Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Agfg1-204ENSMUST00000186302 2352 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Pgm1-201ENSMUST00000087324 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Mllt11-201ENSMUST00000065482 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Mgat1-202ENSMUST00000101293 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Arhgap4-204ENSMUST00000114406 2749 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Ctps-201ENSMUST00000030381 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Spock1-205ENSMUST00000187852 3113 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Edem3-204ENSMUST00000191070 3127 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Ppp2r5e-205ENSMUST00000220035 3135 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Pitpnb-204ENSMUST00000200298 2632 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Prkcz-201ENSMUST00000030922 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gpat2-201ENSMUST00000062211 2628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gm9918-201ENSMUST00000181801 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Ilkap-201ENSMUST00000027534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 L2hgdh-201ENSMUST00000021370 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Rabggta-203ENSMUST00000169237 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Skor1-201ENSMUST00000055281 3657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Rgs9-202ENSMUST00000103062 1743 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Smtn-201ENSMUST00000020718 1747 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Cand1-201ENSMUST00000020315 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Cope-201ENSMUST00000066469 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Ankrd24-201ENSMUST00000119336 3561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Chst13-201ENSMUST00000070890 1653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Pmf1-205ENSMUST00000193338 795 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Ndufaf2-202ENSMUST00000223734 556 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Sod1-201ENSMUST00000023707 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Mrpl46-201ENSMUST00000032841 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Aqp12-201ENSMUST00000059676 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Myo9b-201ENSMUST00000071935 7082 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Plekhg2-202ENSMUST00000119990 4880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Tdg-201ENSMUST00000092266 2959 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Cdk2-201ENSMUST00000026415 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Klhdc3-201ENSMUST00000071841 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Tmem184b-201ENSMUST00000074991 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Suv39h2-201ENSMUST00000027956 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Ldlrap1-201ENSMUST00000037828 6549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 T-201ENSMUST00000074667 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Szrd1-203ENSMUST00000102487 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Ascc3-201ENSMUST00000035606 7760 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Igha-202ENSMUST00000194738 2540 ntAPPRIS P5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Spatc1-201ENSMUST00000074173 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gm10518-201ENSMUST00000097454 1301 ntAPPRIS P1 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Kbtbd7-201ENSMUST00000061222 4526 ntAPPRIS P1 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Wbp11-201ENSMUST00000116514 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Tango6-202ENSMUST00000211979 2722 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Dnm1-205ENSMUST00000113365 3257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Thap7-201ENSMUST00000100125 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Aig1-202ENSMUST00000105534 617 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gm6184-201ENSMUST00000120403 1261 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 E530001F21Rik-201ENSMUST00000120991 730 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gm25406-201ENSMUST00000157599 105 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gm8349-201ENSMUST00000182720 1003 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gm20383-201ENSMUST00000203799 1227 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Slc44a2-210ENSMUST00000217461 3478 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gm42743-201ENSMUST00000051089 1511 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Igf2-201ENSMUST00000000033 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gpr4-201ENSMUST00000060225 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Tfap2d-201ENSMUST00000037294 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Hps1-208ENSMUST00000162004 2847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Htr7-205ENSMUST00000166074 3079 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Mpped1-201ENSMUST00000046168 3265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Ski-202ENSMUST00000084103 5309 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Pqlc2-205ENSMUST00000172747 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Zfp109-201ENSMUST00000037448 1935 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Zfp395-201ENSMUST00000066994 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Slc23a4-201ENSMUST00000044387 2175 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Wt1-202ENSMUST00000111099 2441 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Bpifb5-201ENSMUST00000045959 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Zbtb33-201ENSMUST00000049740 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Lrrc41-201ENSMUST00000030471 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Kdm2b-201ENSMUST00000031435 3532 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 P2ry2-201ENSMUST00000037540 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Alg10b-201ENSMUST00000100309 3727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gm42473-201ENSMUST00000201056 2291 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Larp4b-202ENSMUST00000188211 5610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Knop1-205ENSMUST00000116280 5382 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Cds1-201ENSMUST00000031273 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Hspa4-201ENSMUST00000020630 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Cdk11b-203ENSMUST00000105600 3170 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Pth1r-204ENSMUST00000198865 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Zfp787-206ENSMUST00000208746 535 ntTSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Cela3a-201ENSMUST00000024200 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Rogdi-202ENSMUST00000090453 652 ntTSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Olfr1272-201ENSMUST00000099750 927 ntAPPRIS P1 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gab3-201ENSMUST00000037374 2153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Eml6-201ENSMUST00000058902 8083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Ccdc43-201ENSMUST00000092569 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Rasal3-207ENSMUST00000137458 3272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Rangap1-202ENSMUST00000170134 3002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Capn12-201ENSMUST00000066880 3040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Fut9-202ENSMUST00000108199 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Sorbs1-225ENSMUST00000226047 2582 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Dhx34-203ENSMUST00000119102 4310 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Wbscr25-202ENSMUST00000148729 2075 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Cyp11b2-201ENSMUST00000167634 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Emb-201ENSMUST00000022242 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Vps26b-201ENSMUST00000034470 3575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Large2-202ENSMUST00000090582 2291 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Gm28551-201ENSMUST00000144660 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Lire1P11260 Celsr1-201ENSMUST00000016172 10879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.1 ms