Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Gm37415-201ENSMUST00000192265 2054 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Ttc39c-201ENSMUST00000025294 2571 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Gpr160-202ENSMUST00000108258 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
Usp4P35123 Gm20431-201ENSMUST00000125544 2367 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Raph1-201ENSMUST00000027168 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Usp4P35123 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Usp4P35123 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Usp4P35123 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
Usp4P35123 P2rx2-202ENSMUST00000112478 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Usp4P35123 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Klf15-201ENSMUST00000032174 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Olig3-201ENSMUST00000053225 2072 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Scarb1-202ENSMUST00000111390 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Slc35f5-201ENSMUST00000027580 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Ttc14-211ENSMUST00000200271 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
Usp4P35123 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Mapkapk2-201ENSMUST00000016672 2854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Rps2-206ENSMUST00000146867 962 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Rps2-ps10-201ENSMUST00000076842 879 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gm5786-201ENSMUST00000085368 882 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.3 ms