Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Prkx-202ENSMUST00000114044 2639 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ftcd-201ENSMUST00000001183 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm4609-201ENSMUST00000106443 1002 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm5138-201ENSMUST00000113842 1002 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm15191-201ENSMUST00000117933 1000 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm12182-201ENSMUST00000118655 1008 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm14913-201ENSMUST00000120011 1093 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm13882-201ENSMUST00000120886 1002 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm10284-201ENSMUST00000145057 1005 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm10481-201ENSMUST00000179228 1002 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Gm3200-201ENSMUST00000181493 1002 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Gm8330-201ENSMUST00000182754 1008 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm4575-201ENSMUST00000182991 1002 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm8709-201ENSMUST00000183230 1012 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Usp20-202ENSMUST00000102849 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm11748-201ENSMUST00000153825 1498 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Sf3a1-201ENSMUST00000002198 4920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Rab9-202ENSMUST00000112091 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Zufsp-205ENSMUST00000218880 2005 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Siglecf-203ENSMUST00000122423 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Itpripl1-203ENSMUST00000154021 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Acp6-201ENSMUST00000090759 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gnas-204ENSMUST00000087877 3947 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Tmem169-201ENSMUST00000027380 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ncam2-201ENSMUST00000037785 4893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Rtn1-201ENSMUST00000021497 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Hspa12b-201ENSMUST00000099349 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm2694-204ENSMUST00000181898 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Clcn4-203ENSMUST00000210061 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ncor2-203ENSMUST00000111393 8661 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Ppp1r27-201ENSMUST00000026121 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Enpp1-203ENSMUST00000135846 2721 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Mettl14-201ENSMUST00000029759 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Papd5-201ENSMUST00000066748 4489 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Nfatc1-202ENSMUST00000078049 4607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Clgn-202ENSMUST00000109831 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Tmem88-201ENSMUST00000050140 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Tnk2-201ENSMUST00000115120 2794 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Wac-201ENSMUST00000074919 3070 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Zfp318-204ENSMUST00000138127 3936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ube2g1-203ENSMUST00000138247 3931 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Kcnq2-207ENSMUST00000103050 2713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Plch2-201ENSMUST00000105631 5053 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Sall4-202ENSMUST00000075044 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Tmem30a-201ENSMUST00000034878 3658 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Exd2-201ENSMUST00000038185 3310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
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Rnf40Q3U319 Cdk8-205ENSMUST00000161181 2467 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Knop1-204ENSMUST00000106550 5524 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ntng1-205ENSMUST00000106575 1620 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ntng1-202ENSMUST00000072596 1620 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Slc52a3-202ENSMUST00000109858 2094 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 B430010I23Rik-202ENSMUST00000152188 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 2010310C07Rik-202ENSMUST00000190889 842 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm8797-201ENSMUST00000192045 490 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Id2-201ENSMUST00000020974 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm19164-201ENSMUST00000210667 640 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 5430427M07Rik-202ENSMUST00000221524 1023 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 CT010486.3-201ENSMUST00000224555 811 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 2510002D24Rik-201ENSMUST00000055413 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Prss48-201ENSMUST00000061343 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Hdgfl2-210ENSMUST00000225843 2238 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Map2k7-206ENSMUST00000110998 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm11405-201ENSMUST00000118689 1556 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
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