Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm10605-202ENSMUST00000183019 3198 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Dnajc27-202ENSMUST00000049584 2934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Dok7-201ENSMUST00000050709 2498 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Tubg2-201ENSMUST00000043654 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 4933415J04Rik-201ENSMUST00000195895 1301 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ushbp1-201ENSMUST00000049184 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Hars-201ENSMUST00000001416 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Plod1-202ENSMUST00000105712 1059 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm12341-201ENSMUST00000119724 503 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Rapgef3os2-201ENSMUST00000124374 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Mthfsd-206ENSMUST00000133037 1060 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Zdhhc4-208ENSMUST00000161915 1216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Zfp414-204ENSMUST00000166627 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Vhl-ps1-201ENSMUST00000174813 597 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Mir124-2hg-206ENSMUST00000189754 525 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm45098-201ENSMUST00000207179 657 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm45892-201ENSMUST00000212627 273 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Slc35d2-202ENSMUST00000220792 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Papd7-204ENSMUST00000223344 2118 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gp9-201ENSMUST00000032133 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Crb2-201ENSMUST00000050372 6372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm11149-201ENSMUST00000068730 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Zfp414-201ENSMUST00000073570 1197 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Alkbh7-202ENSMUST00000074141 736 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Olfr373-201ENSMUST00000074540 945 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Hist1h3b-201ENSMUST00000091703 620 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Pygo2-201ENSMUST00000060061 3198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Hdhd2-203ENSMUST00000097522 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Brd3-203ENSMUST00000113941 5289 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Klhdc4-210ENSMUST00000174717 1662 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Adrb3-203ENSMUST00000121838 1864 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Dgkq-201ENSMUST00000053913 4938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Opn1sw-203ENSMUST00000147483 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Upk1a-201ENSMUST00000006476 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Dixdc1-202ENSMUST00000117093 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Nat8f7-201ENSMUST00000160534 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cd5l-201ENSMUST00000015998 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cpne6-201ENSMUST00000074225 2201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Pcdha4-202ENSMUST00000192512 5363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ptp4a2-207ENSMUST00000165853 3382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Syvn1-203ENSMUST00000134667 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Sybu-207ENSMUST00000227305 3124 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Fgf5-201ENSMUST00000031280 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Las1l-201ENSMUST00000079987 2530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Slc44a5-201ENSMUST00000089948 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm11960-202ENSMUST00000181063 2858 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Olah-201ENSMUST00000027955 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Phospho2-201ENSMUST00000028494 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Arhgap44-203ENSMUST00000093002 3982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm5105-201ENSMUST00000053318 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Bri3bp-201ENSMUST00000049040 6473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ttc16-202ENSMUST00000091059 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Eogt-202ENSMUST00000113387 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Prcd-202ENSMUST00000116318 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm8835-201ENSMUST00000173096 1169 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm3893-201ENSMUST00000178882 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm42921-201ENSMUST00000196670 655 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm42693-201ENSMUST00000196779 631 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Prss41-201ENSMUST00000024926 1128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Aph1a-202ENSMUST00000056710 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm2788-204ENSMUST00000209288 1966 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ccne2-207ENSMUST00000170901 3006 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Diras2-201ENSMUST00000057442 4786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ppef2-201ENSMUST00000031359 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Adcy3-204ENSMUST00000127756 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ydjc-202ENSMUST00000115702 1713 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Tpm1-209ENSMUST00000113690 2890 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Pcbp3-201ENSMUST00000001148 2013 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Hsp90b1-201ENSMUST00000020238 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Smoc2-201ENSMUST00000024660 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Brd7-201ENSMUST00000034085 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ttpa-202ENSMUST00000117632 3123 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Edem3-204ENSMUST00000191070 3127 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Rcn3-201ENSMUST00000019683 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Hic2-202ENSMUST00000115698 2765 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ncf1-201ENSMUST00000016094 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Smpd1-201ENSMUST00000046983 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Kcnh1-201ENSMUST00000078470 7242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 3110009E18Rik-203ENSMUST00000112644 488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gfpt1-203ENSMUST00000113657 1200 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm13226-201ENSMUST00000117838 404 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Snhg17-201ENSMUST00000133449 933 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Mir7654-201ENSMUST00000185082 70 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm44799-201ENSMUST00000207639 1202 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Vkorc1-201ENSMUST00000033074 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm5356-201ENSMUST00000093326 615 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Sirt5-203ENSMUST00000220576 1579 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Men1-206ENSMUST00000113502 2652 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Kcnh4-202ENSMUST00000107363 3948 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gemin5-202ENSMUST00000102711 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Synrg-201ENSMUST00000049714 3995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Iqcb1-201ENSMUST00000023535 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Impdh1-207ENSMUST00000162099 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Pum2-202ENSMUST00000111122 6311 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Camsap1-202ENSMUST00000114167 7981 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Mlec-201ENSMUST00000112121 5955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Rnf38-202ENSMUST00000098098 5061 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cspp1-205ENSMUST00000122156 2535 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cdkn1b-201ENSMUST00000003115 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Rhpn1-201ENSMUST00000023244 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.4 ms