Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Rrp36-201ENSMUST00000024766 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm7399-201ENSMUST00000032395 858 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Tmem86b-201ENSMUST00000055085 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Sorbs3-204ENSMUST00000227929 2460 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Pex3-202ENSMUST00000105539 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Wdfy3-206ENSMUST00000174698 3858 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Mpl-203ENSMUST00000106375 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ptpn6-210ENSMUST00000174265 1743 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm9917-201ENSMUST00000180865 5192 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ifrd1-201ENSMUST00000001672 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Etl4-207ENSMUST00000114610 2863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ciart-202ENSMUST00000159739 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Dnaja3-201ENSMUST00000060067 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Foxl1-201ENSMUST00000181609 2705 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Hnf1a-201ENSMUST00000031535 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Fam169b-206ENSMUST00000210558 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Shank3-201ENSMUST00000039074 7131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 1700034H15Rik-202ENSMUST00000139827 4354 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Apbb1-212ENSMUST00000189072 2085 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Nat6-201ENSMUST00000093785 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Acss1-201ENSMUST00000028944 3618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Pde4d-204ENSMUST00000117879 1724 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm12786-201ENSMUST00000129617 644 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Oprm1-229ENSMUST00000152674 1179 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm16282-201ENSMUST00000162641 451 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm27572-201ENSMUST00000183702 255 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 1700030C10Rik-202ENSMUST00000186243 126 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm9299-201ENSMUST00000206392 1140 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 AC122459.1-201ENSMUST00000228373 885 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Mettl26-201ENSMUST00000026827 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Trpt1-201ENSMUST00000088223 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm10313-201ENSMUST00000095320 1002 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Klf15-202ENSMUST00000113530 2374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Plekhb1-206ENSMUST00000107047 1926 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm9913-201ENSMUST00000066157 2793 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Slc2a6-202ENSMUST00000102890 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Hic1-201ENSMUST00000055619 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Wbscr25-202ENSMUST00000148729 2075 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Cndp2-202ENSMUST00000168419 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Myo9b-201ENSMUST00000071935 7082 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Rai2-202ENSMUST00000112338 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Rragb-201ENSMUST00000039720 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Lrwd1-201ENSMUST00000006301 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Mapk9-201ENSMUST00000020634 4675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 AL645783.1-201ENSMUST00000221416 1832 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Necab3-201ENSMUST00000000895 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Alox8-202ENSMUST00000094078 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Daxx-208ENSMUST00000174541 2325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Kmt5b-206ENSMUST00000113973 6130 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Prkcz-201ENSMUST00000030922 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Oprl1-203ENSMUST00000108766 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Pkig-203ENSMUST00000109400 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Shf-202ENSMUST00000110530 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Spcs2-ps-201ENSMUST00000122326 682 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Nmi-205ENSMUST00000145481 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Sox2ot-208ENSMUST00000197103 802 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Med10-201ENSMUST00000022089 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm8225-201ENSMUST00000090257 879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Olfr1209-201ENSMUST00000099809 933 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Aqp8-201ENSMUST00000033023 1487 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ddb2-201ENSMUST00000028696 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Vps26a-202ENSMUST00000105447 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Hps1-204ENSMUST00000160455 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Chuk-201ENSMUST00000026217 3502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Cyb5r3-201ENSMUST00000018186 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ptpn6-203ENSMUST00000171549 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ddc-201ENSMUST00000066237 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm42690-201ENSMUST00000197921 1836 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ccdc103-201ENSMUST00000021307 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Rnaseh2a-210ENSMUST00000147812 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Cabp4-201ENSMUST00000025761 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ablim2-203ENSMUST00000114203 1333 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ccdc158-203ENSMUST00000150359 3353 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Acot6-201ENSMUST00000056822 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Tnfrsf11a-201ENSMUST00000027559 5027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ptp4a1-202ENSMUST00000076587 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Rnf123-201ENSMUST00000047746 4722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Map3k12-207ENSMUST00000169377 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Dlg1-201ENSMUST00000023454 3725 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Kcnc1-201ENSMUST00000025202 7760 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Phf23-209ENSMUST00000153684 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Vps53-201ENSMUST00000056601 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Pdlim7-201ENSMUST00000046246 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Nap1l1-203ENSMUST00000217908 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Rnd1-201ENSMUST00000003451 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm5187-201ENSMUST00000117317 991 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm14617-202ENSMUST00000144208 607 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Tldc2-202ENSMUST00000166140 639 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Grp-202ENSMUST00000173530 617 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm45505-201ENSMUST00000210252 948 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 AC144543.1-201ENSMUST00000221840 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 CT485787.1-201ENSMUST00000225617 968 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 AC126253.1-201ENSMUST00000227974 824 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 AC121598.1-201ENSMUST00000228224 1019 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Polr2e-201ENSMUST00000004786 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Tmem94-201ENSMUST00000093912 5329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ints8-203ENSMUST00000108319 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Cep170b-203ENSMUST00000179041 6565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Msx3-201ENSMUST00000055353 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Klhl11-201ENSMUST00000056665 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 54.5 ms