Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Gm2895-201ENSMUST00000171591 3194 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Gnas-210ENSMUST00000109095 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Dmkn-205ENSMUST00000165887 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Runx2-203ENSMUST00000113572 6463 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Eef1d-204ENSMUST00000089681 2152 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Chd1-205ENSMUST00000173311 4211 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Dpysl3-204ENSMUST00000121805 5484 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Gm9109-201ENSMUST00000120254 1405 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Fam172a-203ENSMUST00000163257 1436 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Mapk7-202ENSMUST00000101085 3254 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Zkscan4-201ENSMUST00000062609 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Efr3b-201ENSMUST00000111178 6547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Mms22l-201ENSMUST00000050446 4261 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Grik2-210ENSMUST00000220263 2085 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Trim24-203ENSMUST00000120428 3940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Kdm2b-201ENSMUST00000031435 3532 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Gata2-201ENSMUST00000015197 3571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Morn1-201ENSMUST00000030915 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Cnih4-203ENSMUST00000111059 3127 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Galnt2-201ENSMUST00000034458 4113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Kitl-202ENSMUST00000105283 5648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Dhdds-202ENSMUST00000105885 998 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Tex22-202ENSMUST00000109729 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Thap4-205ENSMUST00000189728 713 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 4933437G19Rik-201ENSMUST00000197910 1178 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 5830408C22Rik-201ENSMUST00000210072 1115 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Ppcdc-205ENSMUST00000214144 724 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 1700018B24Rik-201ENSMUST00000036023 593 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Ubap1l-201ENSMUST00000147185 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Depdc1b-201ENSMUST00000051594 2563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Pde8a-201ENSMUST00000026672 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Phactr2-203ENSMUST00000105545 8556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Bcat2-202ENSMUST00000120864 1536 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Ifrd1-201ENSMUST00000001672 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Myo9b-201ENSMUST00000071935 7082 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Trim10-201ENSMUST00000060524 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 P2ry2-201ENSMUST00000037540 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Tjap1-211ENSMUST00000225080 2412 ntAPPRIS P2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Kmt5b-208ENSMUST00000113977 6002 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Ino80-202ENSMUST00000110808 3928 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Oxtr-201ENSMUST00000053306 4704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Alox8-202ENSMUST00000094078 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Cnksr2-202ENSMUST00000112513 4471 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Tmem262-201ENSMUST00000143303 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Six3os1-205ENSMUST00000175913 791 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 1600014C10Rik-209ENSMUST00000179992 568 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Cd3g-201ENSMUST00000002101 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Crxos-201ENSMUST00000098801 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Hipk3-202ENSMUST00000111124 4125 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Tmed1-201ENSMUST00000034698 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Chd3-201ENSMUST00000092971 6066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Rnf146-201ENSMUST00000037548 4402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Ntf3-201ENSMUST00000050484 1483 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Nfic-207ENSMUST00000221817 1531 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Acaa2-201ENSMUST00000041053 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Zfp12-201ENSMUST00000032591 5265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Lifr-201ENSMUST00000067190 4143 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Cblb-201ENSMUST00000114471 6648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Epha1-201ENSMUST00000073387 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Mdfic-201ENSMUST00000101663 3431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Mdfic-207ENSMUST00000190255 3431 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Zfp784-201ENSMUST00000062428 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Serpinh1-201ENSMUST00000094154 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Lrrc14-210ENSMUST00000155735 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Gm43399-201ENSMUST00000202546 2374 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Lurap1-201ENSMUST00000030469 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Elk3-201ENSMUST00000008542 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Map3k5-202ENSMUST00000120259 4289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Sh3bp5-201ENSMUST00000091903 2684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Rfx5-203ENSMUST00000107254 4450 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Car10-203ENSMUST00000107858 2742 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Acss1-201ENSMUST00000028944 3618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Aig1-202ENSMUST00000105534 617 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Gm8116-201ENSMUST00000182917 1201 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Arfgap1-213ENSMUST00000184394 1209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Atf5-203ENSMUST00000209072 595 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Erc1-207ENSMUST00000183911 3865 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Pcsk6-202ENSMUST00000098391 4207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Sergef-201ENSMUST00000033127 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Catsper4-204ENSMUST00000169381 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Tssk4-202ENSMUST00000164809 1686 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 AC115735.4-201ENSMUST00000227460 1944 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Slc30a2-201ENSMUST00000081094 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Ncdn-202ENSMUST00000106116 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Myo15b-202ENSMUST00000093911 9340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Gpr137c-201ENSMUST00000146150 3917 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Abl2-201ENSMUST00000027888 3549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Sphk2-201ENSMUST00000072836 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Rinl-206ENSMUST00000209035 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Fam192a-201ENSMUST00000034226 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Palm-201ENSMUST00000046945 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Plxdc2-203ENSMUST00000114703 2061 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Il18r1-203ENSMUST00000167723 1919 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Egfem1-201ENSMUST00000118531 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Slc9a3r2-202ENSMUST00000019684 1688 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Gcnt2-205ENSMUST00000225759 1366 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Wdtc1-202ENSMUST00000105906 4057 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Six4-201ENSMUST00000043208 6402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Trim58Q5NCC9 Gm13015-201ENSMUST00000118674 204 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.5 ms