Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Syp-201ENSMUST00000069520 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ino80-202ENSMUST00000110808 3928 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm22018-201ENSMUST00000104357 131 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm15371-201ENSMUST00000117057 784 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm26894-201ENSMUST00000180828 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm37714-201ENSMUST00000194742 342 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm43758-201ENSMUST00000199500 367 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Pole2-201ENSMUST00000021359 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Nfkbia-201ENSMUST00000021413 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Prss47-204ENSMUST00000222769 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 AC093022.1-201ENSMUST00000226949 1072 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Spo11-201ENSMUST00000050442 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Cebpe-201ENSMUST00000064290 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Aym1-201ENSMUST00000066573 528 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Fbrs-202ENSMUST00000205432 4166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ppip5k2-201ENSMUST00000042509 5882 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Usp51-201ENSMUST00000095755 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ccdc157-202ENSMUST00000101626 5153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Dmrtc2-201ENSMUST00000011493 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Rnf4-207ENSMUST00000182709 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Rab9b-201ENSMUST00000058814 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Tbrg4-201ENSMUST00000000394 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Rfx5-203ENSMUST00000107254 4450 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ppard-201ENSMUST00000002320 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Trmt1-205ENSMUST00000125370 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm6297-201ENSMUST00000181475 2146 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Tgif2-202ENSMUST00000081335 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Mctp1-204ENSMUST00000125209 4715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gins2-201ENSMUST00000034278 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Mpp4-201ENSMUST00000066374 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Mpp4-202ENSMUST00000078874 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Zfp296-201ENSMUST00000108453 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 1700012B07Rik-202ENSMUST00000106674 2035 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ubxn11-201ENSMUST00000070246 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Tmem184c-201ENSMUST00000034030 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Zfp553-202ENSMUST00000106312 3342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Phgdh-201ENSMUST00000065793 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Camta1-203ENSMUST00000105668 4962 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ptprv-210ENSMUST00000183317 6108 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Tex44-201ENSMUST00000046004 1724 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Slit1-202ENSMUST00000166496 4556 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gpr155-202ENSMUST00000076463 5061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Lipo3-201ENSMUST00000025694 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Rbm42-201ENSMUST00000042726 1784 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Itk-202ENSMUST00000101306 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Cryba4-203ENSMUST00000112385 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm13342-201ENSMUST00000121055 207 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 C030047K22Rik-201ENSMUST00000150382 1164 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ly6g5b-202ENSMUST00000172854 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Mir5132-201ENSMUST00000175166 71 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm9124-201ENSMUST00000191789 1092 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm9113-201ENSMUST00000192510 1018 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm9131-201ENSMUST00000193557 1089 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm9121-201ENSMUST00000193749 1071 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm17823-201ENSMUST00000217830 1006 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm8598-201ENSMUST00000221184 836 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 AC153144.2-201ENSMUST00000221766 451 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 AC133598.1-201ENSMUST00000224327 660 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 6430531B16Rik-201ENSMUST00000097970 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Nfe2-205ENSMUST00000133600 1605 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Nacad-201ENSMUST00000045713 4892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ankra2-208ENSMUST00000226100 1476 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 B3gnt8-201ENSMUST00000076034 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Trim24-203ENSMUST00000120428 3940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Wwc2-201ENSMUST00000057561 8678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Pctp-201ENSMUST00000020864 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Zufsp-205ENSMUST00000218880 2005 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Nr2e3-201ENSMUST00000034831 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Fpr1-201ENSMUST00000061516 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Acr-201ENSMUST00000023295 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Kcnq2-220ENSMUST00000197015 8031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Bmp4-201ENSMUST00000074077 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Fam234a-201ENSMUST00000114988 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ncln-202ENSMUST00000118498 2841 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Slc29a1-203ENSMUST00000097317 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Trim26-202ENSMUST00000123715 1406 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm43399-201ENSMUST00000202546 2374 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Btbd10-201ENSMUST00000047091 2581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Depdc1b-201ENSMUST00000051594 2563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Retreg3-201ENSMUST00000017946 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Dlx6-202ENSMUST00000160937 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 1110008P14Rik-202ENSMUST00000146423 2618 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ddhd1-202ENSMUST00000087320 9820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Thoc6-204ENSMUST00000115490 1157 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 0610037L13Rik-205ENSMUST00000119394 741 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ict1os-201ENSMUST00000125653 1052 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Crb3-204ENSMUST00000163763 868 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Aif1-206ENSMUST00000173324 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 5830487J09Rik-201ENSMUST00000198600 1256 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm45233-201ENSMUST00000203633 898 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm18473-201ENSMUST00000220543 868 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ckmt2-201ENSMUST00000022122 1486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Wsb1-201ENSMUST00000017821 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Pxdn-201ENSMUST00000118321 2698 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Anks1b-204ENSMUST00000179337 2692 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Tex13b-201ENSMUST00000044179 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Kir3dl1-202ENSMUST00000113105 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm26880-201ENSMUST00000181610 1318 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Trim32-201ENSMUST00000050850 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Cdt1-201ENSMUST00000006760 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.6 ms