Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Shd-202ENSMUST00000223629 1430 ntAPPRIS P2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm26666-201ENSMUST00000180763 2461 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Pde4d-207ENSMUST00000120664 4207 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Lrrc7-204ENSMUST00000199890 6326 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Grid2-201ENSMUST00000095852 5860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Pbk-201ENSMUST00000022612 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Akap1-201ENSMUST00000018572 3758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Jade1-203ENSMUST00000168086 4790 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Fem1b-201ENSMUST00000034775 6785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Trav3-1-201ENSMUST00000103569 385 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Trav3-4-201ENSMUST00000103670 458 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Cbx6-201ENSMUST00000109623 996 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Haghl-206ENSMUST00000138759 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Med22-201ENSMUST00000015920 973 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Hoga1-204ENSMUST00000172244 631 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Rian-216ENSMUST00000183215 880 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Ucn-202ENSMUST00000201184 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 2310001H17Rik-206ENSMUST00000205051 676 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gdpd3-201ENSMUST00000032944 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Neurl2-201ENSMUST00000042775 1014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm10073-201ENSMUST00000073722 496 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Rplp1-201ENSMUST00000008036 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Slc22a18-202ENSMUST00000105917 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gypc-203ENSMUST00000174459 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Acox1-201ENSMUST00000066587 3987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Slc4a1ap-206ENSMUST00000201858 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Trafd1-202ENSMUST00000120784 2425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Sass6-205ENSMUST00000198311 2404 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Nanos1-201ENSMUST00000088237 3927 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Abhd16b-201ENSMUST00000069649 1775 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Acin1-224ENSMUST00000167015 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Trmt1-201ENSMUST00000001974 2567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Cdk16-201ENSMUST00000033380 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Grhl2-203ENSMUST00000161405 1996 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Pld4-201ENSMUST00000063888 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Steap2-202ENSMUST00000115424 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Slc25a32-201ENSMUST00000022908 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 G2e3-202ENSMUST00000119211 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gabrb3-201ENSMUST00000039697 5579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Fus-203ENSMUST00000106251 5536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Acbd5-204ENSMUST00000114529 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Endov-203ENSMUST00000106245 5126 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Cystm1-205ENSMUST00000152804 445 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Olfr1344-201ENSMUST00000168341 1061 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm43474-201ENSMUST00000196415 774 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Ube2d3-212ENSMUST00000197859 3833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm43125-201ENSMUST00000201724 730 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Atf5-203ENSMUST00000209072 595 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 1700018B24Rik-201ENSMUST00000036023 593 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Phospho2-202ENSMUST00000112266 2194 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Arl6ip1-201ENSMUST00000032888 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Cmtm1-202ENSMUST00000160596 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Psrc1-201ENSMUST00000090561 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Adrb3-203ENSMUST00000121838 1864 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Ripk3-203ENSMUST00000178399 1865 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Vldlr-202ENSMUST00000047645 3260 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Trim3-201ENSMUST00000057525 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Phc2-201ENSMUST00000030588 3949 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Arhgef1-201ENSMUST00000047873 3212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Pcdhgc4-203ENSMUST00000195239 2272 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Emx2-201ENSMUST00000062216 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Tex13a-201ENSMUST00000096314 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Celf3-204ENSMUST00000197558 2414 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Dnm2-211ENSMUST00000173397 3510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gtpbp3-201ENSMUST00000007754 2800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Dnase2a-201ENSMUST00000003910 1715 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Slmap-212ENSMUST00000139075 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Rasgrp2-205ENSMUST00000113471 535 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm11543-201ENSMUST00000120758 370 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Cmc2-202ENSMUST00000128304 394 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm11505-201ENSMUST00000130442 737 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm11788-201ENSMUST00000142520 562 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 9130230N09Rik-201ENSMUST00000174568 663 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Slc12a5-208ENSMUST00000202479 1202 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Pspn-201ENSMUST00000002740 474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Eef1akmt2-201ENSMUST00000033257 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Retreg3-202ENSMUST00000107295 3179 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Dcun1d3-203ENSMUST00000106519 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Stap2-201ENSMUST00000043785 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Esr1-202ENSMUST00000105588 2733 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Tmem5-205ENSMUST00000140299 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Adam23-201ENSMUST00000087374 6426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Cnot7-206ENSMUST00000135269 2461 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Trim65-201ENSMUST00000067632 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Anks1-203ENSMUST00000114842 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Bnc1-201ENSMUST00000026096 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Dcp1b-201ENSMUST00000073909 1748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Myrf-202ENSMUST00000186056 3636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Nap1l4-209ENSMUST00000209098 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Adck2-201ENSMUST00000051249 2287 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Chd4-202ENSMUST00000112390 6537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm25287-201ENSMUST00000103846 110 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm22918-201ENSMUST00000103855 110 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Bad-203ENSMUST00000113426 740 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Ercc8-202ENSMUST00000120672 1144 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Gm15593-201ENSMUST00000122085 1008 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Arpp19-210ENSMUST00000170308 429 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 Tpi-rs5-201ENSMUST00000216947 774 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
Traf1P39428 AC158804.1-201ENSMUST00000219046 541 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.6 ms