Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Rad23b-201ENSMUST00000030134 3810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Elmo3-202ENSMUST00000212033 2351 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Fbxo10-201ENSMUST00000052236 4635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Fkbp10-201ENSMUST00000001595 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Metap2-206ENSMUST00000180840 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Armcx6-202ENSMUST00000113194 2120 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Arhgef33-211ENSMUST00000225658 473 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Parp10-202ENSMUST00000165738 3367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 D430041D05Rik-201ENSMUST00000089726 10124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Camk2d-203ENSMUST00000106399 4169 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Plekhb1-201ENSMUST00000079176 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Nek8-201ENSMUST00000017549 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Sox17-206ENSMUST00000192650 3242 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Rbl2-208ENSMUST00000209518 4792 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Klhl33-204ENSMUST00000227271 5513 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 B3galnt2-201ENSMUST00000099747 3892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Egr2-203ENSMUST00000127820 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 4921513I03Rik-201ENSMUST00000056994 1534 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Il1rapl2-202ENSMUST00000113063 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Camk2d-206ENSMUST00000106402 4180 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Slc37a1-201ENSMUST00000165149 3354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Cnot7-201ENSMUST00000034012 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ankra2-208ENSMUST00000226100 1476 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Rap2b-201ENSMUST00000049064 6793 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Nsd3-207ENSMUST00000143445 2416 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Samd11-202ENSMUST00000217934 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Sept8-207ENSMUST00000147912 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Zbed4-201ENSMUST00000041297 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Papd7-201ENSMUST00000044081 3994 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 R3hcc1-202ENSMUST00000121142 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Rrp1-201ENSMUST00000062678 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Pak4-201ENSMUST00000032823 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Desi1-206ENSMUST00000152227 2934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ptn-202ENSMUST00000201321 2558 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm13366-201ENSMUST00000122198 970 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm20825-201ENSMUST00000178149 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm10271-201ENSMUST00000092165 156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ccdc157-201ENSMUST00000093381 5015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ksr1-207ENSMUST00000226282 5260 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Cacna2d1-205ENSMUST00000167946 7436 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 4930556M19Rik-201ENSMUST00000180604 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Cplx2-201ENSMUST00000026985 4928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Caprin2-202ENSMUST00000111569 3697 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm32591-204ENSMUST00000208679 1806 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 AC126250.1-201ENSMUST00000228343 1768 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm37844-201ENSMUST00000192473 4097 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Rpp25-201ENSMUST00000080514 1423 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm36447-201ENSMUST00000201101 1978 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Speg-205ENSMUST00000113590 3393 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 AU040320-202ENSMUST00000102607 4191 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Slc25a18-201ENSMUST00000112682 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 3830417A13Rik-201ENSMUST00000033522 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm11992-201ENSMUST00000043285 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gspt1-205ENSMUST00000167571 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Rhbdl3-201ENSMUST00000017836 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gabpb1-205ENSMUST00000110424 2613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Zbtb5-202ENSMUST00000107817 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Kctd14-206ENSMUST00000206658 2339 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Nsd3-211ENSMUST00000155861 2834 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm13263-201ENSMUST00000121271 838 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 2410004I01Rik-201ENSMUST00000138424 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm3264-202ENSMUST00000166776 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm8349-201ENSMUST00000182720 1003 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm27177-205ENSMUST00000184792 706 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 CT009510.1-201ENSMUST00000227972 270 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 AC125117.2-201ENSMUST00000228344 1140 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Prok1-201ENSMUST00000049852 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Mxra8os-201ENSMUST00000097740 687 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Zfp868-202ENSMUST00000121886 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Eif2a-201ENSMUST00000029387 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Srrm1-203ENSMUST00000105861 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Lrfn2-201ENSMUST00000046254 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Rnf121-202ENSMUST00000096639 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ska1-201ENSMUST00000040188 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm5639-201ENSMUST00000122305 2403 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Usf1-208ENSMUST00000161241 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Satb2-201ENSMUST00000042857 6277 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Tbc1d5-205ENSMUST00000224528 4764 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Arnt-201ENSMUST00000015666 2603 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Acin1-216ENSMUST00000141453 2381 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ccdc92b-201ENSMUST00000100866 4002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ermard-203ENSMUST00000097393 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Irak2-202ENSMUST00000089022 2974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm4081-201ENSMUST00000195287 1838 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Tshz2-202ENSMUST00000109159 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ube3b-201ENSMUST00000074002 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Slc39a11-202ENSMUST00000071539 2664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Mob1a-202ENSMUST00000055261 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27 ms