Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr12-202ENSMUST00000117438 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Pde4d-204ENSMUST00000117879 1724 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Cdpf1-202ENSMUST00000125947 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12454-201ENSMUST00000139119 978 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Synrg-207ENSMUST00000183456 3990 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Prrg2-207ENSMUST00000210500 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Aip-201ENSMUST00000025767 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rarg-202ENSMUST00000063339 2718 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Emd-203ENSMUST00000096424 896 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 4833422C13Rik-201ENSMUST00000099331 2083 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a34-201ENSMUST00000038661 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Nup88-202ENSMUST00000108530 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Orai3-203ENSMUST00000121504 2141 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Zfr2-201ENSMUST00000117798 3349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Procr-201ENSMUST00000029140 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rab4a-201ENSMUST00000117702 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Mir1897-201ENSMUST00000122581 272 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl26-204ENSMUST00000169085 324 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 2410002F23Rik-214ENSMUST00000186606 748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29667-201ENSMUST00000190817 490 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7653-201ENSMUST00000214567 508 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Fam162a-201ENSMUST00000004057 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2j2-201ENSMUST00000024056 3483 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Eps8-201ENSMUST00000058210 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ggn-205ENSMUST00000209019 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 2210016F16Rik-201ENSMUST00000022032 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Zufsp-205ENSMUST00000218880 2005 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ppm1d-201ENSMUST00000020835 2899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm39244-202ENSMUST00000210837 1857 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Adamts18-201ENSMUST00000093113 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 AI606473-201ENSMUST00000177201 1731 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rad52-201ENSMUST00000032269 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gatsl3-201ENSMUST00000020699 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpll-201ENSMUST00000061331 3116 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43352-201ENSMUST00000196419 3065 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Arpin-201ENSMUST00000048731 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11899-201ENSMUST00000142373 745 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6944-201ENSMUST00000182449 1006 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rps15-201ENSMUST00000062674 572 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Vwa5b2-203ENSMUST00000100074 2512 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpm-205ENSMUST00000139302 2428 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Pgm1-201ENSMUST00000087324 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Slc12a2-201ENSMUST00000115366 6520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Klc4-201ENSMUST00000003642 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gab1-202ENSMUST00000210676 4985 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Atxn7l3-202ENSMUST00000107132 3706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb46-205ENSMUST00000180222 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ush1c-202ENSMUST00000078680 2047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Dap3-207ENSMUST00000173135 1409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Apoa4-201ENSMUST00000034585 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rhpn1-202ENSMUST00000121137 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp385a-201ENSMUST00000168828 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Nde1-201ENSMUST00000023359 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Eif2a-201ENSMUST00000029387 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rarb-201ENSMUST00000063750 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Cep63-201ENSMUST00000093791 2696 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm22189-201ENSMUST00000103822 86 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc5-202ENSMUST00000108796 934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Hist3h2bb-ps-201ENSMUST00000117558 465 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 1700110K17Rik-202ENSMUST00000156511 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gstt1-201ENSMUST00000001713 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6g6e-204ENSMUST00000172959 501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10142-201ENSMUST00000179767 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45453-201ENSMUST00000211758 853 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Clec4g-202ENSMUST00000062037 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35f4-205ENSMUST00000146164 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Blzf1-202ENSMUST00000086032 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Elk4-201ENSMUST00000027696 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5320-201ENSMUST00000207163 1519 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Sumo3-201ENSMUST00000020501 2630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Kansl1-205ENSMUST00000106977 5510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Nfyb-204ENSMUST00000130911 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rplp0-201ENSMUST00000086519 1358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12866-201ENSMUST00000128998 1671 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Fscn1-201ENSMUST00000031565 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Zxdc-203ENSMUST00000113539 4864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs19-203ENSMUST00000108771 1110 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs19-205ENSMUST00000108776 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7488-201ENSMUST00000117148 684 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13496-201ENSMUST00000141133 1165 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 AC124732.1-201ENSMUST00000221551 910 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpn6-202ENSMUST00000112484 2219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Cpz-201ENSMUST00000038676 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gpx3-201ENSMUST00000082430 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Clec2h-201ENSMUST00000032518 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn14-201ENSMUST00000050962 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Comtd1-202ENSMUST00000124549 2314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Col13a1-205ENSMUST00000105454 3162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Lmcd1-201ENSMUST00000032376 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Tom1-202ENSMUST00000165630 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Zmym3-208ENSMUST00000121429 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Elovl1-207ENSMUST00000167636 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 2700012I20Rik-201ENSMUST00000180525 684 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27838-201ENSMUST00000184829 128 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 2410004P03Rik-203ENSMUST00000190691 953 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 60.9 ms