Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Spopl-203ENSMUST00000132484 6595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Srp68-202ENSMUST00000106425 2330 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Otop2-201ENSMUST00000055490 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Fhdc1-205ENSMUST00000194027 1648 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Nphp1-201ENSMUST00000028857 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Sptlc2-201ENSMUST00000021424 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Atg4d-201ENSMUST00000065005 5951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Alox5-201ENSMUST00000026795 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Cpeb3-201ENSMUST00000079754 5899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Tfdp2-201ENSMUST00000034982 7354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Dnase2a-202ENSMUST00000109744 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Tmem116-203ENSMUST00000094357 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Kdm2b-201ENSMUST00000031435 3532 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Ccdc103-201ENSMUST00000021307 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Mras-202ENSMUST00000119472 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm8344-201ENSMUST00000119813 856 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm11906-201ENSMUST00000124792 680 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 H2-Bl-201ENSMUST00000173080 1138 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm25745-201ENSMUST00000174945 133 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm26695-201ENSMUST00000180920 1251 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm27525-201ENSMUST00000184465 107 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 H2-Bl-204ENSMUST00000184502 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Rpsa-ps1-201ENSMUST00000191040 886 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 6430573P05Rik-202ENSMUST00000192648 597 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm19710-202ENSMUST00000200320 493 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm18622-201ENSMUST00000219361 595 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 A330070K13Rik-201ENSMUST00000063656 633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Ythdf2-201ENSMUST00000085181 955 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Atp13a3-201ENSMUST00000061350 7220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Pctp-201ENSMUST00000020864 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 St6gal2-201ENSMUST00000025000 6066 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Adam10-201ENSMUST00000067880 4593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Elovl6-205ENSMUST00000199910 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Cxcr5-201ENSMUST00000062215 2614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Bud23-201ENSMUST00000071677 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Arl11-202ENSMUST00000224727 2095 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Exoc3l-201ENSMUST00000057855 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Krt23-201ENSMUST00000006969 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Nptn-201ENSMUST00000085651 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Zfp24-203ENSMUST00000153337 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Ncln-202ENSMUST00000118498 2841 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Lrp11-203ENSMUST00000130590 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Rnf146-201ENSMUST00000037548 4402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Slc25a34-201ENSMUST00000038661 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Lzts1-201ENSMUST00000037049 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Nr2f1-205ENSMUST00000150498 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Srpx-201ENSMUST00000044789 2477 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Cgn-202ENSMUST00000107273 5016 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 CT010456.1-201ENSMUST00000222465 1688 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Ythdc2-201ENSMUST00000037763 7215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm3764-206ENSMUST00000181356 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm8000-201ENSMUST00000188378 592 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Gm2213-201ENSMUST00000197485 688 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Isg15-201ENSMUST00000085425 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Usp4P35123 Ddx4-202ENSMUST00000099166 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Arhgef40-204ENSMUST00000182061 4756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Pld3-201ENSMUST00000117095 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Parm1-201ENSMUST00000040576 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Ralyl-206ENSMUST00000193117 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Hoxb5-201ENSMUST00000049272 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Gpank1-202ENSMUST00000165306 1518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Dlk2-203ENSMUST00000166617 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Zbtb20-203ENSMUST00000114691 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Rlf-201ENSMUST00000056635 6242 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Sox1ot-202ENSMUST00000186174 7420 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Arl11-201ENSMUST00000055159 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Nsd3-207ENSMUST00000143445 2416 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Magi1-202ENSMUST00000089317 7209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Klhl9-201ENSMUST00000094993 4174 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Clgn-202ENSMUST00000109831 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Lgi3-201ENSMUST00000047331 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Rnf11-201ENSMUST00000030284 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Iffo1-201ENSMUST00000117675 2833 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Maged2-201ENSMUST00000026302 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Ntng1-205ENSMUST00000106575 1620 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Ntng1-202ENSMUST00000072596 1620 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Rbm3-206ENSMUST00000115621 1338 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Tigd5-201ENSMUST00000192937 4801 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Hectd2-201ENSMUST00000047247 4731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Iqcd-201ENSMUST00000069259 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Tpt1-201ENSMUST00000110894 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Mfap2-203ENSMUST00000166376 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Tdrkh-208ENSMUST00000200486 1231 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Gm42802-201ENSMUST00000202475 456 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 1700037H04Rik-201ENSMUST00000028800 832 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Apopt1-201ENSMUST00000040519 1065 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Mxra8os-201ENSMUST00000097740 687 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Ociad2-204ENSMUST00000200830 2384 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Pank3-201ENSMUST00000018990 7376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Kcnh4-201ENSMUST00000107361 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Uba3-201ENSMUST00000089287 2257 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Plekha1-201ENSMUST00000048180 3321 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Zfp639-205ENSMUST00000193287 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 1700029J07Rik-201ENSMUST00000095323 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Pla2g10-201ENSMUST00000023364 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Gm44981-201ENSMUST00000205549 1943 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Cfap45-201ENSMUST00000085894 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Pxdn-201ENSMUST00000118321 2698 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Usp4P35123 Trmt1-205ENSMUST00000125370 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.6 ms