Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Set-201ENSMUST00000067996 2834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Cacybp-201ENSMUST00000014370 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Ezh2-203ENSMUST00000114616 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Gm20387-201ENSMUST00000173609 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Slc35b3-209ENSMUST00000225432 2216 ntAPPRIS P3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Arnt2-201ENSMUST00000085077 6151 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Sult4a1-201ENSMUST00000082365 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 Mxi1-202ENSMUST00000025998 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Rnf40Q3U319 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Ttc14-211ENSMUST00000200271 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Dcun1d5-202ENSMUST00000215683 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Serpinh1-202ENSMUST00000169437 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Gm37415-201ENSMUST00000192265 2054 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Grm2-203ENSMUST00000201681 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Cntln-204ENSMUST00000169371 5365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Rnf40Q3U319 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Glipr2-201ENSMUST00000030202 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Mfn1-201ENSMUST00000091257 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.4 ms