Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Btbd1-201ENSMUST00000026093 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6871-201ENSMUST00000073410 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Kmt5b-213ENSMUST00000176262 3933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Foxp1-208ENSMUST00000113329 1926 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9115-201ENSMUST00000120192 1348 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Sumo2-204ENSMUST00000118155 884 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Sec22b-203ENSMUST00000130620 640 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20499-201ENSMUST00000140374 444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ascl5-201ENSMUST00000180436 567 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 1700072B07Rik-201ENSMUST00000191141 445 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Crip2-202ENSMUST00000196015 772 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Smim11-201ENSMUST00000063641 517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Akr1b7-201ENSMUST00000007449 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Brap-201ENSMUST00000031414 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk7-201ENSMUST00000079080 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Kif7-202ENSMUST00000178048 4524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Crem-201ENSMUST00000025069 2931 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef1-218ENSMUST00000206508 3195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 4921513I03Rik-201ENSMUST00000056994 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Trav3d-3-201ENSMUST00000103599 276 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Trav3n-3-201ENSMUST00000103625 276 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Trav3-3-202ENSMUST00000183835 276 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21470-201ENSMUST00000187680 696 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Rsrp1-201ENSMUST00000078084 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Mpp4-201ENSMUST00000066374 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Mpp4-202ENSMUST00000078874 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Camk2b-208ENSMUST00000109812 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Narfl-204ENSMUST00000134108 2062 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ssr1-204ENSMUST00000225319 1610 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Adm-201ENSMUST00000033054 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Klk8-201ENSMUST00000085461 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Cep295nl-201ENSMUST00000103024 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12341-201ENSMUST00000119724 503 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Dhrs2-202ENSMUST00000165432 849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Flg-208ENSMUST00000180308 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm31728-201ENSMUST00000192164 435 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 4930449I04Rik-201ENSMUST00000198191 1123 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42902-201ENSMUST00000199508 662 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Hddc3-208ENSMUST00000206122 696 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 2310016G11Rik-202ENSMUST00000209111 733 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt17-201ENSMUST00000029742 1039 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Swi5-201ENSMUST00000050410 775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Cmc2-201ENSMUST00000078589 523 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ap2s1-201ENSMUST00000086112 836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Tbx18-201ENSMUST00000034991 4679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 4930473A02Rik-202ENSMUST00000136793 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Pid1-204ENSMUST00000176559 1564 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 St7l-211ENSMUST00000200132 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Fam131a-201ENSMUST00000056518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Clstn2-201ENSMUST00000035027 4365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Rtn1-202ENSMUST00000078505 3629 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 AC154527.2-201ENSMUST00000225256 1466 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Dmrtc1c1-201ENSMUST00000118218 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Dmrtc1c2-203ENSMUST00000120314 1611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45799-201ENSMUST00000106785 367 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Atpif1-203ENSMUST00000152993 462 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Blvra-201ENSMUST00000002064 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Fmr1-201ENSMUST00000088546 4409 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ebf4-202ENSMUST00000110287 2580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Sec31a-201ENSMUST00000094578 4228 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Asap2-202ENSMUST00000064595 5678 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ifitm10-201ENSMUST00000059223 3412 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc37l1-204ENSMUST00000224511 2944 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Traf7-210ENSMUST00000176353 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Dhcr24-201ENSMUST00000047973 4028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Casd1-201ENSMUST00000015333 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26666-201ENSMUST00000180763 2461 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cradd-202ENSMUST00000217809 1115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 1700067P10Rik-201ENSMUST00000022028 794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Slc27a1-201ENSMUST00000034267 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb7c-201ENSMUST00000058997 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tepsin-203ENSMUST00000106225 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 AC166574.6-201ENSMUST00000227889 1806 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Top3b-201ENSMUST00000023465 3073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Myrf-202ENSMUST00000186056 3636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ntf3-201ENSMUST00000050484 1483 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc56-201ENSMUST00000047093 2197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Spns1-202ENSMUST00000119754 2001 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Paf1-201ENSMUST00000003529 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Sytl1-201ENSMUST00000030674 1951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10461-201ENSMUST00000202073 4786 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rph3al-203ENSMUST00000108420 695 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb2-209ENSMUST00000143495 1285 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 1700047K16Rik-201ENSMUST00000145068 886 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl26-203ENSMUST00000163356 534 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20033-203ENSMUST00000180912 796 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7558-201ENSMUST00000193221 1165 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5279-201ENSMUST00000199575 745 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4129-201ENSMUST00000220083 625 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Emc4-201ENSMUST00000028551 983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ngf-201ENSMUST00000035952 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tdrp-201ENSMUST00000062613 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Fnip2-201ENSMUST00000076136 3775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gypc-203ENSMUST00000174459 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ttyh1-203ENSMUST00000119661 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm32591-204ENSMUST00000208679 1806 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp316-201ENSMUST00000051665 3054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.1 ms