Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

Predictions only

Length 892 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Ftl1-ps1-202ENSMUST00000222435 938 ntAPPRIS P1 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Chchd10-201ENSMUST00000058906 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 A130006I12Rik-201ENSMUST00000091396 408 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Syne3-201ENSMUST00000067005 5097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Adgrb2-206ENSMUST00000106018 4470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Slc5a6-202ENSMUST00000114668 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Sphk2-201ENSMUST00000072836 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Grb2-203ENSMUST00000106497 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Igha-202ENSMUST00000194738 2540 ntAPPRIS P5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Fgfr3-210ENSMUST00000169212 4245 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Slc7a15-204ENSMUST00000165657 1467 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Slc7a15-202ENSMUST00000095863 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 1500011B03Rik-202ENSMUST00000112160 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Rhbdl1-202ENSMUST00000183929 1349 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Atp2b3-202ENSMUST00000088429 4483 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Mmp14-206ENSMUST00000225641 3238 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Stx5a-202ENSMUST00000073430 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gm3373-202ENSMUST00000177556 1955 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gm3500-201ENSMUST00000177986 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Olfr1411-202ENSMUST00000190844 1821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 E130317F20Rik-202ENSMUST00000217802 3420 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26513-201ENSMUST00000181802 2489 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Pam-201ENSMUST00000058762 4095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Pccb-201ENSMUST00000035116 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26882-201ENSMUST00000181611 1537 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Pycrl-201ENSMUST00000053918 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Mlkl-201ENSMUST00000056157 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 F2r-201ENSMUST00000059193 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 P2ry2-201ENSMUST00000037540 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 B4galnt1-201ENSMUST00000006914 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Fgd4-211ENSMUST00000162671 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Radil-201ENSMUST00000063635 3700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Ube2l6-201ENSMUST00000102642 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Ephx3-202ENSMUST00000162117 1590 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Ttc9c-201ENSMUST00000088092 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Ppfia3-201ENSMUST00000003961 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Dnm1-214ENSMUST00000201433 3146 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Acp6-201ENSMUST00000090759 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Aatk-202ENSMUST00000103019 5177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Dusp3-205ENSMUST00000143177 391 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gsdmcl2-204ENSMUST00000186026 736 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gsdmcl1-202ENSMUST00000190937 735 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Prdx4-201ENSMUST00000026328 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Ghdc-201ENSMUST00000017891 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Adam23-205ENSMUST00000114107 6110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Ifnz-201ENSMUST00000105144 1462 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 AC157650.3-201ENSMUST00000225058 1476 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Arhgef25-202ENSMUST00000167353 2189 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Macrod2-204ENSMUST00000110062 3554 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Kctd20-202ENSMUST00000117672 2219 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Trp53bp2-201ENSMUST00000117245 4361 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Slc39a14-201ENSMUST00000022688 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Sipa1l1-202ENSMUST00000166429 8215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Fhad1-202ENSMUST00000105779 4263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp574-202ENSMUST00000179556 4140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Ptger1-201ENSMUST00000019608 4694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Snx8-205ENSMUST00000196566 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Zdhhc25-201ENSMUST00000066949 1368 ntAPPRIS P1 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Clip2-201ENSMUST00000036999 4893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gm36445-203ENSMUST00000209951 1597 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Tbc1d16-203ENSMUST00000207655 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Mindy3-201ENSMUST00000028105 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp219-201ENSMUST00000067549 2933 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Clcc1-201ENSMUST00000029483 2224 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Esyt1-201ENSMUST00000026427 3981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Cpne4-201ENSMUST00000057742 3959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Prkg1-202ENSMUST00000073581 2841 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Slc39a1-ps-201ENSMUST00000120862 969 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Grtp1-201ENSMUST00000165605 1271 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Hoxb8-203ENSMUST00000168043 1141 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gm5177-201ENSMUST00000183092 997 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Arfgap1-213ENSMUST00000184394 1209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 1500015A07Rik-203ENSMUST00000184678 890 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gm27494-201ENSMUST00000184735 189 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gm7063-201ENSMUST00000186840 981 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 2310001H17Rik-206ENSMUST00000205051 676 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Gm45747-201ENSMUST00000212203 999 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Timm13-203ENSMUST00000218481 471 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 AC155252.2-201ENSMUST00000226946 680 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Dad1-201ENSMUST00000022781 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Cep126-201ENSMUST00000037397 3819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Lin37-201ENSMUST00000043975 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Fkbp10-202ENSMUST00000107400 1467 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Dbndd1-201ENSMUST00000176155 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Chrna4-202ENSMUST00000108851 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Ccdc181-201ENSMUST00000027867 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 St8sia6-201ENSMUST00000003509 7618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Tmub1-201ENSMUST00000030799 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Atp13a3-202ENSMUST00000100013 7310 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Ephb1-201ENSMUST00000035129 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Galnt6-203ENSMUST00000161514 2746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 4930429P21Rik-202ENSMUST00000194547 2061 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Usp31-201ENSMUST00000046929 10198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Knop1-205ENSMUST00000116280 5382 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 B230217C12Rik-203ENSMUST00000164364 1859 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Dnajb5-204ENSMUST00000107973 2300 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Mtcl1-211ENSMUST00000177034 5441 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Sec24a-204ENSMUST00000109097 6581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Nsd3-211ENSMUST00000155861 2834 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Sh3rf1Q69ZI1 Txnrd3-201ENSMUST00000000828 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.3 ms