Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Tbc1d10c-201ENSMUST00000045864 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gpr146-201ENSMUST00000051293 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Pfkfb3-205ENSMUST00000114845 1971 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 N4bp3-201ENSMUST00000001080 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Slc9a3-201ENSMUST00000036208 2490 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Brpf1-209ENSMUST00000204198 4307 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Prox1-201ENSMUST00000010319 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Rlf-201ENSMUST00000056635 6242 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Ints3-203ENSMUST00000196530 3778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Coq10a-205ENSMUST00000220027 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Foxs1-201ENSMUST00000099200 1311 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Ankrd10-202ENSMUST00000169782 5156 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gpt-201ENSMUST00000023203 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 AC166574.6-201ENSMUST00000227889 1806 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Irf7-203ENSMUST00000106023 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Phka2-202ENSMUST00000112376 2310 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Tns1-222ENSMUST00000212888 5643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 BC005537-201ENSMUST00000019276 5849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Grik5-201ENSMUST00000003468 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Runx2-213ENSMUST00000162878 2987 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Nr2f1-205ENSMUST00000150498 2588 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Os9-201ENSMUST00000080975 2458 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Cacna1i-202ENSMUST00000160424 9781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Exosc5-206ENSMUST00000206561 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gjb1-203ENSMUST00000119190 1585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Arhgap8-205ENSMUST00000168811 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Rps6ka5-201ENSMUST00000043599 4406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gm11508-201ENSMUST00000129337 440 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Crem-221ENSMUST00000142690 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gm11535-201ENSMUST00000145517 778 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 4930573H18Rik-201ENSMUST00000197696 906 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 St6gal2-201ENSMUST00000025000 6066 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Mdga1-208ENSMUST00000171691 8339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Cpeb3-201ENSMUST00000079754 5899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Nr1d1-201ENSMUST00000064941 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Wdr70-201ENSMUST00000045766 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Srrm3-204ENSMUST00000144211 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Dusp23-201ENSMUST00000027826 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 4933412A08Rik-201ENSMUST00000061046 1343 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Ddx4-202ENSMUST00000099166 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Wtap-201ENSMUST00000007007 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Foxo1-201ENSMUST00000053764 8665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gm43951-201ENSMUST00000204457 2889 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Plod2-203ENSMUST00000160359 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Grip2-205ENSMUST00000162300 5206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gm38102-201ENSMUST00000192791 1935 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Amhr2-201ENSMUST00000023809 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Kif21a-201ENSMUST00000067205 6307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 F420014N23Rik-201ENSMUST00000181578 2396 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Syt10-201ENSMUST00000029441 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Fbxo44-202ENSMUST00000105705 1034 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Pex11g-202ENSMUST00000111081 666 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Tmem217-202ENSMUST00000168339 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gm5712-201ENSMUST00000199748 1043 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Slc12a5-208ENSMUST00000202479 1202 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Fbxo8-202ENSMUST00000110322 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Osr2-201ENSMUST00000022952 1724 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Mtcl1-211ENSMUST00000177034 5441 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Mpl-201ENSMUST00000006556 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Slc39a8-202ENSMUST00000081978 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Golim4-201ENSMUST00000038563 5546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Etfdh-201ENSMUST00000029386 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gm43738-201ENSMUST00000200659 2635 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Nudt18-203ENSMUST00000228768 1578 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Midn-202ENSMUST00000099492 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Sh2b1-204ENSMUST00000205497 2854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Klhl12-203ENSMUST00000116528 3277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Shank1-202ENSMUST00000107935 6649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Emilin3-201ENSMUST00000057169 3547 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Dctn1-201ENSMUST00000077407 4118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Pde4d-203ENSMUST00000117420 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gm26565-201ENSMUST00000181642 1968 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Ywhag-205ENSMUST00000198270 1610 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Moxd1-201ENSMUST00000095784 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Tgfa-201ENSMUST00000032066 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Gbe1-207ENSMUST00000171132 3303 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Eml5-210ENSMUST00000223282 7595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Trav3-1-201ENSMUST00000103569 385 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Trav3-4-201ENSMUST00000103670 458 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 March3-201ENSMUST00000035278 860 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Ap3s1-201ENSMUST00000025357 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Aqp3-201ENSMUST00000055327 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Tnip2-201ENSMUST00000030991 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Tmem184c-201ENSMUST00000034030 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Slc41a1-201ENSMUST00000086559 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Repin1-204ENSMUST00000135151 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 Tmem86b-202ENSMUST00000205360 1344 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Trim58Q5NCC9 D6Ertd527e-204ENSMUST00000204927 2218 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Myh14-204ENSMUST00000207775 6499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Sbf2-213ENSMUST00000171218 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 A3galt2-202ENSMUST00000106077 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Skap1-205ENSMUST00000107662 1861 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Ankrd6-202ENSMUST00000084748 4354 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Hmga2-201ENSMUST00000072777 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Mef2d-204ENSMUST00000119251 3488 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Mrpl58-209ENSMUST00000153983 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Gm5763-201ENSMUST00000155951 1530 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Notch3-201ENSMUST00000087723 8044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Ciart-202ENSMUST00000159739 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trim58Q5NCC9 Asphd1-202ENSMUST00000106339 518 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.8 ms