Protein–RNA interactions for Protein: P50431

Shmt1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, mousemouse

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Shmt1P50431 Mon1b-201ENSMUST00000035777 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Syn2-201ENSMUST00000009538 2708 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 4921504A21Rik-201ENSMUST00000180594 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Renbp-201ENSMUST00000114379 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Pcp2-202ENSMUST00000128566 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Fbxl19-207ENSMUST00000206893 3449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gm42893-201ENSMUST00000198035 1502 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Slc24a3-202ENSMUST00000110007 4048 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Ssfa2-202ENSMUST00000111785 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 CN725425-202ENSMUST00000190436 2041 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Cux1-212ENSMUST00000176778 5520 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Vgll3-201ENSMUST00000168064 7009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Map7d1-203ENSMUST00000122129 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Styxl1-207ENSMUST00000177559 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tpi-rs2-201ENSMUST00000182471 756 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Timm13-201ENSMUST00000020440 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 AC124732.2-201ENSMUST00000221977 316 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Krtap19-4-201ENSMUST00000051103 304 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Flt1-202ENSMUST00000031653 6895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tmem59l-201ENSMUST00000045286 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tmod2-207ENSMUST00000215462 1564 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gm29676-201ENSMUST00000222396 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gpr37l1-201ENSMUST00000027682 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 AI849053-201ENSMUST00000181021 2658 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tbc1d16-203ENSMUST00000207655 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Scamp1-201ENSMUST00000022197 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gpd2-202ENSMUST00000112618 5759 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tmtc2-201ENSMUST00000061506 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Nfkb1-201ENSMUST00000029812 4117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Ctnnb1-201ENSMUST00000007130 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Iffo1-201ENSMUST00000117675 2833 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Ydjc-202ENSMUST00000115702 1713 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Ccdc106-201ENSMUST00000045543 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 3110082I17Rik-201ENSMUST00000066052 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Usp4-201ENSMUST00000035237 3662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Lgi3-201ENSMUST00000047331 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gm5421-201ENSMUST00000181698 2354 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Washc1-201ENSMUST00000072383 2904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Zmym3-201ENSMUST00000063577 6057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Ninj2-202ENSMUST00000112711 853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gm12264-201ENSMUST00000123949 500 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Hras-203ENSMUST00000124314 1073 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Erdr1-204ENSMUST00000179483 688 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tmem86b-204ENSMUST00000206610 522 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Cald1-201ENSMUST00000031775 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Smyd4-201ENSMUST00000044530 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Foxp1-208ENSMUST00000113329 1926 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Slit1-203ENSMUST00000169141 5673 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Ankrd13b-202ENSMUST00000092892 3336 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gxylt2-201ENSMUST00000032157 7658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gm26882-201ENSMUST00000181611 1537 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Zfp184-202ENSMUST00000102978 3198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Ptp4a3-201ENSMUST00000053232 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Hspa1a-201ENSMUST00000087328 2967 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Slc9a3r2-202ENSMUST00000019684 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tbx15-201ENSMUST00000029462 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Rasgef1c-202ENSMUST00000093141 2120 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gatm-201ENSMUST00000028624 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tead1-201ENSMUST00000059768 9964 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Stra8-203ENSMUST00000114999 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Sftpb-204ENSMUST00000183018 1490 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Rnf180-203ENSMUST00000224662 2734 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Appbp2-201ENSMUST00000018625 6463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Fgfr1op-202ENSMUST00000097419 3505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Arid5a-201ENSMUST00000097778 2270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Grm6-204ENSMUST00000171427 4330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Shank1-202ENSMUST00000107935 6649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Dlc1-203ENSMUST00000098826 6241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Smtnl2-202ENSMUST00000108500 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Orai3-202ENSMUST00000118865 768 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Zfp715-201ENSMUST00000012796 907 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Hoxa7-202ENSMUST00000134367 807 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 9230114J08Rik-201ENSMUST00000200375 350 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Pts-201ENSMUST00000034570 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tmem116-202ENSMUST00000060004 1297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Gm6471-201ENSMUST00000097935 805 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Unc93b1-204ENSMUST00000165711 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Nap1l1-208ENSMUST00000219961 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Cdon-202ENSMUST00000119129 7503 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Slc12a5-207ENSMUST00000202223 5690 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Rspo4-201ENSMUST00000042217 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Polr3d-202ENSMUST00000180358 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Acadm-201ENSMUST00000072697 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Fam178b-201ENSMUST00000114981 1659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Cpeb3-201ENSMUST00000079754 5899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Tbk1-201ENSMUST00000020316 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 0610005C13Rik-207ENSMUST00000210866 2434 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Slc38a7-201ENSMUST00000040481 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Dhx33-202ENSMUST00000108527 5184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Scara3-201ENSMUST00000042046 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Samhd1-202ENSMUST00000088523 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Ppp2r5b-201ENSMUST00000025695 2742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Otud4-202ENSMUST00000173078 7354 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Sppl2b-201ENSMUST00000035597 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 D17Wsu92e-202ENSMUST00000114859 3522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Nsun7-203ENSMUST00000201100 2775 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Etnk2-203ENSMUST00000135222 2297 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Spns1-202ENSMUST00000119754 2001 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Ush1c-202ENSMUST00000078680 2047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Shmt1P50431 Epha1-203ENSMUST00000204357 2948 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.6 ms