Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r3g-201ENSMUST00000132661 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9347-201ENSMUST00000211473 1607 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Cpne6-201ENSMUST00000074225 2201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Knop1-203ENSMUST00000106549 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Fam214b-202ENSMUST00000107956 3107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp3cb-201ENSMUST00000022355 3074 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Wsb1-201ENSMUST00000017821 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Nfyc-201ENSMUST00000043429 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Pth2r-201ENSMUST00000027083 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12057-202ENSMUST00000189990 882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Polr2h-201ENSMUST00000021405 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 AC153144.2-201ENSMUST00000221766 451 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Iqcf4-201ENSMUST00000085111 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Trim44-201ENSMUST00000102573 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Sgk1-202ENSMUST00000092673 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 4933417O13Rik-202ENSMUST00000208893 1571 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35b1-201ENSMUST00000021243 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Hcrtr1-201ENSMUST00000030562 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 F2r-201ENSMUST00000059193 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Asap2-204ENSMUST00000101562 5552 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Sgce-205ENSMUST00000115579 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Nlgn2-201ENSMUST00000056484 5003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Pex5-201ENSMUST00000035861 3139 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Calhm3-201ENSMUST00000178630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6244-201ENSMUST00000178732 841 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Med10-201ENSMUST00000022089 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9257-201ENSMUST00000221254 232 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 AC192088.1-201ENSMUST00000227561 301 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Fau-201ENSMUST00000043074 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5356-201ENSMUST00000093326 615 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16685-201ENSMUST00000181286 1592 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9867-201ENSMUST00000192212 2647 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Smg9-201ENSMUST00000002280 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Phf23-209ENSMUST00000153684 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Trim15-203ENSMUST00000174195 1778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Emilin3-202ENSMUST00000109454 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Adgra2-201ENSMUST00000033876 5760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Ablim2-205ENSMUST00000114205 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 4933427I22Rik-201ENSMUST00000138672 393 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20753-201ENSMUST00000190105 545 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37015-201ENSMUST00000192763 1521 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Esyt2-205ENSMUST00000220816 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm46-201ENSMUST00000048647 1794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Srp72-202ENSMUST00000120550 2297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Lactbl1-201ENSMUST00000178843 2954 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Map7d1-203ENSMUST00000122129 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Smarcc1-207ENSMUST00000199896 5773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Fam71f1-204ENSMUST00000166462 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 4921514A10Rik-201ENSMUST00000181450 2114 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Letm1-201ENSMUST00000005431 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Fmr1-205ENSMUST00000114656 4257 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Ly9-201ENSMUST00000004827 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4858-202ENSMUST00000194595 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Pex2-202ENSMUST00000071280 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Rbbp7-201ENSMUST00000033720 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Tgif2-201ENSMUST00000073352 2690 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Rab1a-202ENSMUST00000109601 1200 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12390-201ENSMUST00000117897 397 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12416-201ENSMUST00000120911 1008 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6g6e-203ENSMUST00000172678 750 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Pfdn6-205ENSMUST00000174426 396 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18827-201ENSMUST00000188341 790 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Aqp10-ps-201ENSMUST00000199555 611 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc159-204ENSMUST00000216710 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 AC166349.1-201ENSMUST00000220866 695 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 AC110817.1-201ENSMUST00000225706 605 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Clps-201ENSMUST00000025062 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Sdf4-202ENSMUST00000097734 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Mbtd1-202ENSMUST00000063718 3785 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36445-201ENSMUST00000209344 1432 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf2h1-201ENSMUST00000006774 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Slc5a2-202ENSMUST00000118169 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Tchp-201ENSMUST00000094441 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem151b-201ENSMUST00000180252 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Etfdh-201ENSMUST00000029386 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12840-201ENSMUST00000156081 627 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr455-201ENSMUST00000171307 954 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Mir3547-201ENSMUST00000175461 88 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27839-201ENSMUST00000184242 106 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl30-205ENSMUST00000193673 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps17-201ENSMUST00000042191 832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl19-201ENSMUST00000033081 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp219-212ENSMUST00000228580 2812 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp36l2-201ENSMUST00000060366 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Slc6a9-201ENSMUST00000030269 3479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Dclk2-201ENSMUST00000029719 4012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26788-201ENSMUST00000181692 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Pitpna-203ENSMUST00000143219 3761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44981-201ENSMUST00000205549 1943 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Degs2-202ENSMUST00000167978 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Dhrs3-207ENSMUST00000171001 1349 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Mast4-205ENSMUST00000166726 5968 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 AI849053-201ENSMUST00000181021 2658 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Strn4-201ENSMUST00000019220 3535 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-216ENSMUST00000156417 1627 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gh-201ENSMUST00000103071 862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Eaf2-204ENSMUST00000114829 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27892-201ENSMUST00000185017 106 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.7 ms