Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Zfp668-201ENSMUST00000054415 5768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tmem5-205ENSMUST00000140299 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tnfaip2-201ENSMUST00000102745 3762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tmem248-202ENSMUST00000111298 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Strn4-202ENSMUST00000108495 3082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Alpl-201ENSMUST00000030551 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Slc9a3r1-201ENSMUST00000021077 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Trim50-201ENSMUST00000065785 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Fbxo8-202ENSMUST00000110322 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm15222-202ENSMUST00000228667 1726 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Mycbp-201ENSMUST00000030400 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Procr-201ENSMUST00000029140 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Ttc9c-201ENSMUST00000088092 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Ldoc1-201ENSMUST00000075983 1459 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Sbk2-205ENSMUST00000208109 1422 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Syf2-201ENSMUST00000030622 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gstm7-201ENSMUST00000004137 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tex13a-201ENSMUST00000096314 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm14719-201ENSMUST00000121891 340 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 4930527A07Rik-201ENSMUST00000130677 559 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm18737-201ENSMUST00000173594 937 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm9824-201ENSMUST00000178707 561 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm5914-202ENSMUST00000182863 375 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Irs3-202ENSMUST00000196511 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm35549-203ENSMUST00000204619 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Slc10a7-204ENSMUST00000209992 939 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Mlf1-202ENSMUST00000077916 1114 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 G0s2-201ENSMUST00000009777 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Fyn-201ENSMUST00000063091 3562 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Fyn-202ENSMUST00000099967 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Hsd17b4-201ENSMUST00000025385 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Oxr1-206ENSMUST00000170127 4251 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Zfp36l3-201ENSMUST00000071711 2347 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Apba3-211ENSMUST00000220297 2268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Crk-201ENSMUST00000017920 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Zfp385b-202ENSMUST00000111829 2073 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Jade1-203ENSMUST00000168086 4790 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Bclaf3-202ENSMUST00000112464 3366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Zswim4-201ENSMUST00000039480 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Zyx-205ENSMUST00000203401 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Parp6-201ENSMUST00000026267 2709 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Rarg-202ENSMUST00000063339 2718 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Ubr3-201ENSMUST00000055758 8072 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm9867-201ENSMUST00000192212 2647 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Mapk8ip2-201ENSMUST00000023291 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Vangl2-202ENSMUST00000111263 6528 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Dclk1-211ENSMUST00000199169 1499 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tead4-201ENSMUST00000006311 3076 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm15199-201ENSMUST00000129933 542 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm27177-205ENSMUST00000184792 706 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 1700128F08Rik-202ENSMUST00000213708 717 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 D930028M14Rik-201ENSMUST00000098678 1003 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Atp6v0c-202ENSMUST00000098862 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Lrrc57-202ENSMUST00000102497 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tal1-201ENSMUST00000030489 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Mbd6-201ENSMUST00000026476 4165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Rnf14-203ENSMUST00000171461 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Kcnn1-201ENSMUST00000110078 4047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Kcnn1-202ENSMUST00000110081 4045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Slc48a1-201ENSMUST00000117892 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 B230219D22Rik-201ENSMUST00000057844 4652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tra2a-201ENSMUST00000031841 1799 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Keap1-201ENSMUST00000049567 3172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Large2-201ENSMUST00000068586 2445 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Syt7-205ENSMUST00000224135 1557 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tcf3-204ENSMUST00000105340 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tcf3-202ENSMUST00000020379 2829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Grk6-207ENSMUST00000225925 2769 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Zdhhc18-201ENSMUST00000084238 4580 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Nyx-201ENSMUST00000050434 5183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tpm4-201ENSMUST00000003575 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Psmd8-202ENSMUST00000182328 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Denr-201ENSMUST00000023869 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Bend4-201ENSMUST00000169190 7935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 1700037H04Rik-202ENSMUST00000103188 1241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Dancr-202ENSMUST00000120364 575 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tpd52-206ENSMUST00000121038 849 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm15384-201ENSMUST00000138832 486 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm16215-201ENSMUST00000161990 637 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm25144-201ENSMUST00000179561 110 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm25352-201ENSMUST00000179815 110 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Asb1-205ENSMUST00000188081 1272 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Asb1-206ENSMUST00000188879 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm29202-201ENSMUST00000191263 422 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm42854-201ENSMUST00000201262 722 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Gm44855-201ENSMUST00000205725 362 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tm2d3-207ENSMUST00000206517 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Dkkl1-201ENSMUST00000033057 1149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Cfd-201ENSMUST00000061653 922 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Emd-203ENSMUST00000096424 896 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Fam110a-201ENSMUST00000062047 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Nfix-203ENSMUST00000109762 2261 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Pxn-201ENSMUST00000067268 3706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Sash1-201ENSMUST00000015449 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Ndufv1-201ENSMUST00000042497 1661 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Pex5l-206ENSMUST00000108226 2632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Ppm1e-201ENSMUST00000055438 6344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Rhcg-201ENSMUST00000032766 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Tcf3-209ENSMUST00000105345 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col6a1Q04857 Rgma-204ENSMUST00000139780 3371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.3 ms