Protein–RNA interactions for Protein: O35988

Sdc4, Syndecan-4, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 198 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc4O35988 Apoa4-201ENSMUST00000034585 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Dmkn-202ENSMUST00000054427 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Med16-201ENSMUST00000105378 3197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gnat1-201ENSMUST00000010205 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tpgs2-202ENSMUST00000148255 3424 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tom1l2-205ENSMUST00000102682 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Fbln1-202ENSMUST00000109432 2273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm26560-201ENSMUST00000181240 2619 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pdzrn3-201ENSMUST00000075994 4104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Srrm1-208ENSMUST00000136342 3152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Myog-201ENSMUST00000027730 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Abhd11-202ENSMUST00000111216 972 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm6944-201ENSMUST00000182449 1006 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 H2-Bl-209ENSMUST00000194244 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 4933437G19Rik-201ENSMUST00000197910 1178 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Timm13-203ENSMUST00000218481 471 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Commd9-201ENSMUST00000028584 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Adcy3-204ENSMUST00000127756 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 N6amt1-202ENSMUST00000118115 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Akt2-ps-201ENSMUST00000120718 1449 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Upk1a-201ENSMUST00000006476 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Mpp3-201ENSMUST00000062801 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Zfp12-201ENSMUST00000032591 5265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pdia3-201ENSMUST00000028683 2770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tbc1d10b-201ENSMUST00000120705 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Aldh3a1-201ENSMUST00000019246 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Egfl7-212ENSMUST00000166920 1391 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Magi1-201ENSMUST00000055224 7007 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Catip-204ENSMUST00000191010 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Olah-201ENSMUST00000027955 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ccnb2-201ENSMUST00000034742 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 8430429K09Rik-204ENSMUST00000146456 1675 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Slc37a4-203ENSMUST00000213388 2344 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Apol8-201ENSMUST00000070911 1838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Thap6-204ENSMUST00000193925 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 AC154767.3-201ENSMUST00000225150 1342 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Nfkb1-201ENSMUST00000029812 4117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 AC164565.1-201ENSMUST00000217520 1484 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pdcl3-201ENSMUST00000027247 3914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Epb41l1-204ENSMUST00000103137 6490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Bptf-201ENSMUST00000057892 11488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ddc-201ENSMUST00000066237 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Barhl1-201ENSMUST00000050776 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Agfg1-201ENSMUST00000063380 2896 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm7336-201ENSMUST00000107041 1232 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Adprm-201ENSMUST00000116363 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 AC155937.1-202ENSMUST00000156229 621 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm10044-204ENSMUST00000170177 659 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm20444-201ENSMUST00000174014 648 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm18049-201ENSMUST00000208909 581 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Lcn5-201ENSMUST00000028306 696 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Mrpl4-201ENSMUST00000003386 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Lce1c-201ENSMUST00000047055 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tmod4-201ENSMUST00000005769 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Islr2-204ENSMUST00000165276 3989 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Fam172a-203ENSMUST00000163257 1436 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Trappc5-201ENSMUST00000044857 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ptch1-201ENSMUST00000021921 7725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Larp1b-205ENSMUST00000191805 1581 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ptpn6-210ENSMUST00000174265 1743 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pqlc1-204ENSMUST00000129043 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Socs7-201ENSMUST00000045540 7015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Agap1-202ENSMUST00000074945 10069 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 St6galnac2-201ENSMUST00000079545 3643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Usp32-202ENSMUST00000108075 7053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 4833422C13Rik-201ENSMUST00000099331 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 E230016M11Rik-201ENSMUST00000130657 1764 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm13517-201ENSMUST00000120782 1495 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Hsd3b7-202ENSMUST00000106271 1713 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm29340-201ENSMUST00000188763 3854 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Atp11b-201ENSMUST00000029257 4868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tspan31-201ENSMUST00000060991 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm16845-201ENSMUST00000180419 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Stard7-202ENSMUST00000110375 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ighv4-1-201ENSMUST00000103464 414 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Wdr38-202ENSMUST00000112872 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ube2v2-202ENSMUST00000115776 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 AC155937.1-201ENSMUST00000125635 831 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Hoxa7-202ENSMUST00000134367 807 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm11682-201ENSMUST00000144689 516 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Bcl2l14-206ENSMUST00000163589 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm8116-201ENSMUST00000182917 1201 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 AC158982.1-201ENSMUST00000228377 901 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pecr-201ENSMUST00000027381 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Sept6-203ENSMUST00000115239 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Necab3-201ENSMUST00000000895 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ephb1-201ENSMUST00000035129 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Ercc1-201ENSMUST00000003645 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Nov-201ENSMUST00000050027 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Smarcc1-204ENSMUST00000197984 3538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Slc43a3-201ENSMUST00000090726 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Kcnh1-202ENSMUST00000110844 7161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Eif2d-202ENSMUST00000068805 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Vav1-204ENSMUST00000169220 2810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Eif4g1-206ENSMUST00000115463 5378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Pou2f3-202ENSMUST00000176636 2522 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Id4-201ENSMUST00000021810 3849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Fubp3-202ENSMUST00000113482 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sdc4O35988 Nrxn1-209ENSMUST00000161402 4953 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.3 ms