Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Bccip-201ENSMUST00000033282 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 S100a7a-201ENSMUST00000079286 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Pitpnm2-209ENSMUST00000161938 5866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Txnrd1-206ENSMUST00000219442 3531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Hnrnpr-202ENSMUST00000105850 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Islr2-205ENSMUST00000170421 4071 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 2610028D06Rik-201ENSMUST00000215216 1713 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Traf7-210ENSMUST00000176353 2503 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm17315-201ENSMUST00000181408 2504 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Prdm4-201ENSMUST00000037646 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Fkbp4-201ENSMUST00000032508 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Egr1-201ENSMUST00000064795 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Aen-201ENSMUST00000107421 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 AC013548.1-201ENSMUST00000228850 4738 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Wac-201ENSMUST00000074919 3070 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Skor1-201ENSMUST00000055281 3657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 AI606473-201ENSMUST00000177201 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 4930438A08Rik-201ENSMUST00000108834 2093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Pla2g2e-202ENSMUST00000105803 381 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gtf2a2-202ENSMUST00000118198 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Baiap2l2-205ENSMUST00000170955 1058 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Cpsf4l-205ENSMUST00000173655 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 A930015D03Rik-201ENSMUST00000173900 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gtpbp10-211ENSMUST00000198799 648 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 AI467606-202ENSMUST00000206102 832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Cited1-201ENSMUST00000050551 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Med8-203ENSMUST00000084319 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rec114-201ENSMUST00000098674 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rtn1-202ENSMUST00000078505 3629 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rgs6-203ENSMUST00000185665 2201 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Derl1-201ENSMUST00000022993 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Sympk-201ENSMUST00000023882 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Dap3-207ENSMUST00000173135 1409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rnf139-201ENSMUST00000036904 4348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Arpc4-203ENSMUST00000203578 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ldha-202ENSMUST00000048209 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rfx5-202ENSMUST00000107253 4367 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rapsn-203ENSMUST00000111446 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Dzip3-201ENSMUST00000114516 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm26793-201ENSMUST00000180930 2732 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Klhl12-202ENSMUST00000112232 3220 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm10676-201ENSMUST00000098778 3221 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gjb3-202ENSMUST00000106091 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Cyp4f37-201ENSMUST00000077639 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ttyh1-203ENSMUST00000119661 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 CN725425-202ENSMUST00000190436 2041 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Slc44a5-201ENSMUST00000089948 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Cdpf1-202ENSMUST00000125947 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 1700042O10Rik-201ENSMUST00000151032 1075 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 1700110K17Rik-202ENSMUST00000156511 927 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gltpd2-202ENSMUST00000179000 794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm26854-201ENSMUST00000180418 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Fmc1-201ENSMUST00000019833 479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm43703-201ENSMUST00000200523 763 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ppcdc-205ENSMUST00000214144 724 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Mrpl36-201ENSMUST00000022098 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Prr23a2-201ENSMUST00000071302 881 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ppp2r1a-201ENSMUST00000007708 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Sema6c-213ENSMUST00000168321 3553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Mrc2-202ENSMUST00000100335 5795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Hsp90b1-201ENSMUST00000020238 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ttc22-201ENSMUST00000047922 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Dbndd1-201ENSMUST00000176155 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm16425-201ENSMUST00000118143 3130 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Zfp90-201ENSMUST00000034382 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Kcnip4-201ENSMUST00000087395 2366 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm37728-201ENSMUST00000195025 2292 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Inha-201ENSMUST00000037330 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Tmem59l-201ENSMUST00000045286 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Map6-203ENSMUST00000122101 3233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm45760-201ENSMUST00000212190 1782 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Padi4-201ENSMUST00000026381 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Art3-205ENSMUST00000120193 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Mus81-202ENSMUST00000124334 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gale-201ENSMUST00000102540 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Tpcn1-201ENSMUST00000046426 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rnd1-201ENSMUST00000003451 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Utp4-201ENSMUST00000047629 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Slc35e2-201ENSMUST00000043829 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rspo4-201ENSMUST00000042217 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Zfp316-201ENSMUST00000051665 3054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Med25-210ENSMUST00000208253 3693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm4875-201ENSMUST00000118257 786 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Crybb3-205ENSMUST00000120506 804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm15321-201ENSMUST00000121290 288 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rpl34-203ENSMUST00000133802 711 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm17344-202ENSMUST00000173980 621 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Trp53tg5-201ENSMUST00000017864 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 H2-Pa-201ENSMUST00000182803 626 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm5745-201ENSMUST00000183748 313 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 2410004P03Rik-203ENSMUST00000190691 953 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 9230114J08Rik-201ENSMUST00000200375 350 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm42196-201ENSMUST00000209618 730 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Papd7-204ENSMUST00000223344 2118 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ftl1-201ENSMUST00000094434 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Sox17-201ENSMUST00000027035 3127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Slc17a9-201ENSMUST00000094218 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Chrna3-202ENSMUST00000214204 2414 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Sgk1-202ENSMUST00000092673 2576 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Palb2-201ENSMUST00000063587 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.5 ms