Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Epha1-201ENSMUST00000073387 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Erich1-201ENSMUST00000110813 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Acp5-202ENSMUST00000115315 1349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Casc3-204ENSMUST00000169695 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Adam15-204ENSMUST00000107448 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mecp2-203ENSMUST00000123362 1675 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Stx5a-201ENSMUST00000010254 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 9330182L06Rik-202ENSMUST00000115348 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Kdm2b-201ENSMUST00000031435 3532 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Trp53-206ENSMUST00000171247 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Trim68-205ENSMUST00000210855 2301 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Rrp1-201ENSMUST00000062678 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Spatc1l-202ENSMUST00000105414 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tmbim6-206ENSMUST00000161250 1148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 C330013E15Rik-201ENSMUST00000181034 878 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mhrt-201ENSMUST00000181782 828 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tpd52l1-205ENSMUST00000215515 857 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tex26-201ENSMUST00000031667 1137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Lim2-201ENSMUST00000004732 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mettl5-201ENSMUST00000060447 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Fbxo34-203ENSMUST00000163324 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ppfia3-201ENSMUST00000003961 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm11946-201ENSMUST00000123459 3941 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Pcsk4-201ENSMUST00000020340 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Zdhhc7-201ENSMUST00000034280 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Abl2-201ENSMUST00000027888 3549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gtf2h1-201ENSMUST00000006774 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gpr18-201ENSMUST00000055475 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Alox5-201ENSMUST00000026795 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ints14-201ENSMUST00000037504 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gtf2ird1-208ENSMUST00000167084 3283 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 App-204ENSMUST00000227021 3264 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Apol8-202ENSMUST00000089450 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm36839-201ENSMUST00000222088 2093 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Snx8-205ENSMUST00000196566 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mib2-201ENSMUST00000103176 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Txn2-202ENSMUST00000100486 676 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Cd99l2-204ENSMUST00000114587 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm16342-201ENSMUST00000124025 1025 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Rdh18-ps-201ENSMUST00000137395 944 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Rdh18-ps-202ENSMUST00000143917 953 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm22331-201ENSMUST00000158066 136 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 1700092C10Rik-201ENSMUST00000172547 585 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm27501-201ENSMUST00000183599 107 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Hist1h3h-201ENSMUST00000188775 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm28380-201ENSMUST00000188800 385 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Hist1h3i-201ENSMUST00000189457 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm38002-201ENSMUST00000193255 180 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Snhg8-203ENSMUST00000199645 528 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mpv17-209ENSMUST00000202241 903 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Spc24-204ENSMUST00000216057 627 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 AC167229.2-201ENSMUST00000218902 675 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm12166-201ENSMUST00000093169 958 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Rcbtb1-202ENSMUST00000043227 3903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Iqgap1-201ENSMUST00000167377 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Clip2-201ENSMUST00000036999 4893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Rgs6-203ENSMUST00000185665 2201 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Zfp639-205ENSMUST00000193287 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ifi35-201ENSMUST00000010502 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Atp2a3-207ENSMUST00000163326 4606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Racgap1-201ENSMUST00000023756 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Nfasc-208ENSMUST00000188307 3049 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 G3bp2-209ENSMUST00000202258 1884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Snrpn-202ENSMUST00000098402 2076 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Dmpk-201ENSMUST00000032568 2761 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Pcdha8-201ENSMUST00000194038 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mageb10-ps-201ENSMUST00000119697 1407 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tc2n-203ENSMUST00000160830 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Pcyox1l-201ENSMUST00000025472 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mybl1-201ENSMUST00000088658 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Proser2-202ENSMUST00000114942 4398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Efnb1-201ENSMUST00000052839 3258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Apbb1-215ENSMUST00000190369 1882 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm44645-201ENSMUST00000205492 1653 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Taldo1-204ENSMUST00000211654 1362 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Creld2-201ENSMUST00000024042 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Wfdc9-202ENSMUST00000109335 547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Crybb2-202ENSMUST00000112336 906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mrpl2-203ENSMUST00000113430 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm11615-201ENSMUST00000156205 818 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gng2-204ENSMUST00000160013 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm27516-201ENSMUST00000184237 98 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm3786-201ENSMUST00000202659 378 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ins2-209ENSMUST00000210288 918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 1700127F24Rik-201ENSMUST00000221685 604 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tmem40-201ENSMUST00000072933 1272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Col4a1-201ENSMUST00000033898 6615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Plekha1-203ENSMUST00000120441 3777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 4921514A10Rik-201ENSMUST00000181450 2114 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Phtf2-201ENSMUST00000118174 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm4858-202ENSMUST00000194595 1810 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ceacam16-201ENSMUST00000014830 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Acy1-201ENSMUST00000024031 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Fbxo46-202ENSMUST00000165913 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Fam118b-203ENSMUST00000121564 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Men1-207ENSMUST00000113503 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Syt6-203ENSMUST00000118117 1856 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Marveld2-203ENSMUST00000168772 1888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gpr137c-201ENSMUST00000146150 3917 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Sema3b-201ENSMUST00000073448 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49.6 ms