000040907 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Eif4e3-201ENSMUST00000032151 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Clec16a-211ENSMUST00000155633 6213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Pard3b-202ENSMUST00000075374 8392 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Haus7-201ENSMUST00000033737 1380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Nat3-201ENSMUST00000070514 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Slc52a3-201ENSMUST00000073228 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Usp33-201ENSMUST00000026507 4153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Edil3-203ENSMUST00000118731 2721 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Pard3-222ENSMUST00000162536 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Atp2a3-202ENSMUST00000108484 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Nup98-206ENSMUST00000211235 3748 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Syvn1-201ENSMUST00000025723 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm24196-201ENSMUST00000179161 110 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Ube2f-210ENSMUST00000191368 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm42906-201ENSMUST00000202365 408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Gm17870-201ENSMUST00000219489 1174 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Dmac1-201ENSMUST00000030103 741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Pcgf1-201ENSMUST00000092614 866 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Traf1P39428 Armcx1-204ENSMUST00000113198 2085 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.3 ms