Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Gcat-201ENSMUST00000006544 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Rnf168-203ENSMUST00000171474 4460 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Fignl2-202ENSMUST00000213610 4462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Nyap1-201ENSMUST00000061789 3912 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Cmip-201ENSMUST00000095172 2276 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 H3f3b-202ENSMUST00000106454 2514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Ccdc190-201ENSMUST00000094348 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 March4-201ENSMUST00000047786 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Kcnma1-228ENSMUST00000224468 3753 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 AC159649.2-201ENSMUST00000222984 3223 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Slc25a18-201ENSMUST00000112682 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Trim24-203ENSMUST00000120428 3940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Zbtb11-201ENSMUST00000050248 4920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Nin-203ENSMUST00000095666 7183 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm37885-201ENSMUST00000192568 1391 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Cabp7-201ENSMUST00000009219 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Trib1-202ENSMUST00000118228 3081 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm43273-201ENSMUST00000199649 2594 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Apol6-206ENSMUST00000149569 2315 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm38100-201ENSMUST00000194391 1329 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gsdmd-201ENSMUST00000023238 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Nr4a2-203ENSMUST00000112629 3422 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Cox10-201ENSMUST00000049091 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 E130006D01Rik-203ENSMUST00000137398 906 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm7809-201ENSMUST00000153199 742 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Plekhd1os-201ENSMUST00000153297 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Cdc26-201ENSMUST00000084525 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gpr31b-201ENSMUST00000091648 960 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Selenbp1-201ENSMUST00000090839 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Selenbp2-201ENSMUST00000090848 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Rtfdc1-201ENSMUST00000029005 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Catip-201ENSMUST00000097697 2101 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Rnf220-202ENSMUST00000094853 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Ndufaf7-201ENSMUST00000024887 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Prrg3-203ENSMUST00000170096 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Klf12-201ENSMUST00000097079 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Zfp422-202ENSMUST00000079749 3187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Rnf103-203ENSMUST00000114179 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Dlgap1-201ENSMUST00000060072 5420 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Shroom1-201ENSMUST00000018531 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Stx4a-202ENSMUST00000121705 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Odf2-203ENSMUST00000113755 2305 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Tcirg1-201ENSMUST00000001801 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Lgals12-203ENSMUST00000159983 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Tub-202ENSMUST00000119474 2097 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm16278-201ENSMUST00000148064 2071 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Atp2b3-203ENSMUST00000114479 4637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 9230102O04Rik-201ENSMUST00000114915 528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Prss54-202ENSMUST00000180075 1152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm2164-201ENSMUST00000184062 424 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm4768-201ENSMUST00000206199 686 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm44985-201ENSMUST00000206202 1016 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 AC158516.1-201ENSMUST00000213921 205 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Ormdl2-204ENSMUST00000219524 724 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Lcn10-201ENSMUST00000058912 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Tmem40-201ENSMUST00000072933 1272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Ttll11-201ENSMUST00000028248 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 A430034D21Rik-201ENSMUST00000194339 1802 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Tmem30b-201ENSMUST00000042975 2991 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Ankle2-206ENSMUST00000197188 4077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Parm1-201ENSMUST00000040576 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Foxo4-201ENSMUST00000062000 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Ugt1a5-201ENSMUST00000097659 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Tmc8-201ENSMUST00000050874 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Rnf38-203ENSMUST00000102934 5240 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm43579-201ENSMUST00000202387 1307 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gtf3c5-201ENSMUST00000028157 2739 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Olfr763-201ENSMUST00000077460 2523 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Dzip3-202ENSMUST00000121869 5820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Psme2b-201ENSMUST00000104958 837 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm15046-201ENSMUST00000130153 408 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm12199-201ENSMUST00000137567 517 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Dnase2a-206ENSMUST00000145292 678 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm16191-202ENSMUST00000148464 484 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 BC046401-201ENSMUST00000155786 847 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm24548-201ENSMUST00000158650 108 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm29396-201ENSMUST00000185659 716 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Lsmem2-201ENSMUST00000191791 369 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Gm38411-201ENSMUST00000197971 941 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Tatdn3-201ENSMUST00000027945 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Olfr91-201ENSMUST00000087144 939 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Capn7-201ENSMUST00000022451 3648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Soga3-201ENSMUST00000092629 4105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 4930581F22Rik-201ENSMUST00000093873 2402 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Zdhhc7-201ENSMUST00000034280 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 She-201ENSMUST00000050401 5733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Men1-202ENSMUST00000078137 2738 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Fam71a-201ENSMUST00000171798 2234 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Litaf-201ENSMUST00000023143 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Fbxw7-201ENSMUST00000029727 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Sgce-201ENSMUST00000004750 1703 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Tjap1-203ENSMUST00000180283 2368 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Dpp3-201ENSMUST00000025851 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Miga2-208ENSMUST00000140075 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Mbp-207ENSMUST00000114674 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Pacs1-201ENSMUST00000025786 4339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Tle1-204ENSMUST00000102848 3660 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 Socs3-201ENSMUST00000054002 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col3a1P08121 4933434M16Rik-202ENSMUST00000153429 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col3a1P08121 Gm19863-201ENSMUST00000192480 2218 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 68.3 ms