Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Fam149b-216ENSMUST00000225942 2151 ntAPPRIS ALT2 BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gga3-202ENSMUST00000106508 3582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 BC003331-205ENSMUST00000111913 3273 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm12973-201ENSMUST00000143967 607 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm11615-201ENSMUST00000156205 818 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm43156-201ENSMUST00000202338 2127 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Vti1a-206ENSMUST00000225529 1244 ntBASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Diaph1-202ENSMUST00000080033 4378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Slc5a11-201ENSMUST00000033035 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Zbtb5-201ENSMUST00000055028 4316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Mbp-204ENSMUST00000080658 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Celf5-201ENSMUST00000118763 4391 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm10305-201ENSMUST00000195331 2475 ntBASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Shisa3-201ENSMUST00000087241 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Fgf17-201ENSMUST00000022697 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm20632-201ENSMUST00000176760 2427 ntBASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Map7d1-202ENSMUST00000106132 3195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Kcnk16-202ENSMUST00000225596 2127 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Slc25a2-201ENSMUST00000058635 1369 ntAPPRIS P1 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Mpl-201ENSMUST00000006556 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Arid4b-202ENSMUST00000110533 3020 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Cmip-201ENSMUST00000095172 2276 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Taf1c-201ENSMUST00000093099 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 AW209491-202ENSMUST00000178289 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Nrap-201ENSMUST00000040711 5334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Ap2a1-201ENSMUST00000085399 3442 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Mapk8ip3-206ENSMUST00000120035 4125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Vwc2-202ENSMUST00000109681 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Mir770-201ENSMUST00000103252 94 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm15626-201ENSMUST00000117478 868 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm15565-201ENSMUST00000118890 427 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Zfp738-202ENSMUST00000125495 712 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 2210408F21Rik-211ENSMUST00000151800 750 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 1700021A07Rik-203ENSMUST00000188024 404 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Lmo1-203ENSMUST00000208136 772 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 AC159205.6-201ENSMUST00000224935 887 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Ccdc182-201ENSMUST00000037268 1204 ntAPPRIS P1 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Olfr128-201ENSMUST00000080231 1050 ntAPPRIS P1 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Grm6-201ENSMUST00000000631 4291 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Hcrtr1-201ENSMUST00000030562 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Ppia-206ENSMUST00000213200 1450 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Tnpo2-201ENSMUST00000093360 4863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Cd59a-201ENSMUST00000040423 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Uimc1-202ENSMUST00000099496 1678 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Amotl2-201ENSMUST00000035121 4328 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Src-202ENSMUST00000092576 3887 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Mettl2-201ENSMUST00000021030 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Akap17b-201ENSMUST00000051906 6003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Tfe3-202ENSMUST00000079542 3163 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Ldlrad3-201ENSMUST00000058790 3833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Ap2a1-204ENSMUST00000167930 3376 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Prkca-202ENSMUST00000100302 2265 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Slc8b1-203ENSMUST00000111889 1624 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Hist1h2be-202ENSMUST00000091704 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Dolpp1-202ENSMUST00000113612 1958 ntTSL 3 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Scarb2-201ENSMUST00000031377 4698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Csk-209ENSMUST00000217314 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Pomt2-201ENSMUST00000037788 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Pqlc2-202ENSMUST00000105801 2756 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Hps3-202ENSMUST00000108321 3385 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Ankrd61-201ENSMUST00000079624 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Il12rb1-205ENSMUST00000212657 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Rasal3-201ENSMUST00000063824 3681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Spock3-202ENSMUST00000117377 3066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm37411-201ENSMUST00000194180 2282 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Lcn12-202ENSMUST00000114245 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm16127-201ENSMUST00000131619 234 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm23958-201ENSMUST00000157207 105 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Entpd4-205ENSMUST00000184314 989 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Snrpf-201ENSMUST00000020203 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm31409-201ENSMUST00000209894 710 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm18622-201ENSMUST00000219361 595 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 AC122024.2-201ENSMUST00000220086 871 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Entpd4b-201ENSMUST00000064846 989 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Prr9-201ENSMUST00000070284 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Stau1-204ENSMUST00000109238 2976 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Sema4b-201ENSMUST00000032754 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Nfxl1-202ENSMUST00000087216 3712 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Leo1-201ENSMUST00000048937 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Etv6-202ENSMUST00000111963 5707 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Phldb1-213ENSMUST00000144251 3589 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Sbk1-201ENSMUST00000056028 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Ly9-202ENSMUST00000068878 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Frmpd4-204ENSMUST00000112149 8456 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Ccdc185-201ENSMUST00000060041 2055 ntAPPRIS P1 BASIC14.97□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Mbp-205ENSMUST00000091789 4797 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 A530072M11Rik-201ENSMUST00000151122 1852 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Senp5-201ENSMUST00000023457 3498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Cgn-201ENSMUST00000107272 4963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Aldh1a3-203ENSMUST00000174209 1496 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Map10-201ENSMUST00000053078 3542 ntAPPRIS P1 BASIC14.97□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Zyx-202ENSMUST00000164375 3188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.6 ms