Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 1700029H14Rik-204ENSMUST00000151400 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Selenoh-205ENSMUST00000189636 499 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 H2-Bl-210ENSMUST00000195833 829 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm44872-201ENSMUST00000207864 420 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 0610005C13Rik-202ENSMUST00000209510 671 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm18041-201ENSMUST00000218210 618 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 AC158804.1-201ENSMUST00000219046 541 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Taldo1-201ENSMUST00000026576 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Tpd52-201ENSMUST00000063496 697 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm11149-201ENSMUST00000068730 1250 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Fam20a-201ENSMUST00000020938 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Phldb1-212ENSMUST00000138356 5600 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Arhgef2-208ENSMUST00000175911 2030 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Srrm1-202ENSMUST00000084846 3740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Atp2a3-202ENSMUST00000108484 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Clec16a-205ENSMUST00000115827 2949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Itga8-201ENSMUST00000028106 5812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Rbm33-201ENSMUST00000030920 3955 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Dlk2-201ENSMUST00000061722 1532 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Zfp583-201ENSMUST00000062765 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Dhx29-201ENSMUST00000038574 4682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Ciz1-203ENSMUST00000113332 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Hnrnpf-210ENSMUST00000180341 1922 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Ap1s2-201ENSMUST00000033734 1785 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Car6-202ENSMUST00000105683 1460 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Tmed9-203ENSMUST00000224741 1450 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Klhl18-203ENSMUST00000198164 4538 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Noxa1-202ENSMUST00000114373 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm9742-201ENSMUST00000165220 1553 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Ptpn11-202ENSMUST00000100770 5599 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Cabp4-201ENSMUST00000025761 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm12151-201ENSMUST00000121374 290 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Ncr3-ps-201ENSMUST00000134687 525 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Synj2bp-205ENSMUST00000169158 691 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm28237-202ENSMUST00000189477 748 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm29667-201ENSMUST00000190817 490 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Ndufv3-205ENSMUST00000191598 642 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Hrasls5-201ENSMUST00000025929 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Wdr83-201ENSMUST00000093357 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Epb41l2-201ENSMUST00000053748 4385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Phf21b-201ENSMUST00000016768 3377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 S100pbp-205ENSMUST00000117350 2241 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm29154-231ENSMUST00000215120 1367 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Pou5f1-201ENSMUST00000025271 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Nup88-201ENSMUST00000035283 2450 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Tmem30a-201ENSMUST00000034878 3658 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Camk2d-202ENSMUST00000066466 4075 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Actn4-211ENSMUST00000217157 3530 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Speg-205ENSMUST00000113590 3393 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Myo1d-201ENSMUST00000041065 5354 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Zfp683-201ENSMUST00000105884 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Prg4-207ENSMUST00000162367 1480 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Rest-202ENSMUST00000113449 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gorab-201ENSMUST00000045138 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm26880-201ENSMUST00000181610 1318 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 B3gat1-204ENSMUST00000160899 3801 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm8108-202ENSMUST00000170207 1961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gngt2-201ENSMUST00000036088 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Reck-201ENSMUST00000030198 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Zfp575-201ENSMUST00000094705 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 3110082I17Rik-201ENSMUST00000066052 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 AI480526-202ENSMUST00000159637 1697 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Pik3ip1-201ENSMUST00000045153 2573 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Pars2-201ENSMUST00000058905 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Sumo3-204ENSMUST00000129492 487 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Tctn3-202ENSMUST00000132452 1271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm27838-201ENSMUST00000184829 128 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm11149-204ENSMUST00000216483 1275 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm5867-201ENSMUST00000063197 592 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Cacng3-201ENSMUST00000084615 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Myh14-202ENSMUST00000107899 6390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Celf3-201ENSMUST00000029784 2744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Col4a1-201ENSMUST00000033898 6615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Cnst-201ENSMUST00000040706 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Scg3-202ENSMUST00000213324 2152 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Snrpa-202ENSMUST00000122202 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Cpxm2-201ENSMUST00000033149 3498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Car3-201ENSMUST00000029076 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Strip1-201ENSMUST00000064759 3215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Eif4g3-215ENSMUST00000203828 5289 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Evl-203ENSMUST00000109854 1870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Fhl4-202ENSMUST00000216889 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Zfp647-201ENSMUST00000048854 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Mrto4-202ENSMUST00000102503 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Rab15-204ENSMUST00000122419 856 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm13070-201ENSMUST00000146532 768 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm12352-201ENSMUST00000154452 760 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Tac2-202ENSMUST00000179960 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Mir7684-201ENSMUST00000183858 60 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Tac2-201ENSMUST00000026466 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Gm648-201ENSMUST00000081133 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Nek6-203ENSMUST00000112902 3147 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Camsap2-202ENSMUST00000192001 6329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Minos1-203ENSMUST00000143971 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Parp16-202ENSMUST00000213396 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Dnmt3b-209ENSMUST00000109773 4148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Dlgap1-202ENSMUST00000097288 2626 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Timp4-201ENSMUST00000032462 5496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Mtmr2-208ENSMUST00000155679 3088 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim58Q5NCC9 Mdm2-201ENSMUST00000020408 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 93.3 ms