Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Ak1-203ENSMUST00000113278 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Fstl1-201ENSMUST00000114763 3789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Slc35a2-202ENSMUST00000115660 3094 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm29154-231ENSMUST00000215120 1367 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Cacnb4-201ENSMUST00000078324 8225 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Rnf44-211ENSMUST00000134862 3797 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gbgt1-203ENSMUST00000163121 1335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Nkx6-1-201ENSMUST00000044125 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gpsm1-203ENSMUST00000078616 3127 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Slc25a34-201ENSMUST00000038661 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Socs7-201ENSMUST00000045540 7015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gpc6-201ENSMUST00000078849 1668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Rps6ka5-201ENSMUST00000043599 4406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Pla2g2e-202ENSMUST00000105803 381 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Mafg-203ENSMUST00000106181 840 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ppp1r14d-202ENSMUST00000110820 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Apoo-203ENSMUST00000113897 1218 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm4875-201ENSMUST00000118257 786 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gldnos-201ENSMUST00000149237 841 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Pfdn6-204ENSMUST00000174048 560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Six3os1-205ENSMUST00000175913 791 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm2423-201ENSMUST00000074863 733 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gpt2-201ENSMUST00000034136 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ptpn6-203ENSMUST00000171549 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Adck5-214ENSMUST00000162503 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Luc7l3-201ENSMUST00000021226 3373 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Trim3-205ENSMUST00000147044 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Klhl11-201ENSMUST00000056665 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Clec2h-201ENSMUST00000032518 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Arhgef33-202ENSMUST00000223878 3253 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Arhgef33-201ENSMUST00000068175 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Bst1-201ENSMUST00000101237 2856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Fam228b-201ENSMUST00000053458 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Syt7-205ENSMUST00000224135 1557 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Necap2-201ENSMUST00000030760 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Nt5c3b-201ENSMUST00000092688 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Pld3-202ENSMUST00000117611 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Pdia2-201ENSMUST00000039113 1721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 4930438A08Rik-201ENSMUST00000108834 2093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Fam189b-203ENSMUST00000119707 2415 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm10110-201ENSMUST00000081204 1891 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Bag6-202ENSMUST00000166426 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Wwp2-205ENSMUST00000212543 1996 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ppcs-202ENSMUST00000106316 954 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm15321-201ENSMUST00000121290 288 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Flt3l-201ENSMUST00000146760 1075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 2700012I20Rik-201ENSMUST00000180525 684 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm15294-202ENSMUST00000182079 366 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Fmc1-201ENSMUST00000019833 479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ins2-209ENSMUST00000210288 918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 AC124732.1-201ENSMUST00000221551 910 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Cela1-201ENSMUST00000023775 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Armc12-201ENSMUST00000025060 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Adamts20-201ENSMUST00000035342 6027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Edn3-201ENSMUST00000029030 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Jakmip1-212ENSMUST00000174629 1941 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 B4galt3-202ENSMUST00000111313 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Pard6b-201ENSMUST00000052125 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Nup88-202ENSMUST00000108530 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Zc3h13-203ENSMUST00000227049 6144 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ldlrap1-201ENSMUST00000037828 6549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 5730559C18Rik-201ENSMUST00000120339 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Caprin2-201ENSMUST00000072324 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Mthfsd-202ENSMUST00000116415 1520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Klf15-203ENSMUST00000203039 2482 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Prkcz-201ENSMUST00000030922 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Nupr1l-201ENSMUST00000178355 1827 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Kif3a-201ENSMUST00000057330 2290 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Prrxl1-203ENSMUST00000187377 1629 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Psmc3-202ENSMUST00000067663 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Pom121l2-202ENSMUST00000117882 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Hdac8-201ENSMUST00000087916 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Frmd5-207ENSMUST00000138157 4230 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Tle1-203ENSMUST00000074216 4369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Sec24a-204ENSMUST00000109097 6581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Fbxo27-202ENSMUST00000108280 2031 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm12882-201ENSMUST00000121696 517 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Cdpf1-202ENSMUST00000125947 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm13994-201ENSMUST00000137397 513 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Sf3a2-204ENSMUST00000151928 781 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gltpd2-202ENSMUST00000179000 794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm44855-201ENSMUST00000205725 362 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 AC135669.1-201ENSMUST00000213585 412 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm20445-201ENSMUST00000061905 565 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Rnf151-201ENSMUST00000008626 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gale-201ENSMUST00000102540 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Irx3os-201ENSMUST00000062522 2988 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Jpt1-201ENSMUST00000021083 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ggn-202ENSMUST00000098609 2653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Msx3-201ENSMUST00000055353 2356 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Dot1l-201ENSMUST00000105336 6808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ccdc158-203ENSMUST00000150359 3353 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Daxx-208ENSMUST00000174541 2325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Trim68-205ENSMUST00000210855 2301 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Smarca5-201ENSMUST00000043359 6113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Inha-201ENSMUST00000037330 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Taf1a-201ENSMUST00000097043 1472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Anks1b-205ENSMUST00000179694 2663 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gas2l3-207ENSMUST00000220128 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ctnnb1-201ENSMUST00000007130 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.9 ms