Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 2810429I04Rik-210ENSMUST00000189464 868 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Syde2-204ENSMUST00000212479 3810 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm5035-201ENSMUST00000215581 927 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Cks1b-201ENSMUST00000029679 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Sh3bgrl3-201ENSMUST00000030651 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Ngf-201ENSMUST00000035952 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Fgfr1op2-201ENSMUST00000037836 687 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm3222-201ENSMUST00000071282 990 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Itgb1-201ENSMUST00000090006 3815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 S100a16-201ENSMUST00000098910 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Usp33-202ENSMUST00000117492 3886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 BC005537-201ENSMUST00000019276 5849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Fh1-201ENSMUST00000027810 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Snrpa-202ENSMUST00000122202 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Glyr1-202ENSMUST00000115844 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Glyr1-201ENSMUST00000023189 3330 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Dmtn-202ENSMUST00000022695 4080 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 5033426O07Rik-202ENSMUST00000212635 2110 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 6530402F18Rik-203ENSMUST00000155949 4301 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Sema3b-201ENSMUST00000073448 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Zcchc3-201ENSMUST00000099207 3073 ntAPPRIS P1 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Rhobtb1-210ENSMUST00000167384 2331 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Sf3a1-201ENSMUST00000002198 4920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Ranbp3-201ENSMUST00000002445 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Depdc1b-201ENSMUST00000051594 2563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Neu2-203ENSMUST00000164128 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Scarf1-202ENSMUST00000118243 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Rbm46-201ENSMUST00000048647 1794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Ablim3-201ENSMUST00000049378 4532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Cenpt-201ENSMUST00000040776 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Mon1a-202ENSMUST00000191906 2821 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Nt5c2-202ENSMUST00000168536 3769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Hoxc10-201ENSMUST00000001699 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Fem1a-201ENSMUST00000060253 6816 ntAPPRIS P1 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Dr1-201ENSMUST00000031190 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Mdfic-206ENSMUST00000189359 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Barhl2-201ENSMUST00000086795 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Zkscan4-201ENSMUST00000062609 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Tdrp-201ENSMUST00000062613 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Kcnj8-202ENSMUST00000203945 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Ndufa13-201ENSMUST00000110167 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm13829-201ENSMUST00000119600 138 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Rpsa-ps9-201ENSMUST00000120702 885 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 1700047K16Rik-201ENSMUST00000145068 886 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm17150-201ENSMUST00000165577 381 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Sema6b-202ENSMUST00000167545 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Ccdc24-209ENSMUST00000171052 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Otx2os1-202ENSMUST00000183803 743 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 4930449I04Rik-201ENSMUST00000198191 1123 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Fkbp2-201ENSMUST00000070878 642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm5356-201ENSMUST00000093326 615 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Ociad1-202ENSMUST00000071081 1311 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Nr1d1-201ENSMUST00000064941 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Smarce1-201ENSMUST00000103133 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Vav1-201ENSMUST00000005889 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm12503-201ENSMUST00000146576 3127 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Fbxo34-203ENSMUST00000163324 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Slc8b1-203ENSMUST00000111889 1624 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 App-204ENSMUST00000227021 3264 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 2700080J24Rik-201ENSMUST00000205314 1662 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Hsd3b7-203ENSMUST00000106272 1725 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Rbm42-201ENSMUST00000042726 1784 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Trim15-201ENSMUST00000025329 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Rnf135-201ENSMUST00000017839 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Cant1-201ENSMUST00000017620 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Slc43a1-201ENSMUST00000028469 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Btbd10-201ENSMUST00000047091 2581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Asah1-201ENSMUST00000034000 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gnpat-201ENSMUST00000034466 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Arhgap44-203ENSMUST00000093002 3982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Serp1-201ENSMUST00000029385 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm10369-201ENSMUST00000100641 1148 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm11524-201ENSMUST00000119349 807 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Srp72-202ENSMUST00000120550 2297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Tdrd5-201ENSMUST00000121146 3759 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Aire-207ENSMUST00000140636 1615 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Ffar2-202ENSMUST00000163504 1913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm17232-201ENSMUST00000164515 453 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm27772-201ENSMUST00000184900 187 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Ppp1r18-206ENSMUST00000190496 1395 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm15411-202ENSMUST00000201913 668 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Fam57b-203ENSMUST00000205324 1915 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm19078-201ENSMUST00000206311 727 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm18062-201ENSMUST00000208020 547 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm18055-201ENSMUST00000208254 547 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Acot3-201ENSMUST00000021653 3431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Sike1-201ENSMUST00000029447 7375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Fam192a-201ENSMUST00000034226 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Drd5-201ENSMUST00000041646 3152 ntAPPRIS P1 BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Kcnk9-201ENSMUST00000044624 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Ntf3-201ENSMUST00000050484 1483 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 9130008F23Rik-201ENSMUST00000068258 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Akr1b7-201ENSMUST00000007449 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Pgd-201ENSMUST00000084124 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Gbp5-201ENSMUST00000090127 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Endod1-201ENSMUST00000167549 4470 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Fgfr3-203ENSMUST00000114411 4225 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Med22-202ENSMUST00000102899 3506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Akap17b-201ENSMUST00000051906 6003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
Sf3b1Q99NB9 Agap1-201ENSMUST00000027521 11921 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 80.4 ms