Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Fam3a-205ENSMUST00000114142 1586 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Pelp1-201ENSMUST00000019065 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Prkab2-201ENSMUST00000045743 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Pcdha11-202ENSMUST00000115657 5360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Ftcd-201ENSMUST00000001183 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Rasl12-202ENSMUST00000165682 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gm5837-201ENSMUST00000191844 1369 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Tmod2-208ENSMUST00000215614 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Wnt3a-201ENSMUST00000010044 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Vasp-201ENSMUST00000032561 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Dbndd1-201ENSMUST00000176155 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Rfx5-203ENSMUST00000107254 4450 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Cpeb2-205ENSMUST00000169035 7050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Usp4P35123 A230072C01Rik-202ENSMUST00000136447 1412 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gm37500-201ENSMUST00000192059 1443 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gata4-201ENSMUST00000067417 3400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Rps6ka5-201ENSMUST00000043599 4406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Map3k14-201ENSMUST00000021324 4246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gbe1-207ENSMUST00000171132 3303 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Zmym3-204ENSMUST00000118092 1502 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Chmp4c-201ENSMUST00000029049 6188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 9330182L06Rik-202ENSMUST00000115348 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Cage1-202ENSMUST00000089840 3449 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Agap1-202ENSMUST00000074945 10069 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gm10125-203ENSMUST00000161096 3493 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Slc39a4-201ENSMUST00000073428 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Get4-202ENSMUST00000110878 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gm7222-201ENSMUST00000117512 906 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gm12260-201ENSMUST00000122447 411 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Ptpa-208ENSMUST00000131476 989 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Egfl8-201ENSMUST00000015611 1150 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gm6089-201ENSMUST00000197666 938 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Mzb1-201ENSMUST00000025211 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Fam26f-201ENSMUST00000062784 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Egfl8-202ENSMUST00000097345 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Fkbp10-201ENSMUST00000001595 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Rxrg-202ENSMUST00000111380 1630 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Wdr47-201ENSMUST00000051145 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Mis18a-201ENSMUST00000099554 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Krit1-211ENSMUST00000200386 2343 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Usp31-201ENSMUST00000046929 10198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Repin1-204ENSMUST00000135151 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gm26513-201ENSMUST00000181802 2489 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 2810474O19Rik-202ENSMUST00000100765 5356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Slc43a1-201ENSMUST00000028469 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Fgd1-201ENSMUST00000026296 4001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gdap1l1-201ENSMUST00000018087 2220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Ece2-204ENSMUST00000133344 3042 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Map4-201ENSMUST00000035055 6091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Tmem94-201ENSMUST00000093912 5329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Usp4P35123 R3hdm4-202ENSMUST00000171416 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Egln3-201ENSMUST00000039516 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gipc2-201ENSMUST00000046614 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Usp4P35123 Gm15850-201ENSMUST00000134998 2049 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Synm-204ENSMUST00000208231 4457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Tead1-201ENSMUST00000059768 9964 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Fbln7-201ENSMUST00000028864 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Sema4b-204ENSMUST00000205822 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Serp1-201ENSMUST00000029385 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Igha-202ENSMUST00000194738 2540 ntAPPRIS P5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mef2b-201ENSMUST00000110140 1223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mef2b-202ENSMUST00000110141 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 1700021A07Rik-203ENSMUST00000188024 404 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 1700017L05Rik-201ENSMUST00000201654 558 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ap2s1-204ENSMUST00000205607 372 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm32050-201ENSMUST00000209793 638 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Pih1d1-206ENSMUST00000210139 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Cfd-202ENSMUST00000217837 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 AC164441.1-201ENSMUST00000221369 1004 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Bhlha9-201ENSMUST00000056184 1207 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Noct-201ENSMUST00000023849 3059 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Irf7-203ENSMUST00000106023 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Fgfr3-201ENSMUST00000067150 4218 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Dnmt3b-201ENSMUST00000056495 4318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Cdcp1-201ENSMUST00000039229 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Emp2-201ENSMUST00000078357 3440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Cdk8-205ENSMUST00000161181 2467 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Nat6-201ENSMUST00000093785 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Psap-202ENSMUST00000105465 2646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gnb2-212ENSMUST00000150063 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Tmem218-201ENSMUST00000034632 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mettl27-202ENSMUST00000068617 1685 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Sept8-202ENSMUST00000117061 4563 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Zfp566-201ENSMUST00000088785 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Sohlh2-201ENSMUST00000029369 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Nt5c-202ENSMUST00000106530 836 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Pgam1-ps1-201ENSMUST00000119107 749 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Hmgb1-208ENSMUST00000139443 923 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm16194-203ENSMUST00000141239 362 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Prss45-202ENSMUST00000146794 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm6736-201ENSMUST00000166583 948 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Dpf3-205ENSMUST00000177801 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm3336-201ENSMUST00000179347 1149 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm43935-201ENSMUST00000203569 1050 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm3336-202ENSMUST00000213065 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 4931406C07Rik-209ENSMUST00000217042 691 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm40849-201ENSMUST00000222330 603 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Nek4-204ENSMUST00000226833 1252 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Anapc15-202ENSMUST00000035395 836 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 BC031181-201ENSMUST00000040284 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.3 ms