Protein–RNA interactions for Protein: P50431

Shmt1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, mousemouse

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Shmt1P50431 2810408A11Rik-202ENSMUST00000100969 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Tcf19-203ENSMUST00000161012 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Dpp7-201ENSMUST00000028332 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Psmd12-201ENSMUST00000021063 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Dnase1l2-202ENSMUST00000119932 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Grin1os-201ENSMUST00000129723 2891 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Prkg1-206ENSMUST00000182685 1628 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Acp5-201ENSMUST00000069330 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gpx3-201ENSMUST00000082430 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Pdk1-201ENSMUST00000006669 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Ahcy-201ENSMUST00000054607 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm26840-201ENSMUST00000180784 2980 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Magi1-202ENSMUST00000089317 7209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Smyd5-201ENSMUST00000045693 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Zfp786-201ENSMUST00000058844 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Cpsf6-206ENSMUST00000176670 2227 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Cpsf6-207ENSMUST00000176686 2200 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Trp53i11-201ENSMUST00000090554 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm3002-201ENSMUST00000170480 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm3005-202ENSMUST00000178728 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Ropn1l-201ENSMUST00000110408 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm16191-201ENSMUST00000141445 520 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Nespas-202ENSMUST00000150276 1262 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm37230-201ENSMUST00000194491 818 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm5771-201ENSMUST00000049079 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Mapk8ip3-205ENSMUST00000119115 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Klf4-201ENSMUST00000107619 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Klhl12-202ENSMUST00000112232 3220 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Nrsn1-204ENSMUST00000167305 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Syndig1-201ENSMUST00000109934 2081 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Scube2-203ENSMUST00000106729 3563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Arf3-201ENSMUST00000053183 3579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Kif17-201ENSMUST00000030539 3453 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 9130019P16Rik-202ENSMUST00000145111 4486 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 B3gnt7-201ENSMUST00000113306 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Phyhd1-204ENSMUST00000113645 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Thap6-204ENSMUST00000193925 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Krt42-201ENSMUST00000017270 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Cxcr3-201ENSMUST00000056614 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Fnbp1-208ENSMUST00000113560 4726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Usp32-202ENSMUST00000108075 7053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Asic4-201ENSMUST00000037708 2464 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Aldh1b1-201ENSMUST00000044384 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Pdia2-202ENSMUST00000120333 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Sept1-201ENSMUST00000106313 1285 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Arid2-202ENSMUST00000134985 809 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 1810032O08Rik-206ENSMUST00000144049 966 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm15862-201ENSMUST00000146349 361 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 1700021F05Rik-202ENSMUST00000147196 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm13883-202ENSMUST00000151310 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Arl3-201ENSMUST00000026009 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Lce1g-201ENSMUST00000029527 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Ptpn6-203ENSMUST00000171549 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Skida1-201ENSMUST00000066885 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Sphk1-205ENSMUST00000106387 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Grhl2-203ENSMUST00000161405 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 4930481A15Rik-201ENSMUST00000128542 2106 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Atg9a-208ENSMUST00000189702 4110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Atp4b-201ENSMUST00000033826 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Faf1-201ENSMUST00000102724 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Ccdc154-201ENSMUST00000073277 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm42466-201ENSMUST00000202099 1301 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 AC154767.3-201ENSMUST00000225150 1342 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Ppp1r1a-201ENSMUST00000023133 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Sync-201ENSMUST00000102599 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Arhgap40-203ENSMUST00000165398 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 3110082I17Rik-204ENSMUST00000198474 2030 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm5089-201ENSMUST00000081580 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Nup54-201ENSMUST00000038514 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Cldn14-204ENSMUST00000169391 1456 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Rnf4-207ENSMUST00000182709 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm13111-201ENSMUST00000136217 3542 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm7336-201ENSMUST00000107041 1232 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Styxl1-204ENSMUST00000111163 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Ube2v2-202ENSMUST00000115776 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Cebpzos-202ENSMUST00000180077 602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm26771-201ENSMUST00000180472 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Papd7-204ENSMUST00000223344 2118 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Ythdc2-201ENSMUST00000037763 7215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Trim62-201ENSMUST00000035667 3752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Zhx1-201ENSMUST00000070143 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Hdac8-201ENSMUST00000087916 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Fam208a-201ENSMUST00000022450 7590 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Slc23a3-201ENSMUST00000027405 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Kif26a-201ENSMUST00000128402 6918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Vdac3-201ENSMUST00000009036 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Farp2-201ENSMUST00000120301 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Dbndd1-201ENSMUST00000176155 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Cdr2l-201ENSMUST00000053288 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Ror1-201ENSMUST00000039630 5762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Scaf4-201ENSMUST00000039280 4165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Zfp109-203ENSMUST00000206960 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Arpin-201ENSMUST00000048731 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Slc17a9-201ENSMUST00000094218 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Gm26793-201ENSMUST00000180930 2732 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 AI467606-201ENSMUST00000056288 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Nsmce3-201ENSMUST00000094331 5946 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Kit-204ENSMUST00000144270 5241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Rpl37rt-201ENSMUST00000100847 682 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Shmt1P50431 Abhd11-202ENSMUST00000111216 972 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.1 ms