Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Comt-202ENSMUST00000115609 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Rtn4-201ENSMUST00000060992 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Crat-202ENSMUST00000102854 2160 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 4921504A21Rik-201ENSMUST00000180594 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Sfta3-ps-205ENSMUST00000220379 2187 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cgnl1-203ENSMUST00000122065 4487 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Sesn3-207ENSMUST00000209187 1700 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm36445-203ENSMUST00000209951 1597 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cttn-202ENSMUST00000103079 3286 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Rexo4-201ENSMUST00000064244 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ift20-203ENSMUST00000128788 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm13185-201ENSMUST00000131044 944 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm15755-201ENSMUST00000133698 659 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm27206-201ENSMUST00000154038 979 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm26871-201ENSMUST00000180593 700 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm6944-201ENSMUST00000182449 1006 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm7558-201ENSMUST00000193221 1165 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Isg20-201ENSMUST00000038142 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Kcnk9-201ENSMUST00000044624 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Fxyd1-202ENSMUST00000071697 522 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm10478-201ENSMUST00000084451 396 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cacna1g-201ENSMUST00000021234 8139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cmtm1-202ENSMUST00000160596 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Pitpnm1-202ENSMUST00000100022 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Psmd4-203ENSMUST00000117355 1756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Fam167a-201ENSMUST00000121288 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Coil-202ENSMUST00000107898 3120 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Syk-203ENSMUST00000120135 5363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Top3b-201ENSMUST00000023465 3073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ccnh-204ENSMUST00000164127 1718 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Map4-201ENSMUST00000035055 6091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Fgfr3-203ENSMUST00000114411 4225 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Pnma1-201ENSMUST00000061425 2359 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ren1-201ENSMUST00000094556 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm36065-202ENSMUST00000219654 1424 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 D830030K20Rik-201ENSMUST00000112797 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Rad18-201ENSMUST00000068487 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Sirpa-203ENSMUST00000103202 3982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Slc38a7-201ENSMUST00000040481 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Smtnl2-202ENSMUST00000108500 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Arfrp1-202ENSMUST00000108808 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm12585-201ENSMUST00000117307 290 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm42420-201ENSMUST00000126621 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm17634-201ENSMUST00000181383 1285 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 2810429I04Rik-210ENSMUST00000189464 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 4930449I04Rik-201ENSMUST00000198191 1123 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 AC121804.3-201ENSMUST00000223420 295 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 AC154171.1-201ENSMUST00000224610 643 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 AC154846.1-201ENSMUST00000226278 862 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Plpp4-201ENSMUST00000094018 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Mospd2-201ENSMUST00000004715 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Zbtb20-202ENSMUST00000114690 2759 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Bcl2l14-206ENSMUST00000163589 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Slc16a6-202ENSMUST00000070152 4219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Spopl-203ENSMUST00000132484 6595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Stard5-201ENSMUST00000075418 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Dzip1-201ENSMUST00000004055 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Shpk-201ENSMUST00000006105 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Comtd1-202ENSMUST00000124549 2314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Tgfbr2-202ENSMUST00000061101 8092 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Tigd5-201ENSMUST00000192937 4801 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Kcnn1-208ENSMUST00000212611 2528 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Timp2-201ENSMUST00000017610 3709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Slc44a3-201ENSMUST00000039197 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Psen2-204ENSMUST00000111106 2020 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Syngr2-202ENSMUST00000120928 1402 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 4930473A02Rik-202ENSMUST00000136793 1409 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Ralgds-203ENSMUST00000113893 3683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Mthfsd-202ENSMUST00000116415 1520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Sphk1-204ENSMUST00000106386 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Prdm4-207ENSMUST00000220032 3962 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Thap12-201ENSMUST00000033009 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Rad52-201ENSMUST00000032269 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Gm16091-201ENSMUST00000156664 963 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Snora78-201ENSMUST00000158630 128 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 4933434E20Rik-202ENSMUST00000029552 1080 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Ngf-201ENSMUST00000035952 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Mir125a-201ENSMUST00000083545 68 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Cct7-201ENSMUST00000032078 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Mapk8ip3-207ENSMUST00000121723 5410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Clec16a-204ENSMUST00000115824 6244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Tmem161a-214ENSMUST00000182980 2080 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Clec16a-202ENSMUST00000066345 6244 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Kcnh1-202ENSMUST00000110844 7161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Csad-201ENSMUST00000023805 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Ephx3-202ENSMUST00000162117 1590 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Gm5049-201ENSMUST00000195878 1590 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Tacc1-202ENSMUST00000084512 6471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Grn-201ENSMUST00000049460 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Gm17108-201ENSMUST00000168625 2877 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Fbxl19-201ENSMUST00000033081 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Zfp12-201ENSMUST00000032591 5265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Prnd-202ENSMUST00000110170 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Palm3-201ENSMUST00000055077 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Dpysl3-204ENSMUST00000121805 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Ptprt-202ENSMUST00000109442 7719 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Tmem176b-201ENSMUST00000101429 1238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Gm15198-201ENSMUST00000117283 177 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Trav4d-2-201ENSMUST00000120914 335 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
Col6a1Q04857 Gm8062-201ENSMUST00000139696 444 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 62.4 ms