Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Gm15222-202ENSMUST00000228667 1726 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
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Usf1Q61069 Tbc1d8-201ENSMUST00000054462 4451 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Myc-202ENSMUST00000159327 2186 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Celf6-204ENSMUST00000121266 2610 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Fbxo15-204ENSMUST00000224467 1908 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Rab17-204ENSMUST00000131428 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Dnajc25-201ENSMUST00000095070 4023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Dlx1-201ENSMUST00000037119 4111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Kank3-202ENSMUST00000172649 2652 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Rint1-205ENSMUST00000120869 1886 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Ogfrl1-201ENSMUST00000027343 4844 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Tmem176b-203ENSMUST00000166247 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Impdh1-202ENSMUST00000159124 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Pdgfrl-201ENSMUST00000034004 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 B230217O12Rik-201ENSMUST00000181921 1642 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 AC131743.5-201ENSMUST00000220775 1618 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Kat2a-202ENSMUST00000103118 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Acbd5-206ENSMUST00000155602 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Lrrc45-201ENSMUST00000026139 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Gm5357-201ENSMUST00000212720 1924 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Gm24543-201ENSMUST00000103867 82 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Ctnnbip1-202ENSMUST00000105692 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Cobl-203ENSMUST00000109651 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 A530058N18Rik-202ENSMUST00000134129 411 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Ucn-202ENSMUST00000201184 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
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Usf1Q61069 CT009510.1-201ENSMUST00000227972 270 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Smim8-201ENSMUST00000029972 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Zmat5-201ENSMUST00000009220 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Cyb561a3-201ENSMUST00000168445 1474 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Npdc1-202ENSMUST00000071442 1485 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Hace1-201ENSMUST00000037044 3785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Plekhh3-206ENSMUST00000164474 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
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Usf1Q61069 Lsm1-201ENSMUST00000038421 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Kcnq2-204ENSMUST00000103047 2899 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Nsmf-203ENSMUST00000100334 2957 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Usf1Q61069 Tmprss12-201ENSMUST00000096200 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Gm16201-202ENSMUST00000139218 2330 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Cdc25a-201ENSMUST00000094324 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Atg4c-201ENSMUST00000030279 3178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Lad1-201ENSMUST00000038760 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Evx1-201ENSMUST00000031787 2877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Ankrd10-201ENSMUST00000033905 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Ldha-201ENSMUST00000005051 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
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Usf1Q61069 Tmem56-203ENSMUST00000128909 6696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
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Usf1Q61069 Gm37267-201ENSMUST00000194222 681 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
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Usf1Q61069 Foxi1-201ENSMUST00000060271 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Nsmf-201ENSMUST00000006646 2922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
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Usf1Q61069 Chst8-204ENSMUST00000205259 1980 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Camk2b-205ENSMUST00000093355 1973 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Slc25a23-201ENSMUST00000040280 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Spdya-201ENSMUST00000064420 1877 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Mag-203ENSMUST00000187137 2434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Phtf1-201ENSMUST00000055425 3060 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
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Usf1Q61069 Dtwd2-203ENSMUST00000163590 2857 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Pnkp-202ENSMUST00000098478 1550 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Rgs20-203ENSMUST00000119256 883 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 4932443L11Rik-201ENSMUST00000148353 414 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Gstt4-202ENSMUST00000160211 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Gm9719-201ENSMUST00000162765 543 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Gm6745-201ENSMUST00000199216 526 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Gm32351-201ENSMUST00000220503 438 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 AC238811.1-201ENSMUST00000225302 441 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Ucn-201ENSMUST00000043475 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Ptbp2-213ENSMUST00000200097 3777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Dok7-202ENSMUST00000101298 2443 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Htr3a-202ENSMUST00000217289 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Nkpd1-201ENSMUST00000078908 2753 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Trim3-201ENSMUST00000057525 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
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Usf1Q61069 Ccdc106-202ENSMUST00000108571 1318 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
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Usf1Q61069 Asph-210ENSMUST00000108337 2836 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.6 ms