Protein–RNA interactions for Protein: P50431

Shmt1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, mousemouse

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Shmt1P50431 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Shmt1P50431 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Shmt1P50431 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Shmt1P50431 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Fam241b-203ENSMUST00000124615 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Gm6217-201ENSMUST00000222182 829 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Tusc3-201ENSMUST00000167992 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Jund-201ENSMUST00000095267 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Spata2-202ENSMUST00000109211 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Shmt1P50431 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Dnajc19-203ENSMUST00000117223 1695 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Rnf166-201ENSMUST00000014614 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Oaz2-201ENSMUST00000046490 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Akt1s1-201ENSMUST00000054343 1592 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Gm5602-201ENSMUST00000146366 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Shmt1P50431 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Tbc1d10a-201ENSMUST00000041042 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Shmt1P50431 Nsd1-206ENSMUST00000224918 1001 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 111.8 ms