Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem199-201ENSMUST00000052566 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Krt25-201ENSMUST00000038004 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Trmt1-201ENSMUST00000001974 2567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Snx8-205ENSMUST00000196566 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Mrpl55-204ENSMUST00000108786 757 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp511-201ENSMUST00000168194 1076 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm29541-201ENSMUST00000191351 678 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm37277-201ENSMUST00000194052 1111 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Timm13-203ENSMUST00000218481 471 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem255a-203ENSMUST00000089056 1745 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Endod1-201ENSMUST00000167549 4470 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17396-201ENSMUST00000172075 1655 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gatsl3-201ENSMUST00000020699 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Tspan31-201ENSMUST00000060991 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Pcdh20-201ENSMUST00000061628 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Adgrl1-210ENSMUST00000152978 5734 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ptch1-201ENSMUST00000021921 7725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Igf2-202ENSMUST00000097936 2503 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Pcyt1a-202ENSMUST00000104893 4951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Fam124a-201ENSMUST00000039064 3558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm8410-201ENSMUST00000117225 605 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 H2-Bl-209ENSMUST00000194244 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45091-201ENSMUST00000205799 504 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Krtap19-4-201ENSMUST00000051103 304 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Rasgef1c-202ENSMUST00000093141 2120 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Mbp-204ENSMUST00000080658 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Trim11-203ENSMUST00000108810 2301 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Eif2a-201ENSMUST00000029387 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Socs7-201ENSMUST00000045540 7015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Stra8-203ENSMUST00000114999 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13517-201ENSMUST00000120782 1495 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Tpbg-201ENSMUST00000006559 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Fuca1-201ENSMUST00000030434 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Rab3a-204ENSMUST00000110093 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Orai3-203ENSMUST00000121504 2141 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Syne3-201ENSMUST00000067005 5097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Cep44-201ENSMUST00000040330 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Hdgfl1-201ENSMUST00000055915 1993 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Map6d1-201ENSMUST00000040880 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Hs3st3a1-201ENSMUST00000058652 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Kdf1-203ENSMUST00000121797 2256 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Abcf2-201ENSMUST00000030795 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ncf1-205ENSMUST00000144086 2882 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Hras-203ENSMUST00000124314 1073 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm6944-201ENSMUST00000182449 1006 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 1700025N23Rik-201ENSMUST00000186189 915 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm38294-201ENSMUST00000192831 381 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45098-201ENSMUST00000207179 657 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 AC158529.1-201ENSMUST00000223618 239 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Lcn5-201ENSMUST00000028306 696 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Cyp27a1-201ENSMUST00000027356 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm37305-201ENSMUST00000195714 4279 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Fam53b-203ENSMUST00000097999 5465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Sybu-201ENSMUST00000090057 3230 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Slc4a7-201ENSMUST00000057015 8132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Cd5l-201ENSMUST00000015998 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Nkx3-1-201ENSMUST00000022646 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 3110082I17Rik-201ENSMUST00000066052 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gtpbp3-201ENSMUST00000007754 2800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ephb1-201ENSMUST00000035129 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gpd1l-204ENSMUST00000146623 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Atp13a3-201ENSMUST00000061350 7220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Usp27x-203ENSMUST00000191497 4273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Rfc3-201ENSMUST00000038131 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Uck2-202ENSMUST00000053686 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 9630013D21Rik-204ENSMUST00000156790 3096 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Skor1-202ENSMUST00000116613 3591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 AC155937.1-201ENSMUST00000125635 831 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Mcee-203ENSMUST00000206194 532 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Rps27l-201ENSMUST00000040917 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem116-202ENSMUST00000060004 1297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Rph3al-202ENSMUST00000066504 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Rfx5-207ENSMUST00000137088 4333 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Cry1-201ENSMUST00000020227 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Fstl1-201ENSMUST00000114763 3789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Efcab8-203ENSMUST00000175856 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 2210011K15Rik-201ENSMUST00000190690 1741 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Patz1-202ENSMUST00000093402 3173 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Tesk2-203ENSMUST00000106459 2444 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Cpeb3-212ENSMUST00000154376 5671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Coasy-201ENSMUST00000001806 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 St3gal3-202ENSMUST00000097912 2143 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Tox2-202ENSMUST00000109428 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Fbxo25-201ENSMUST00000043520 2012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Arxes2-201ENSMUST00000058119 1532 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Abr-203ENSMUST00000094012 5236 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ltc4s-202ENSMUST00000102772 649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15693-201ENSMUST00000120470 637 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12264-201ENSMUST00000123949 500 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11515-201ENSMUST00000150818 701 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17399-201ENSMUST00000181824 1181 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm18766-201ENSMUST00000189811 808 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 4930448I06Rik-201ENSMUST00000194002 546 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Adgrb2-208ENSMUST00000121049 4871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Fkbp10-202ENSMUST00000107400 1467 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp4r4-201ENSMUST00000021631 3964 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Cdadc1-204ENSMUST00000171683 1892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ube2j1-202ENSMUST00000124992 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Shmt2-201ENSMUST00000026470 2289 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Hectd2-201ENSMUST00000047247 4731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.3 ms