Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr1412-201ENSMUST00000062964 966 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Zic4-209ENSMUST00000173933 1764 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cttn-202ENSMUST00000103079 3286 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf207-201ENSMUST00000076183 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr46-201ENSMUST00000025170 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm3-202ENSMUST00000118566 2190 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 9330020H09Rik-201ENSMUST00000163781 2147 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Daxx-208ENSMUST00000174541 2325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Enpp6-202ENSMUST00000119686 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Kbtbd2-202ENSMUST00000114323 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Chd1l-201ENSMUST00000029730 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Nek2-201ENSMUST00000027931 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ftcd-201ENSMUST00000001183 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 B230359F08Rik-201ENSMUST00000103671 426 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15460-201ENSMUST00000118147 391 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2j2-206ENSMUST00000118192 922 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13134-202ENSMUST00000144347 387 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 2210408F21Rik-214ENSMUST00000155345 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm33320-201ENSMUST00000192232 530 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Isca2-201ENSMUST00000021667 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ecsit-201ENSMUST00000098937 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Snx29-207ENSMUST00000180792 2667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13883-201ENSMUST00000150450 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp707-201ENSMUST00000109966 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Echdc1-202ENSMUST00000160399 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 9330121J05Rik-201ENSMUST00000192267 3009 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Errfi1-201ENSMUST00000030811 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cnksr3-201ENSMUST00000015346 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Dlgap4-205ENSMUST00000109567 4840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd4-203ENSMUST00000117355 1756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Pou5f1-201ENSMUST00000025271 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf224-202ENSMUST00000205192 1707 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc106-202ENSMUST00000108571 1318 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28760-201ENSMUST00000185995 736 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 AC158987.1-201ENSMUST00000214586 961 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem253-203ENSMUST00000227295 704 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cald1-201ENSMUST00000031775 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Dlgap4-204ENSMUST00000109566 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Il18r1-204ENSMUST00000193391 1738 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef25-201ENSMUST00000019611 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx3-1-201ENSMUST00000022646 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef1-201ENSMUST00000047873 3212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Negr1-202ENSMUST00000074015 4983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Atp10a-201ENSMUST00000168747 5419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp804a-201ENSMUST00000047527 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Uqcrq-203ENSMUST00000109021 405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw4-204ENSMUST00000160018 931 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm31326-201ENSMUST00000191856 1048 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6745-201ENSMUST00000199216 526 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 AC154239.3-201ENSMUST00000226933 674 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Prss41-201ENSMUST00000024926 1128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Rpp21-201ENSMUST00000025319 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Rwdd2b-201ENSMUST00000039101 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Pxn-201ENSMUST00000067268 3706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r37-201ENSMUST00000058444 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Fggy-203ENSMUST00000107091 1395 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 6430573F11Rik-205ENSMUST00000171777 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 P2rx3-202ENSMUST00000111613 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Spcs2-210ENSMUST00000209032 1610 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4981-201ENSMUST00000099726 1854 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 BC034090-204ENSMUST00000186156 4873 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk8-201ENSMUST00000022504 2587 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Sart3-201ENSMUST00000019118 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp23-201ENSMUST00000027826 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Irf8-205ENSMUST00000162001 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ralb-201ENSMUST00000004565 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Fcnb-202ENSMUST00000117486 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15678-201ENSMUST00000117573 960 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6f-202ENSMUST00000189654 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Coprs-202ENSMUST00000209371 601 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18624-201ENSMUST00000220966 658 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Prss38-201ENSMUST00000061481 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Prkar2a-201ENSMUST00000035220 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Prr5l-201ENSMUST00000043845 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cdhr5-201ENSMUST00000080654 2133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gatm-201ENSMUST00000028624 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Fam228b-201ENSMUST00000053458 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cables1-202ENSMUST00000171109 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Htr7-202ENSMUST00000164639 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfrsf12a-202ENSMUST00000167059 858 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gsg1l2-202ENSMUST00000181566 1158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfrsf12a-201ENSMUST00000024698 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Myg1-202ENSMUST00000113682 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Irs3-201ENSMUST00000057314 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Pcsk4-201ENSMUST00000020340 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Mars-206ENSMUST00000171564 2962 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tpgs2-202ENSMUST00000148255 3424 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Kri1-205ENSMUST00000184326 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tmcc1-202ENSMUST00000088896 5838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem176b-201ENSMUST00000101429 1238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12882-201ENSMUST00000121696 517 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cenpa-206ENSMUST00000149759 346 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28631-201ENSMUST00000190740 334 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8515-201ENSMUST00000194852 576 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Batf3-201ENSMUST00000027943 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Pdia3-201ENSMUST00000028683 2770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp691-204ENSMUST00000179290 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Clstn1-201ENSMUST00000039144 3319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40765-201ENSMUST00000218612 1469 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 61.4 ms