Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Fkbp10-202ENSMUST00000107400 1467 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Zkscan4-202ENSMUST00000225845 1506 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Spsb1-201ENSMUST00000038562 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Rhpn1-201ENSMUST00000023244 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Kctd14-201ENSMUST00000050732 2343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Majin-202ENSMUST00000113528 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Pcdhga8-201ENSMUST00000066149 4730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 4930579G24Rik-201ENSMUST00000029388 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Efemp1-201ENSMUST00000020759 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gpr157-201ENSMUST00000094451 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Kctd10-201ENSMUST00000001125 1026 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ube2t-201ENSMUST00000027687 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Nnat-201ENSMUST00000088484 458 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Vps35-201ENSMUST00000034131 3474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ap3d1-201ENSMUST00000020420 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm12462-201ENSMUST00000140826 3056 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Kcnd3-203ENSMUST00000118360 2668 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Myo1d-201ENSMUST00000041065 5354 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rabep2-201ENSMUST00000106405 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Slc5a2-202ENSMUST00000118169 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Osm-201ENSMUST00000075221 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Catip-204ENSMUST00000191010 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ly6h-207ENSMUST00000163116 2801 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Nipa2-204ENSMUST00000119201 3925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Col1a1-201ENSMUST00000001547 5930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tet3-203ENSMUST00000186548 5944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gimap3-201ENSMUST00000038811 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Zbtb20-205ENSMUST00000114695 2977 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tmem241-202ENSMUST00000055447 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Pcsk6-202ENSMUST00000098391 4207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Fbxo28-201ENSMUST00000051431 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Dlst-201ENSMUST00000053811 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gdap1l1-201ENSMUST00000018087 2220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Erfe-201ENSMUST00000086861 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Mcm6-201ENSMUST00000027601 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tbl1xr1-203ENSMUST00000193734 8237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Sirt2-201ENSMUST00000072965 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Eif1ad-201ENSMUST00000025759 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rnf114-201ENSMUST00000078050 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cdk5rap1-202ENSMUST00000109730 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm7507-201ENSMUST00000183053 1008 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 AC153881.1-201ENSMUST00000214448 284 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Olfr317-201ENSMUST00000075607 1128 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Necap2-201ENSMUST00000030760 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Lime1-201ENSMUST00000048077 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Olfr718-ps1-202ENSMUST00000213631 4737 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Nptn-201ENSMUST00000085651 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm34419-201ENSMUST00000211383 1387 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Grk6-207ENSMUST00000225925 2769 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Fbxo41-203ENSMUST00000161546 6357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cbln3-202ENSMUST00000172378 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gid4-201ENSMUST00000070681 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Stard6-201ENSMUST00000114959 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 P2ry2-201ENSMUST00000037540 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Mtmr2-208ENSMUST00000155679 3088 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Pcdh10-201ENSMUST00000166126 7081 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Hmbs-201ENSMUST00000077353 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Kif3c-205ENSMUST00000220210 4144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cacna2d2-204ENSMUST00000166799 3474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ppig-201ENSMUST00000040915 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cyb5r1-201ENSMUST00000027726 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tpgs2-201ENSMUST00000115817 4159 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Hid1-201ENSMUST00000044152 3236 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Trim27-206ENSMUST00000222544 4312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Slc5a6-202ENSMUST00000114668 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Espn-220ENSMUST00000207676 4618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gpr85-201ENSMUST00000060442 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Bhmt2-201ENSMUST00000015941 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Taf2-201ENSMUST00000041733 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 F420014N23Rik-202ENSMUST00000219079 659 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Syngap1-202ENSMUST00000177932 3927 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Plch2-207ENSMUST00000139976 5322 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Hipk3-202ENSMUST00000111124 4125 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ubl7-201ENSMUST00000163329 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm38094-201ENSMUST00000195864 2978 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Acr-201ENSMUST00000023295 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Chd4-203ENSMUST00000112392 6652 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm28230-201ENSMUST00000053932 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Zfp367-201ENSMUST00000059817 3532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Alx1-205ENSMUST00000218282 2012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cep164-204ENSMUST00000213154 6105 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rbmx-202ENSMUST00000114726 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Pigg-203ENSMUST00000119014 4573 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Zfp385b-203ENSMUST00000111830 2642 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Mob1b-201ENSMUST00000006424 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 57.8 ms