Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Fkbp4-201ENSMUST00000032508 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Klhl9-201ENSMUST00000094993 4174 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Dnmt3b-210ENSMUST00000109774 4320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Drd5-201ENSMUST00000041646 3152 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Cc2d1b-201ENSMUST00000030320 3303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Jpt1-201ENSMUST00000021083 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Amz2-202ENSMUST00000092500 2816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Ldha-214ENSMUST00000210815 1535 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Wdr45b-201ENSMUST00000026173 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Pex5-201ENSMUST00000035861 3139 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm3373-202ENSMUST00000177556 1955 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm3500-201ENSMUST00000177986 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Wdr70-201ENSMUST00000045766 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm15512-201ENSMUST00000137359 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Nfat5-203ENSMUST00000125721 5899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Nkx6-1-201ENSMUST00000044125 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Suv39h2-201ENSMUST00000027956 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Prss45-201ENSMUST00000011391 1232 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Slc35a2-202ENSMUST00000115660 3094 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Wisp1-202ENSMUST00000118823 708 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Miip-202ENSMUST00000119975 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm15869-201ENSMUST00000126427 734 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Cenpa-206ENSMUST00000149759 346 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Pmepa1os-201ENSMUST00000150185 680 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Fbxo44-205ENSMUST00000151127 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm6460-202ENSMUST00000163787 821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm8879-201ENSMUST00000170260 1125 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 4933402N22Rik-202ENSMUST00000170301 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Eci2-211ENSMUST00000171229 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm8652-201ENSMUST00000181363 964 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm7287-201ENSMUST00000205267 602 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm44780-201ENSMUST00000205409 581 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Fxyd1-217ENSMUST00000206860 594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Fam24a-203ENSMUST00000207784 600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Efcab10-201ENSMUST00000020878 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Tssc1-207ENSMUST00000222407 489 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 AC123645.1-201ENSMUST00000228469 605 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Krt18-201ENSMUST00000023803 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 9430041J12Rik-201ENSMUST00000050989 534 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm6091-201ENSMUST00000098307 165 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Ttll11-201ENSMUST00000028248 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Mark2-209ENSMUST00000165965 2874 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Sgk1-202ENSMUST00000092673 2576 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Actg1-204ENSMUST00000106215 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Arf1-201ENSMUST00000061242 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Slc52a3-203ENSMUST00000109859 2204 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Synj2-210ENSMUST00000115791 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Nab1-205ENSMUST00000186764 3640 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Slc6a8-203ENSMUST00000114465 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Ghdc-201ENSMUST00000017891 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Kif1c-203ENSMUST00000102554 6684 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Cdca5-201ENSMUST00000025704 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm5478-201ENSMUST00000100184 2566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Pola2-201ENSMUST00000025752 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Lap3-201ENSMUST00000046122 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Trank1-201ENSMUST00000078626 10520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Ank3-223ENSMUST00000182557 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Arap2-201ENSMUST00000076623 7306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Dera-207ENSMUST00000203693 1446 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Nipsnap3b-202ENSMUST00000107665 848 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 1700113H08Rik-202ENSMUST00000189456 974 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 4930500L23Rik-201ENSMUST00000198000 747 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm17795-201ENSMUST00000214505 757 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Wtap-201ENSMUST00000007007 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Fam228b-201ENSMUST00000053458 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Dhx34-203ENSMUST00000119102 4310 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm4756-202ENSMUST00000208039 2344 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Tmem2-201ENSMUST00000025663 6585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Rassf5-203ENSMUST00000112442 3388 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Slc24a3-201ENSMUST00000081121 1788 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Sirpa-202ENSMUST00000099113 3342 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Retsat-205ENSMUST00000176364 1647 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Cct6b-202ENSMUST00000100722 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Reps2-202ENSMUST00000112334 7675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Ankrd10-202ENSMUST00000169782 5156 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Slc8b1-201ENSMUST00000068326 2898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 F2-201ENSMUST00000028681 1988 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Spag8-202ENSMUST00000107870 1342 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Clstn1-202ENSMUST00000105691 4459 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Nck1-202ENSMUST00000116522 4476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Cul3-201ENSMUST00000163119 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Trmt6-201ENSMUST00000039554 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Socs7-201ENSMUST00000045540 7015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Lamp2-203ENSMUST00000074913 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gpc6-201ENSMUST00000078849 1668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Phyh-201ENSMUST00000027975 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Tbk1-201ENSMUST00000020316 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Fem1a-201ENSMUST00000060253 6816 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Edn3-201ENSMUST00000029030 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Mcrs1-202ENSMUST00000163506 1795 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Tmem254b-202ENSMUST00000100806 1108 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Tmem254a-201ENSMUST00000100811 1108 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm23931-201ENSMUST00000103842 109 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Glrx2-202ENSMUST00000111957 580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm5940-201ENSMUST00000117582 1068 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm15821-201ENSMUST00000121995 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm27847-201ENSMUST00000183711 107 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm27375-201ENSMUST00000183799 107 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm29501-201ENSMUST00000186133 530 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col6a1Q04857 Gm29154-230ENSMUST00000215044 1165 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 71.3 ms