Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC29.69■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC29.58■■■□□ 2.33
Trim28Q62318 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Trim28Q62318 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Trim28Q62318 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.3 ms