Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Hist2h3b-201ENSMUST00000098843 488 ntAPPRIS P1 BASIC13.46□□□□□ -0.25
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Use1Q9CQ56 Neu2-203ENSMUST00000164128 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Use1Q9CQ56 Spo11-201ENSMUST00000050442 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Use1Q9CQ56 Adamts7-208ENSMUST00000167122 5338 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Use1Q9CQ56 N4bp3-201ENSMUST00000001080 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Use1Q9CQ56 Alg10b-201ENSMUST00000100309 3727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Use1Q9CQ56 Tfap2a-201ENSMUST00000021787 3487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Pramel1-201ENSMUST00000037419 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Rbm34-201ENSMUST00000045994 3424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Syt13-201ENSMUST00000028648 3761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Kcnj12-201ENSMUST00000041944 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Ick-203ENSMUST00000117330 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Mettl27-203ENSMUST00000111218 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Me1-201ENSMUST00000034989 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Rnf135-201ENSMUST00000017839 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Gm9918-201ENSMUST00000181801 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Xrcc1-201ENSMUST00000063249 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Lhx1-201ENSMUST00000018842 3846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Derl3-202ENSMUST00000217811 1316 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Catsper4-204ENSMUST00000169381 1506 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Ctps-201ENSMUST00000030381 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Arpc1b-201ENSMUST00000085679 3105 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Tpd52l1-202ENSMUST00000213528 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Mpped1-203ENSMUST00000109470 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Slc8a3-203ENSMUST00000182208 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Hist1h2be-202ENSMUST00000091704 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Ap4e1-203ENSMUST00000110394 2271 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Aim2-202ENSMUST00000147604 2839 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Asxl1-201ENSMUST00000109790 6968 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Mtdh-201ENSMUST00000022865 6919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Syt10-201ENSMUST00000029441 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gucy2e-201ENSMUST00000021259 8331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Pnkd-201ENSMUST00000027370 2937 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Phka1-203ENSMUST00000113611 6064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Phka1-205ENSMUST00000120270 6064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Zfp444-204ENSMUST00000108567 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Wac-201ENSMUST00000074919 3070 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Phb2-201ENSMUST00000004375 1318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Six3os1-211ENSMUST00000176958 2889 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm2895-201ENSMUST00000171591 3194 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Dmrtc2-201ENSMUST00000011493 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Pag1-204ENSMUST00000161949 8256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm36839-201ENSMUST00000222088 2093 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 P4ha2-201ENSMUST00000019050 2230 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Cdsn-201ENSMUST00000044804 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Prr18-201ENSMUST00000069742 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.9 ms