Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Sppl2b-201ENSMUST00000035597 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Cux2-201ENSMUST00000086317 5113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Fam149b-211ENSMUST00000224930 2716 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Entpd6-201ENSMUST00000094467 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Cacna2d2-202ENSMUST00000085092 5183 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Trmt1-201ENSMUST00000001974 2567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gypc-203ENSMUST00000174459 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Fam208a-201ENSMUST00000022450 7590 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gna15-201ENSMUST00000043709 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm10584-201ENSMUST00000207036 2628 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tex264-201ENSMUST00000046735 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Col2a1-201ENSMUST00000023123 5104 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Skor1-203ENSMUST00000119146 3610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Fbxo15-204ENSMUST00000224467 1908 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Prelid1-201ENSMUST00000021942 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Sp8-201ENSMUST00000063918 4478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Nxf1-202ENSMUST00000010248 748 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Zfp74-203ENSMUST00000108211 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tex22-203ENSMUST00000146107 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Mpv17-203ENSMUST00000200833 1171 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm32351-201ENSMUST00000220503 438 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Rnf151-201ENSMUST00000008626 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tfap2a-203ENSMUST00000223869 2037 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Slc22a18-202ENSMUST00000105917 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tbc1d1-203ENSMUST00000119756 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Casp8-201ENSMUST00000027189 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Slc12a5-201ENSMUST00000099092 6028 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Usp1-201ENSMUST00000030289 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Vill-207ENSMUST00000141185 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm15939-201ENSMUST00000160756 2147 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tnxb-202ENSMUST00000168533 9381 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tpbg-201ENSMUST00000006559 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Fntb-206ENSMUST00000137826 1442 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Hnrnpul1-205ENSMUST00000206832 3784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Cnot10-206ENSMUST00000216785 1723 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Bclaf3-201ENSMUST00000057180 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Klhl42-201ENSMUST00000036003 6267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Slc3a2-202ENSMUST00000170157 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Ogfrl1-201ENSMUST00000027343 4844 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Pgm1-201ENSMUST00000087324 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 B230359F08Rik-201ENSMUST00000103671 426 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Fis1-203ENSMUST00000111097 601 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Chchd7-207ENSMUST00000121210 548 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 1700042O10Rik-201ENSMUST00000151032 1075 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Sf3a2-204ENSMUST00000151928 781 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm12446-202ENSMUST00000152069 713 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Fis1-201ENSMUST00000019198 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 AY702102-202ENSMUST00000194651 1173 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Dmrt1-202ENSMUST00000087525 1130 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm10244-201ENSMUST00000090237 830 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Ccdc58-201ENSMUST00000099937 747 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Kcnt1-213ENSMUST00000198204 4714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Slc45a4-204ENSMUST00000132607 2457 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Crym-201ENSMUST00000033198 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Pkp2-201ENSMUST00000039408 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tbc1d8-201ENSMUST00000054462 4451 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Pwwp2a-201ENSMUST00000061070 3277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Btbd3-202ENSMUST00000091556 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Sbno2-204ENSMUST00000217972 2462 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Pdzrn3-201ENSMUST00000075994 4104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gfm2-211ENSMUST00000161913 1829 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm45293-201ENSMUST00000209754 1812 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Zfp446-204ENSMUST00000108537 2178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Fgfr1op2-204ENSMUST00000111663 2880 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Grhl2-203ENSMUST00000161405 1996 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Chst8-204ENSMUST00000205259 1980 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Apoo-204ENSMUST00000113898 784 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Sec11a-202ENSMUST00000117383 1094 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Sec11a-203ENSMUST00000119980 903 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Baiap2l2-205ENSMUST00000170955 1058 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Swi5-201ENSMUST00000050410 775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Olfr463-201ENSMUST00000081417 936 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Fam124a-201ENSMUST00000039064 3558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm29154-231ENSMUST00000215120 1367 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Nelfa-201ENSMUST00000030993 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 6430573F11Rik-205ENSMUST00000171777 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Adam23-204ENSMUST00000114103 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 P3h1-204ENSMUST00000121111 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tdrd7-201ENSMUST00000102929 3716 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Kcnab2-202ENSMUST00000105648 1576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Pde4d-208ENSMUST00000120671 2455 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm8131-201ENSMUST00000213783 1570 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Adarb1-202ENSMUST00000098374 6584 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Mars-206ENSMUST00000171564 2962 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Ubn1-201ENSMUST00000052449 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Cgn-203ENSMUST00000153263 2210 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Selenoh-202ENSMUST00000102647 654 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Defb30-203ENSMUST00000111208 503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Defb30-204ENSMUST00000111209 721 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Prrx2-202ENSMUST00000113592 1070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Crybb3-204ENSMUST00000119627 828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tmem219-204ENSMUST00000121532 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Mansc4-202ENSMUST00000123367 542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm12352-201ENSMUST00000154452 760 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm37917-201ENSMUST00000194711 392 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Timm9-206ENSMUST00000221367 836 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Prtn3-201ENSMUST00000006679 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Chchd5-201ENSMUST00000035481 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Pou5f1-201ENSMUST00000025271 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.5 ms