Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Cox6b2-203ENSMUST00000182111 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Mpv17-203ENSMUST00000200833 1171 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 4930408O17Rik-202ENSMUST00000222624 1131 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Arl3-201ENSMUST00000026009 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Aga-201ENSMUST00000033920 1181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Ifng-201ENSMUST00000068592 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Sacm1l-201ENSMUST00000026270 3558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Pnma1-201ENSMUST00000061425 2359 ntAPPRIS P1 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Grn-201ENSMUST00000049460 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Islr2-203ENSMUST00000163897 4303 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Tmem38a-201ENSMUST00000034244 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Hacd4-201ENSMUST00000030221 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Psen2-204ENSMUST00000111106 2020 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 A530083I20Rik-203ENSMUST00000214426 1855 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Mex3c-201ENSMUST00000091852 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Zbtb20-202ENSMUST00000114690 2759 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 2510009E07Rik-201ENSMUST00000053336 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Hyou1-204ENSMUST00000160902 3374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Rrnad1-206ENSMUST00000160074 1620 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Cdcp2-202ENSMUST00000221740 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Plcb1-205ENSMUST00000131552 7202 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Jakmip3-201ENSMUST00000106111 1571 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Hmgb3-201ENSMUST00000015361 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Twf2-204ENSMUST00000188650 1508 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Ss18-203ENSMUST00000092041 2997 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Sfta3-ps-205ENSMUST00000220379 2187 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 4930425O10Rik-201ENSMUST00000197761 1418 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Traf3ip1-201ENSMUST00000047242 3474 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Folr1-204ENSMUST00000106985 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Elovl1-207ENSMUST00000167636 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Atat1-203ENSMUST00000077494 1340 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Gm5357-201ENSMUST00000212720 1924 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Trbc1-201ENSMUST00000103291 512 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Trbc2-201ENSMUST00000103299 692 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 4933421O10Rik-201ENSMUST00000155691 3847 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Tm7sf2-209ENSMUST00000161528 732 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Gm9726-201ENSMUST00000180321 678 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Lsamp-207ENSMUST00000189229 637 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Lsamp-210ENSMUST00000191610 1297 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Il31-201ENSMUST00000031389 806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Cask-204ENSMUST00000115438 8366 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Sympk-201ENSMUST00000023882 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Kcnj8-201ENSMUST00000032374 2269 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Cdh11-201ENSMUST00000075190 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Zscan12-202ENSMUST00000099720 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Anks1b-214ENSMUST00000182356 7561 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Slc7a7-209ENSMUST00000226753 2126 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Tmem40-202ENSMUST00000112946 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 9130024F11Rik-202ENSMUST00000185204 2628 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Mtmr7-202ENSMUST00000048898 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Htr3a-202ENSMUST00000217289 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Tor1aip1-201ENSMUST00000027738 1952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Hsp90b1-201ENSMUST00000020238 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Ppm1m-201ENSMUST00000076258 1811 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Ahctf1-201ENSMUST00000027768 8506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Mdm1-208ENSMUST00000219087 1318 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Ndst2-202ENSMUST00000223679 3907 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Rad18-202ENSMUST00000077088 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Ppdpf-202ENSMUST00000108841 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Pkig-209ENSMUST00000164399 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Mir6977-201ENSMUST00000184960 64 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Gm27321-201ENSMUST00000185021 205 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 2610008E11Rik-204ENSMUST00000220220 799 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 AC090659.2-201ENSMUST00000225378 1186 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Dkkl1-201ENSMUST00000033057 1149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 S100a13-201ENSMUST00000048138 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Lrif1-202ENSMUST00000098751 929 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Atp2b3-203ENSMUST00000114479 4637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Tpm1-209ENSMUST00000113690 2890 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Gm17108-201ENSMUST00000168625 2877 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Chd3-201ENSMUST00000092971 6066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Cul3-201ENSMUST00000163119 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Spsb3-201ENSMUST00000024976 1947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Raf1-201ENSMUST00000000451 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Mbtd1-202ENSMUST00000063718 3785 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Slc44a3-201ENSMUST00000039197 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Tubb3-201ENSMUST00000071134 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Nsg2-201ENSMUST00000020537 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Mxra8-201ENSMUST00000030947 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Ppp2r1a-201ENSMUST00000007708 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Capg-203ENSMUST00000114072 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Dhrs4-201ENSMUST00000022821 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Fhad1-201ENSMUST00000036701 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Serhl-201ENSMUST00000078218 1371 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Car10-203ENSMUST00000107858 2742 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Zbtb25-204ENSMUST00000176278 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Susd6-201ENSMUST00000068519 4977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Npr3-201ENSMUST00000066529 6892 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 P4ha2-202ENSMUST00000093107 2263 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Plekhb1-207ENSMUST00000116287 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Gm24543-201ENSMUST00000103867 82 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Gm27680-201ENSMUST00000184192 160 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Gm27989-201ENSMUST00000184721 107 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Snapc2-203ENSMUST00000208316 1190 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Aprt-209ENSMUST00000213062 560 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Rbfox2-208ENSMUST00000227930 1218 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Syvn1-203ENSMUST00000134667 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Edem3-201ENSMUST00000059498 6327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Traf1P39428 Kcnab2-202ENSMUST00000105648 1576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.4 ms