Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Rnf2-203ENSMUST00000186415 1106 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm33320-201ENSMUST00000192232 530 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm20646-202ENSMUST00000199521 660 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm30934-201ENSMUST00000215803 815 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 AC131690.1-201ENSMUST00000218406 374 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 AC159114.1-201ENSMUST00000220349 266 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Tmem86b-202ENSMUST00000205360 1344 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 3110082I17Rik-201ENSMUST00000066052 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Elmsan1-202ENSMUST00000110294 7156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Pear1-205ENSMUST00000172621 4490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpa2b1-204ENSMUST00000203220 1638 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 1810014B01Rik-201ENSMUST00000181587 1661 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Sesn3-207ENSMUST00000209187 1700 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm26847-201ENSMUST00000180407 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Bet1l-201ENSMUST00000026557 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Plekha1-202ENSMUST00000075181 2301 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Mtif2-202ENSMUST00000093239 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Commd7-201ENSMUST00000071852 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Ptk2-202ENSMUST00000170939 3598 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Sh3glb1-201ENSMUST00000163279 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Klhl21-201ENSMUST00000097773 3986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gpr155-202ENSMUST00000076463 5061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Phka1-201ENSMUST00000043596 5938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Agap1-201ENSMUST00000027521 11921 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Traf2-201ENSMUST00000028311 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 P4hb-201ENSMUST00000026122 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 AC126549.2-201ENSMUST00000223997 1976 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Elovl1-207ENSMUST00000167636 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Trbc1-201ENSMUST00000103291 512 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Trbc2-201ENSMUST00000103299 692 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Clnkos-201ENSMUST00000114080 439 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm27321-201ENSMUST00000185021 205 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 2610008E11Rik-204ENSMUST00000220220 799 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Selenow-201ENSMUST00000044355 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Apobec2-201ENSMUST00000046549 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Zswim7-201ENSMUST00000072916 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Casc4-203ENSMUST00000089915 3475 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Slc8a2-202ENSMUST00000211649 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Ncln-202ENSMUST00000118498 2841 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Smo-201ENSMUST00000001812 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Dlx6-202ENSMUST00000160937 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Prkcsh-205ENSMUST00000216344 2228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Utp4-201ENSMUST00000047629 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gas2l3-207ENSMUST00000220128 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Rprd1b-202ENSMUST00000103123 4504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Serinc5-201ENSMUST00000049488 5366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Cbln4-201ENSMUST00000087950 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Adam15-204ENSMUST00000107448 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gpt-201ENSMUST00000023203 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Palb2-201ENSMUST00000063587 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Mib2-201ENSMUST00000103176 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Ginm1-204ENSMUST00000124838 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Zfp628-201ENSMUST00000116354 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Lancl1-202ENSMUST00000113979 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Cldn14-201ENSMUST00000050962 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Samd4b-204ENSMUST00000208199 4391 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Mdm1-208ENSMUST00000219087 1318 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Ppdpf-202ENSMUST00000108841 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 3000002C10Rik-202ENSMUST00000133495 1008 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 3110053B16Rik-204ENSMUST00000145605 575 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm27306-201ENSMUST00000183970 107 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm9063-201ENSMUST00000223299 582 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Haus1-201ENSMUST00000048192 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Ifng-201ENSMUST00000068592 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Hist1h2aa-201ENSMUST00000072391 390 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm11937-201ENSMUST00000076478 396 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Syce1l-202ENSMUST00000095173 791 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm26565-201ENSMUST00000181642 1968 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Zbp1-201ENSMUST00000029018 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Kpnb1-201ENSMUST00000001479 5894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Celf3-201ENSMUST00000029784 2744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Tmem39a-214ENSMUST00000171687 2667 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Trim15-201ENSMUST00000025329 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Prox1-201ENSMUST00000010319 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Dnm1-205ENSMUST00000113365 3257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Efnb1-201ENSMUST00000052839 3258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Hes2-201ENSMUST00000030782 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Stk33-202ENSMUST00000106745 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Plekha1-203ENSMUST00000120441 3777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Dnajb2-210ENSMUST00000188931 3066 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Morn1-201ENSMUST00000030915 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Itga3-201ENSMUST00000001548 4861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Cnot7-201ENSMUST00000034012 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Myocd-202ENSMUST00000102635 4935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Phka1-204ENSMUST00000119229 6025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Depdc1b-201ENSMUST00000051594 2563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 AU040320-202ENSMUST00000102607 4191 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Adra1b-204ENSMUST00000167574 3047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Rplp0-201ENSMUST00000086519 1358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Men1-207ENSMUST00000113503 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Stat3-201ENSMUST00000092671 2927 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm33195-201ENSMUST00000220827 2337 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Tet3-203ENSMUST00000186548 5944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Six1-201ENSMUST00000050029 3316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Ube2v2-202ENSMUST00000115776 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Gm15460-201ENSMUST00000118147 391 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Rnd1-203ENSMUST00000120997 856 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Haghl-203ENSMUST00000133071 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Zfp511-201ENSMUST00000168194 1076 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Aqp10-ps-201ENSMUST00000199555 611 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.2 ms