Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Rab11fip4os2-201ENSMUST00000123067 689 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaseh2a-206ENSMUST00000128972 1141 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Cpsf4l-205ENSMUST00000173655 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Trp53tg5-201ENSMUST00000017864 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9182-201ENSMUST00000217829 639 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 AC125350.2-201ENSMUST00000224737 727 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Lrfn1-202ENSMUST00000108288 3060 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl9l-206ENSMUST00000220303 5760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Aldh1b1-201ENSMUST00000044384 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gapdh-203ENSMUST00000118875 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gba2-201ENSMUST00000030189 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 9430015G10Rik-208ENSMUST00000169550 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl7a3-201ENSMUST00000075420 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Tex44-201ENSMUST00000046004 1724 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Jakmip1-212ENSMUST00000174629 1941 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Rxrb-202ENSMUST00000116612 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Tead4-201ENSMUST00000006311 3076 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Syn1-201ENSMUST00000081893 3209 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Arfrp1-202ENSMUST00000108808 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl53-201ENSMUST00000113938 695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11615-201ENSMUST00000156205 818 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Unkl-205ENSMUST00000161679 1053 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5819-201ENSMUST00000171469 465 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 AL593843.1-201ENSMUST00000195891 145 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Pdlim7-202ENSMUST00000069929 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Taf1a-201ENSMUST00000097043 1472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Mthfsd-202ENSMUST00000116415 1520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ank3-223ENSMUST00000182557 1569 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Pdia2-201ENSMUST00000039113 1721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc154-202ENSMUST00000182292 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Unc93b1-203ENSMUST00000162708 2266 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnh2-202ENSMUST00000115098 3193 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp639-205ENSMUST00000193287 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd12-201ENSMUST00000021063 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ccer1-201ENSMUST00000060703 1865 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5763-201ENSMUST00000155951 1530 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Slc6a11-201ENSMUST00000032451 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Dnase1l1-203ENSMUST00000114189 755 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13994-201ENSMUST00000137397 513 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Mtmr2-209ENSMUST00000156801 617 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 4833428L15Rik-201ENSMUST00000181230 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 AC135669.1-201ENSMUST00000213585 412 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Rassf8-202ENSMUST00000058538 1131 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2d3-208ENSMUST00000197134 2493 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Unc93b1-204ENSMUST00000165711 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Hdac8-201ENSMUST00000087916 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Rragd-201ENSMUST00000029946 5055 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng2-203ENSMUST00000091153 1695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt5-201ENSMUST00000023873 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Trim68-205ENSMUST00000210855 2301 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc171-204ENSMUST00000126429 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Hcrt-202ENSMUST00000107360 509 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf2a2-202ENSMUST00000118198 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10275-202ENSMUST00000168697 495 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 4930592C13Rik-201ENSMUST00000196791 661 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl36-201ENSMUST00000022098 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Uts2-201ENSMUST00000030803 538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2aa-201ENSMUST00000072391 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10275-201ENSMUST00000092620 635 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 4930402H24Rik-202ENSMUST00000110243 1984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem266-201ENSMUST00000034862 2408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45751-201ENSMUST00000210185 1573 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Cd47-201ENSMUST00000084838 5277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gramd4-204ENSMUST00000138134 4292 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Pom121l2-202ENSMUST00000117882 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ctnnbip1-202ENSMUST00000105692 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Apoo-203ENSMUST00000113897 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42196-201ENSMUST00000209618 730 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29682-201ENSMUST00000210896 1251 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Cd302-201ENSMUST00000028356 1257 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Lrif1-202ENSMUST00000098751 929 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Rab33b-201ENSMUST00000054387 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 4930558J18Rik-201ENSMUST00000181949 2052 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Lgr6-202ENSMUST00000137968 2820 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Wt1-201ENSMUST00000111098 2395 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2r2-201ENSMUST00000040008 3600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Nxnl1-202ENSMUST00000163659 2730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Mief1-202ENSMUST00000166030 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Lrch1-205ENSMUST00000228252 3125 ntAPPRIS ALT2 BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp553-201ENSMUST00000056232 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem262-201ENSMUST00000143303 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gstt4-202ENSMUST00000160211 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21854-201ENSMUST00000179901 471 ntBASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9522-201ENSMUST00000182394 926 ntBASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm35549-203ENSMUST00000204619 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9229-201ENSMUST00000222777 126 ntBASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Trnt1-204ENSMUST00000113249 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Sumo3-202ENSMUST00000099538 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Crat-202ENSMUST00000102854 2160 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Erich6-201ENSMUST00000041115 2195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Hhipl1-201ENSMUST00000021685 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Miip-201ENSMUST00000030886 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Siglece-201ENSMUST00000032667 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Sp2-203ENSMUST00000107624 3055 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ptp4a2-207ENSMUST00000165853 3382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Fntb-206ENSMUST00000137826 1442 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Rbck1-201ENSMUST00000028964 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13074-201ENSMUST00000124848 2735 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12859-201ENSMUST00000117834 427 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.1 ms