Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Sp2-203ENSMUST00000107624 3055 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Srsf10-202ENSMUST00000097844 3055 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 AC167013.2-201ENSMUST00000228520 2684 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Syp-201ENSMUST00000069520 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gspt2-201ENSMUST00000096368 2491 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Pccb-204ENSMUST00000149322 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm36839-201ENSMUST00000222088 2093 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Cdk2-202ENSMUST00000026416 2406 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Acot6-201ENSMUST00000056822 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Mrpl53-201ENSMUST00000113938 695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Irak1-206ENSMUST00000114354 3835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm15393-201ENSMUST00000120499 219 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tmem262-201ENSMUST00000143303 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm13568-201ENSMUST00000156099 446 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Coa6-202ENSMUST00000211868 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm5186-201ENSMUST00000218781 920 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Trib2-204ENSMUST00000221518 1192 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Dlg5-203ENSMUST00000090398 7851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Carlr-201ENSMUST00000181515 2574 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Pbx3-201ENSMUST00000040638 2587 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 0610009E02Rik-201ENSMUST00000133463 1609 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Sez6-202ENSMUST00000093995 4239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Nkd2-202ENSMUST00000118096 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 4930402H24Rik-202ENSMUST00000110243 1984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Mtfr2-201ENSMUST00000169712 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Srsf10-204ENSMUST00000105853 3058 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Hectd2-201ENSMUST00000047247 4731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ccno-201ENSMUST00000038404 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Traf1P39428 P2rx3-202ENSMUST00000111613 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm9856-201ENSMUST00000217077 2578 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Il18r1-203ENSMUST00000167723 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Sept1-202ENSMUST00000106314 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 B3gnt8-201ENSMUST00000076034 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Hps1-204ENSMUST00000160455 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Dnajc6-205ENSMUST00000106933 5191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Smyd1-203ENSMUST00000114188 2064 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Clcnka-201ENSMUST00000042617 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Spaca3-202ENSMUST00000103223 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Crybb3-203ENSMUST00000118226 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 3000002C10Rik-202ENSMUST00000133495 1008 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Rpl34-203ENSMUST00000133802 711 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Cyba-201ENSMUST00000017604 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Syde2-204ENSMUST00000212479 3810 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 AC140375.2-201ENSMUST00000225283 584 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 1700020A23Rik-201ENSMUST00000028898 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Crybb3-201ENSMUST00000076069 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm4559-201ENSMUST00000080669 600 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Trnt1-204ENSMUST00000113249 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 3830417A13Rik-201ENSMUST00000033522 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Rbm26-201ENSMUST00000022715 3633 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Drd5-201ENSMUST00000041646 3152 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Lpcat2-201ENSMUST00000046290 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Rfx5-203ENSMUST00000107254 4450 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Nupl1-207ENSMUST00000225311 2475 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gapdh-203ENSMUST00000118875 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 L2hgdh-201ENSMUST00000021370 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tbx15-201ENSMUST00000029462 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Sumo3-201ENSMUST00000020501 2630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ctdp1-201ENSMUST00000036229 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Rbbp9-201ENSMUST00000028915 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Blzf1-203ENSMUST00000120447 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ralgds-203ENSMUST00000113893 3683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Hnrnpa3-202ENSMUST00000111961 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Unc93b1-204ENSMUST00000165711 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Nxpe3-201ENSMUST00000099705 6430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tpbg-202ENSMUST00000098500 3481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Vsig10-202ENSMUST00000111967 4236 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Parg-202ENSMUST00000163350 3374 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Taco1-201ENSMUST00000002048 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Josd1-201ENSMUST00000023061 3394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Sall2-202ENSMUST00000135523 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Lsm12-202ENSMUST00000107156 2015 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Prmt5-201ENSMUST00000023873 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm15957-201ENSMUST00000118893 974 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tpd52-206ENSMUST00000121038 849 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 B9d2-202ENSMUST00000205325 593 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tgif2-ps2-201ENSMUST00000061746 711 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ftcd-201ENSMUST00000001183 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Zswim8-204ENSMUST00000223840 5674 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Aurkc-204ENSMUST00000208049 1401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Scamp1-201ENSMUST00000022197 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ptp4a1-202ENSMUST00000076587 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Clcc1-201ENSMUST00000029483 2224 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ppp2r2c-201ENSMUST00000031003 4088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm6263-201ENSMUST00000120029 1342 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 H1fnt-201ENSMUST00000060855 1326 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ccnh-204ENSMUST00000164127 1718 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Glyr1-202ENSMUST00000115844 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Glyr1-201ENSMUST00000023189 3330 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Lix1l-201ENSMUST00000062058 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Sacs-201ENSMUST00000089394 3345 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Aldh16a1-201ENSMUST00000107815 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Casc4-204ENSMUST00000110586 4032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Pgap2-225ENSMUST00000156529 2034 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Cry2-202ENSMUST00000111278 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Dse-201ENSMUST00000048010 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Bscl2-201ENSMUST00000086058 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ttll11-201ENSMUST00000028248 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Chdh-201ENSMUST00000067620 5690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Cyp20a1-201ENSMUST00000060608 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.9 ms