Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 2810429I04Rik-210ENSMUST00000189464 868 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Dctn6-201ENSMUST00000033913 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Scgb3a2-201ENSMUST00000043803 842 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl44-201ENSMUST00000027464 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem116-204ENSMUST00000111795 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Avpr1a-201ENSMUST00000020323 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a3-202ENSMUST00000117276 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 AI480526-202ENSMUST00000159637 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mbd6-201ENSMUST00000026476 4165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd13-201ENSMUST00000048216 5074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Cep170-205ENSMUST00000192961 2708 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Nectin2-201ENSMUST00000075447 2735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mink1-201ENSMUST00000072237 4994 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Pias3-203ENSMUST00000107077 2695 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Acly-202ENSMUST00000107385 1741 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Crybb2-202ENSMUST00000112336 906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps10-202ENSMUST00000119841 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mir1894-201ENSMUST00000122802 81 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Rabggta-202ENSMUST00000163889 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37812-201ENSMUST00000195216 2475 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gp9-201ENSMUST00000032133 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11960-202ENSMUST00000181063 2858 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Camk2d-204ENSMUST00000106400 2722 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Flywch1-202ENSMUST00000086325 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf138-201ENSMUST00000052396 3110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Naa50-203ENSMUST00000159514 3756 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Scarf1-202ENSMUST00000118243 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fam234a-201ENSMUST00000114988 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Grin3b-201ENSMUST00000045085 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Hnf4a-201ENSMUST00000018094 4356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Flvcr1-201ENSMUST00000085635 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16122-201ENSMUST00000142625 1158 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15429-201ENSMUST00000151268 798 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17232-201ENSMUST00000164515 453 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Prss55-203ENSMUST00000171503 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem52-204ENSMUST00000178188 908 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ighv2-3-201ENSMUST00000178229 347 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem52-205ENSMUST00000178238 968 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Duoxa1-201ENSMUST00000028653 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 A730061H03Rik-201ENSMUST00000066106 465 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Nanos3-201ENSMUST00000070102 730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb33-202ENSMUST00000115142 2567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Asah1-201ENSMUST00000034000 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt3-201ENSMUST00000026559 1461 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28729-201ENSMUST00000190704 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Trim34b-201ENSMUST00000106847 1827 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Maged2-203ENSMUST00000112699 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2885-201ENSMUST00000181895 1442 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fhl2-202ENSMUST00000185893 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ltv1-201ENSMUST00000019950 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ptp4a3-201ENSMUST00000053232 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d20-201ENSMUST00000028963 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Por-202ENSMUST00000122113 2606 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ctgf-201ENSMUST00000020171 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Nat8f4-202ENSMUST00000159755 1129 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8598-201ENSMUST00000221184 836 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Plppr5-201ENSMUST00000039564 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Slc3a2-202ENSMUST00000170157 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Trf-201ENSMUST00000035158 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Racgap1-201ENSMUST00000023756 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fn3k-202ENSMUST00000092302 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl4-201ENSMUST00000039234 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr37l1-201ENSMUST00000027682 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Sorbs1-213ENSMUST00000225153 3589 ntAPPRIS P4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Btd-201ENSMUST00000090147 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Slc23a3-201ENSMUST00000027405 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Retsat-205ENSMUST00000176364 1647 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11425-201ENSMUST00000119608 498 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl12-203ENSMUST00000126610 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Lrp8os1-201ENSMUST00000030352 672 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9396-201ENSMUST00000076703 567 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8973-201ENSMUST00000079818 315 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Pcgf1-201ENSMUST00000092614 866 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Acss3-201ENSMUST00000044668 2494 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd50-201ENSMUST00000094300 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Slc30a2-201ENSMUST00000081094 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Il11ra1-201ENSMUST00000098132 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Car6-202ENSMUST00000105683 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gsdma3-201ENSMUST00000073295 1477 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb25-205ENSMUST00000176509 1591 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb12-201ENSMUST00000020309 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Sec14l1-201ENSMUST00000021177 2866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mylk2-201ENSMUST00000028970 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw17-201ENSMUST00000046974 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Zfand3-201ENSMUST00000057897 2617 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 4921536K21Rik-201ENSMUST00000020712 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt11-201ENSMUST00000067495 3451 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Rnd1-201ENSMUST00000003451 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm24420-201ENSMUST00000176676 59 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 1700037F24Rik-201ENSMUST00000181254 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Rbl2-201ENSMUST00000034091 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7324-201ENSMUST00000094051 1647 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26576-201ENSMUST00000181018 1977 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd18-202ENSMUST00000114410 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Pank4-201ENSMUST00000030931 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Apoc3-203ENSMUST00000121916 709 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl13a-201ENSMUST00000150350 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf26-208ENSMUST00000185479 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15411-202ENSMUST00000201913 668 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.4 ms