Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Elf3-201ENSMUST00000003135 2095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Setdb1-203ENSMUST00000107171 4573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Myef2-207ENSMUST00000147105 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Arfrp1-202ENSMUST00000108808 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Acyp1-203ENSMUST00000117138 735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Lamtor2-202ENSMUST00000119002 568 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Nudcd2-203ENSMUST00000127382 727 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 Gm28942-201ENSMUST00000186334 365 ntTSL 3 BASIC13.02□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 AC149294.4-201ENSMUST00000227870 882 ntBASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 2310002L09Rik-201ENSMUST00000030101 958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Rbpms-202ENSMUST00000033995 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Cyp11a1-201ENSMUST00000034874 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Emg1-201ENSMUST00000004379 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Spr-201ENSMUST00000045986 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Dnph1-201ENSMUST00000046497 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Hist1h2bg-201ENSMUST00000079251 618 ntAPPRIS P1 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Epha8-201ENSMUST00000030420 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Litaf-201ENSMUST00000023143 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Fam103a1-202ENSMUST00000118190 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 Klk10-201ENSMUST00000014058 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 Rnpc3-202ENSMUST00000106535 2616 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Pfkl-201ENSMUST00000020522 3730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Camk2b-203ENSMUST00000066431 1603 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Xrra1-201ENSMUST00000036155 2731 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 5730409E04Rik-201ENSMUST00000097886 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Draxin-201ENSMUST00000030862 5200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 Ano6-201ENSMUST00000071874 4927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 Zfp146-201ENSMUST00000062181 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Gm14168-201ENSMUST00000144818 2197 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 Ace3-201ENSMUST00000190995 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 Fam160a2-204ENSMUST00000122327 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Gcfc2-201ENSMUST00000043195 4192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Gm28043-201ENSMUST00000130871 6521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Sppl2a-201ENSMUST00000028844 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 C77080-203ENSMUST00000106051 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 C77080-202ENSMUST00000097873 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Pgpep1-201ENSMUST00000070173 4883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Dnmt3b-205ENSMUST00000103150 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
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Use1Q9CQ56 Mtmr2-208ENSMUST00000155679 3088 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Stau2-215ENSMUST00000162435 2735 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Plcd1-203ENSMUST00000214470 2706 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Tcirg1-201ENSMUST00000001801 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Use1Q9CQ56 Rabep2-201ENSMUST00000106405 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms