Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Ptk2-201ENSMUST00000110036 4184 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Fam160a2-204ENSMUST00000122327 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Spock3-201ENSMUST00000093480 3024 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Nav1-207ENSMUST00000190298 8557 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Shroom1-201ENSMUST00000018531 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Gm36839-201ENSMUST00000222088 2093 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Fam161a-205ENSMUST00000172602 1935 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Prkacb-202ENSMUST00000102515 4347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Grin1-204ENSMUST00000114310 4276 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Penk-201ENSMUST00000070375 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Ntf3-202ENSMUST00000112244 1399 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Gm13496-201ENSMUST00000141133 1165 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Ly6g6e-204ENSMUST00000172959 501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 AC154828.2-201ENSMUST00000220908 1070 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Prss29-201ENSMUST00000024993 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Pfdn6-201ENSMUST00000025163 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Lhb-201ENSMUST00000072453 678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 1810030O07Rik-201ENSMUST00000060108 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Rnf224-201ENSMUST00000091318 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Guca1b-201ENSMUST00000024774 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Ccdc90b-201ENSMUST00000032842 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Neurl3-201ENSMUST00000056946 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Zfp94-201ENSMUST00000032673 2529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 1700022A21Rik-202ENSMUST00000182910 1448 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Aff4-201ENSMUST00000060945 10099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Cox16-201ENSMUST00000002757 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Glmn-202ENSMUST00000082121 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Nars-201ENSMUST00000025483 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Iqcj-201ENSMUST00000063263 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Galnt6-201ENSMUST00000052069 3798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Casp7-201ENSMUST00000026062 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Prkce-201ENSMUST00000097274 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Tfdp2-203ENSMUST00000165768 2212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Wwox-201ENSMUST00000004756 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Lmod3-201ENSMUST00000095655 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Sv2c-203ENSMUST00000182289 2197 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Gm45706-201ENSMUST00000213063 2136 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Eya1-203ENSMUST00000168081 4366 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Fam198a-202ENSMUST00000213773 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Got1-201ENSMUST00000026196 2058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Tfb2m-201ENSMUST00000027769 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Sgce-205ENSMUST00000115579 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Dhdds-204ENSMUST00000105887 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Gm16181-201ENSMUST00000118793 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Rwdd3-209ENSMUST00000170781 1111 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Gsdmcl2-204ENSMUST00000186026 736 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.9 ms