Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Pcyox1l-201ENSMUST00000025472 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Endod1-201ENSMUST00000167549 4470 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Depdc1b-201ENSMUST00000051594 2563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Boll-202ENSMUST00000114423 1106 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Vps29-204ENSMUST00000118830 1014 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 E130201H02Rik-201ENSMUST00000123576 851 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Mir6392-201ENSMUST00000184924 108 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ighv8-8-201ENSMUST00000192591 358 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 AC155286.1-201ENSMUST00000218632 448 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Hist1h3b-201ENSMUST00000091703 620 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Khdrbs1-201ENSMUST00000066257 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Itpk1-201ENSMUST00000046518 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Mpp4-201ENSMUST00000066374 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Mpp4-202ENSMUST00000078874 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Prkcsh-205ENSMUST00000216344 2228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Echdc1-202ENSMUST00000160399 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Adam10-201ENSMUST00000067880 4593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Slc16a6-202ENSMUST00000070152 4219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Skap1-205ENSMUST00000107662 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ccnf-201ENSMUST00000115390 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Mypopos-202ENSMUST00000205975 2321 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 D6Ertd527e-204ENSMUST00000204927 2218 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Serp1-201ENSMUST00000029385 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ralyl-206ENSMUST00000193117 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Cnksr2-202ENSMUST00000112513 4471 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 1700034H15Rik-202ENSMUST00000139827 4354 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Psma3-202ENSMUST00000160027 2846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Rab1a-202ENSMUST00000109601 1200 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Rpl27a-203ENSMUST00000143107 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm13134-202ENSMUST00000144347 387 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm12091-201ENSMUST00000146791 830 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm23984-201ENSMUST00000157139 203 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 AC131690.1-201ENSMUST00000218406 374 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 AC153937.4-201ENSMUST00000218479 661 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ins1-201ENSMUST00000039652 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 6530402F18Rik-203ENSMUST00000155949 4301 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Plxnb1-201ENSMUST00000072093 8649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Smarce1-201ENSMUST00000103133 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Nr2e3-201ENSMUST00000034831 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 1700029J07Rik-201ENSMUST00000095323 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Zdhhc7-201ENSMUST00000034280 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Rtkn-202ENSMUST00000087938 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Pglyrp2-201ENSMUST00000114455 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Tbrg4-201ENSMUST00000000394 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Nt5c2-203ENSMUST00000172239 3148 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm28496-202ENSMUST00000137742 2752 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Cfap157-201ENSMUST00000102813 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Prox1-201ENSMUST00000010319 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gabra4-201ENSMUST00000031121 4108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm4262-201ENSMUST00000180624 1986 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Mrps35-201ENSMUST00000036111 4162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Efs-201ENSMUST00000022813 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 4930478K11Rik-201ENSMUST00000181875 715 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Poc1a-205ENSMUST00000191434 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm17795-201ENSMUST00000214505 757 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Atp5h-202ENSMUST00000073791 659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Arrdc5-201ENSMUST00000097303 1054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Kcnh4-201ENSMUST00000107361 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Shroom3-202ENSMUST00000113054 6401 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Tbc1d10c-201ENSMUST00000045864 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Bag6-201ENSMUST00000025250 3858 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 AC140354.1-201ENSMUST00000219499 2425 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Zkscan4-201ENSMUST00000062609 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Vopp1-202ENSMUST00000127485 2908 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Nop53-201ENSMUST00000044158 3176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Tle1-204ENSMUST00000102848 3660 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Pex11b-207ENSMUST00000165842 1562 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Pctp-201ENSMUST00000020864 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Map2k7-211ENSMUST00000145165 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Zfp57-201ENSMUST00000069250 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ubc-202ENSMUST00000136312 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ascc1-201ENSMUST00000050516 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Dnm1-205ENSMUST00000113365 3257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm37019-201ENSMUST00000192133 2134 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ptbp3-205ENSMUST00000148331 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Rusc1-202ENSMUST00000090929 3706 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Rlf-201ENSMUST00000056635 6242 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm45605-201ENSMUST00000210265 4269 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Cdt1-201ENSMUST00000006760 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Car7-202ENSMUST00000159416 1943 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ffar2-202ENSMUST00000163504 1913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm26852-201ENSMUST00000180691 5751 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm33195-201ENSMUST00000220827 2337 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Rnf180-203ENSMUST00000224662 2734 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Chtop-205ENSMUST00000107343 3118 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Wsb1-201ENSMUST00000017821 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Dimt1-201ENSMUST00000022203 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Car4-201ENSMUST00000103194 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm6912-201ENSMUST00000117218 544 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 4930456L15Rik-201ENSMUST00000145577 1185 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 9430085M18Rik-201ENSMUST00000198824 1178 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm5279-201ENSMUST00000199575 745 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Timm9-206ENSMUST00000221367 836 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 AC124510.1-201ENSMUST00000222659 583 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Tmco5b-201ENSMUST00000040856 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Prss38-201ENSMUST00000061481 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Maged2-201ENSMUST00000026302 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Macrod2-204ENSMUST00000110062 3554 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Timp4-201ENSMUST00000032462 5496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Cdx4-201ENSMUST00000033689 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.5 ms