Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 AC150560.1-201ENSMUST00000227731 1187 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Bst1-201ENSMUST00000101237 2856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Prpf31-202ENSMUST00000108636 1798 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef10l-201ENSMUST00000039204 4493 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Slc43a1-201ENSMUST00000028469 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Cuedc2-201ENSMUST00000051234 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ypel3-203ENSMUST00000106357 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Adck5-207ENSMUST00000160784 1998 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl12-202ENSMUST00000112232 3220 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ugcg-201ENSMUST00000030074 4012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Pi4k2a-201ENSMUST00000066778 3771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Cd99l2-204ENSMUST00000114587 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Iqcf1-202ENSMUST00000164965 523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 9430085M18Rik-201ENSMUST00000198824 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Syt3-201ENSMUST00000118831 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Bpifa6-201ENSMUST00000109753 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf3-209ENSMUST00000105345 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Fggy-202ENSMUST00000079223 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tle3-210ENSMUST00000161207 2592 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Cry2-202ENSMUST00000111278 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Eda-203ENSMUST00000113776 5105 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Col4a3bp-202ENSMUST00000109444 5285 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Pde4d-207ENSMUST00000120664 4207 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Mecp2-203ENSMUST00000123362 1675 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem211-201ENSMUST00000086615 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfaip2-201ENSMUST00000102745 3762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10369-201ENSMUST00000100641 1148 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Unc5a-202ENSMUST00000109994 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ift20-203ENSMUST00000128788 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15420-201ENSMUST00000133274 382 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13112-201ENSMUST00000138795 1258 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl12-205ENSMUST00000140702 1555 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 9130410C08Rik-201ENSMUST00000155499 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Usp35-202ENSMUST00000168435 3982 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm32926-202ENSMUST00000215162 1176 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Spag8-202ENSMUST00000107870 1342 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Vta1-205ENSMUST00000154132 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 AW822073-202ENSMUST00000204003 1959 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Cbs-201ENSMUST00000067801 2497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Uxs1-202ENSMUST00000126008 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 AC114543.1-201ENSMUST00000226451 1558 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 App-204ENSMUST00000227021 3264 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 AC168058.1-201ENSMUST00000219521 2282 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ankzf1-201ENSMUST00000127625 1167 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Slc2a9-207ENSMUST00000143758 1296 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17634-201ENSMUST00000181383 1285 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43094-201ENSMUST00000196549 921 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem129-204ENSMUST00000200849 657 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18307-201ENSMUST00000206864 949 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufs6-201ENSMUST00000022097 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr373-201ENSMUST00000074540 945 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Sgtb-201ENSMUST00000044385 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Scrib-203ENSMUST00000109946 5545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Nt5c2-202ENSMUST00000168536 3769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Poli-201ENSMUST00000043286 2591 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 B3galt6-201ENSMUST00000052185 3184 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37411-201ENSMUST00000194180 2282 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Dlg1-202ENSMUST00000064477 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Pmepa1-201ENSMUST00000036248 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Slc4a5-203ENSMUST00000113900 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Mocs1-201ENSMUST00000024797 2646 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Car4-201ENSMUST00000103194 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Dhrs3-202ENSMUST00000105744 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Smyd3-207ENSMUST00000194237 1047 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42906-201ENSMUST00000202365 408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Tdrp-206ENSMUST00000210414 323 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Elane-201ENSMUST00000046091 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Sorcs2-201ENSMUST00000037370 5707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 AC162938.1-201ENSMUST00000213140 2323 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Hp-201ENSMUST00000074898 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Rspo4-201ENSMUST00000042217 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15557-201ENSMUST00000109629 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Mypn-202ENSMUST00000218978 1833 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Dhx30-224ENSMUST00000200066 4623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Clec4g-201ENSMUST00000058040 1441 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Ckmt2-201ENSMUST00000022122 1486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Syce1-201ENSMUST00000026553 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 B3gntl1-201ENSMUST00000062654 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Nedd8-201ENSMUST00000010520 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11524-201ENSMUST00000119349 807 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Cd209g-201ENSMUST00000130372 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14285-201ENSMUST00000146049 380 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw4-209ENSMUST00000162433 789 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Rps19-ps13-201ENSMUST00000180504 441 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Ighv1-51-201ENSMUST00000192903 354 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr83-201ENSMUST00000093357 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp4-201ENSMUST00000094018 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Rassf3-201ENSMUST00000026902 3522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Nat6-201ENSMUST00000093785 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Rbbp9-201ENSMUST00000028915 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44645-201ENSMUST00000205492 1653 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Trp73-201ENSMUST00000097762 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl3-201ENSMUST00000022720 4309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Emc8-201ENSMUST00000034277 4942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Acr-201ENSMUST00000023295 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Atpaf2-201ENSMUST00000108721 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Ccdc88bQ4QRL3 Cenpt-201ENSMUST00000040776 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 86.5 ms