Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 4930592C13Rik-201ENSMUST00000196791 661 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 AC159619.3-201ENSMUST00000222694 473 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Taf11-201ENSMUST00000025057 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Mettl26-201ENSMUST00000026827 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Uqcr10-201ENSMUST00000058407 434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Stxbp2-207ENSMUST00000160708 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Sbds-201ENSMUST00000026387 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Hnrnpr-204ENSMUST00000131671 2543 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Syt8-201ENSMUST00000097939 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Desi2-201ENSMUST00000027783 8802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Kdm2b-201ENSMUST00000031435 3532 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tmem2-201ENSMUST00000025663 6585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm43738-201ENSMUST00000200659 2635 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ssr1-204ENSMUST00000225319 1610 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Thumpd1-201ENSMUST00000033236 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm44981-201ENSMUST00000205549 1943 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Epha1-201ENSMUST00000073387 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Prkacb-202ENSMUST00000102515 4347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 2810474O19Rik-202ENSMUST00000100765 5356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Mpl-203ENSMUST00000106375 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Zfp553-202ENSMUST00000106312 3342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ksr1-207ENSMUST00000226282 5260 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Zfp318-204ENSMUST00000138127 3936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Igsf8-204ENSMUST00000139528 2866 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Rusc2-207ENSMUST00000131668 5093 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Map2k6-201ENSMUST00000020949 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Cuedc2-201ENSMUST00000051234 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Wbp2-201ENSMUST00000074628 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Pop7-202ENSMUST00000111035 988 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm11918-201ENSMUST00000121660 179 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm15948-201ENSMUST00000150616 403 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Arf5-202ENSMUST00000169841 768 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm26515-201ENSMUST00000181141 996 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Rnf2-203ENSMUST00000186415 1106 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 AC155258.1-201ENSMUST00000219303 253 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Klhl33-204ENSMUST00000227271 5513 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Itgb1-201ENSMUST00000090006 3815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Zmat5-201ENSMUST00000009220 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Olfr554-201ENSMUST00000098221 954 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Dennd4c-201ENSMUST00000045512 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Cntfr-204ENSMUST00000102962 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Klc2-203ENSMUST00000113728 2838 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ss18l1-201ENSMUST00000041126 4343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Dnm1-204ENSMUST00000113352 4605 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Spg20-201ENSMUST00000044116 3770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ttyh2-201ENSMUST00000045779 3486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Nr2f1-205ENSMUST00000150498 2588 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm13589-201ENSMUST00000146404 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Barhl2-201ENSMUST00000086795 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Zfp503-201ENSMUST00000043409 4216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Sntb1-201ENSMUST00000039769 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Phldb1-212ENSMUST00000138356 5600 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tns1-222ENSMUST00000212888 5643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ppt2-210ENSMUST00000171376 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Emilin3-201ENSMUST00000057169 3547 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Plcb3-201ENSMUST00000025912 4201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Dnmt3b-202ENSMUST00000072997 4208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Zbtb20-203ENSMUST00000114691 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tbc1d16-203ENSMUST00000207655 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Acr-201ENSMUST00000023295 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gdap1l1-201ENSMUST00000018087 2220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Hnrnpa2b1-204ENSMUST00000203220 1638 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Mul1-203ENSMUST00000105815 473 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm11574-201ENSMUST00000139752 946 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 9130410C08Rik-201ENSMUST00000155499 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm24420-201ENSMUST00000176676 59 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Sftpa1-201ENSMUST00000022314 851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Nudt17-201ENSMUST00000029742 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm5519-201ENSMUST00000042061 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Alkbh6-201ENSMUST00000060834 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Mto1-201ENSMUST00000034896 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Pcdh10-204ENSMUST00000193252 4638 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Txndc11-203ENSMUST00000118679 3523 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Cul7-201ENSMUST00000043464 5530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Efnb1-201ENSMUST00000052839 3258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Oxa1l-201ENSMUST00000000985 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Col9a2-201ENSMUST00000030372 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Zic4-209ENSMUST00000173933 1764 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Mapk8-201ENSMUST00000022504 2587 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ddx4-202ENSMUST00000099166 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 4932422M17Rik-201ENSMUST00000195992 2639 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Atp6v1h-204ENSMUST00000192698 1811 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Cchcr1-202ENSMUST00000164242 2656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Trank1-201ENSMUST00000078626 10520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gnpda2-201ENSMUST00000031117 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Plekhb1-206ENSMUST00000107047 1926 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Eif4g3-203ENSMUST00000084215 8134 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Klhl9-201ENSMUST00000094993 4174 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Fbxo21-201ENSMUST00000035579 3883 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Narfl-204ENSMUST00000134108 2062 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Dnajb2-210ENSMUST00000188931 3066 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Pak1-205ENSMUST00000206984 2794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Rbm46-201ENSMUST00000048647 1794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm15240-201ENSMUST00000118156 720 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Map2k3os-201ENSMUST00000123544 1291 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Rapgef3os2-201ENSMUST00000124374 920 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ube2i-205ENSMUST00000172587 508 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Oaz1-203ENSMUST00000179172 744 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tac2-202ENSMUST00000179960 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm10535-201ENSMUST00000182275 915 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.3 ms